geWorkbench

geWorkbench ^{[ 2 ]} (genomics Workbench) es una plataforma de software de código abierto para el análisis integrado de datos genómicos . Es una aplicación de escritorio escrita en el lenguaje de programación Java . geWorkbench utiliza una arquitectura de componentes. A partir de 2016, hay más de 70 complementos ^{[ 3 ]} disponibles, que permiten la visualización y el análisis de datos de expresión, secuencia y estructura genética .

geWorkbench es la plataforma de bioinformática de MAGNet, ^{[ 4 ]} el Centro Nacional para el Análisis Multiescala de Redes Genómicas y Celulares, uno de los 8 Centros Nacionales de Computación Biomédica ^{[ 5 ]} financiados a través de la Hoja de Ruta de los NIH ( Fondo Común de los NIH ^{[ 6 ]} ). Muchas herramientas de biología de sistemas y estructuras desarrolladas por investigadores de MAGNet están disponibles como complementos de geWorkbench.

• Herramientas de análisis computacional como la prueba t, la agrupación jerárquica, los mapas autoorganizados, la reconstrucción de redes reguladoras, las búsquedas BLAST, el descubrimiento de patrones y motivos, la predicción de la estructura de proteínas, la anotación de proteínas basada en la estructura, etc.
• Visualización de la expresión génica (mapas de calor, gráficos de volcán), redes de interacción molecular (a través de Cytoscape ), secuencias de proteínas y datos de estructura de proteínas (por ejemplo, MarkUs).
• Integración de información de anotación de genes y vías metabólicas procedente de fuentes seleccionadas, así como mediante análisis de enriquecimiento de Gene Ontology.
• Integración de componentes mediante la gestión de entradas y salidas por parte de la plataforma. Entre los datos que se pueden compartir entre componentes se encuentran conjuntos de datos de expresión, redes de interacción, conjuntos de muestras y marcadores (genes) y secuencias.
• Seguimiento del historial de conjuntos de datos: registro completo de los conjuntos de datos utilizados y la configuración de entrada.
• Integración con herramientas de terceros como GenePattern , Cytoscape y Genomespace .

En los tutoriales web de GeWorkbench se pueden encontrar demostraciones de cada una de las funciones descritas. ^{[ 7 ]}

• geWorkbench es un software de código abierto que se puede descargar e instalar localmente. También está disponible un archivo zip con el código fuente Java de la versión publicada.
• También existen versiones de instaladores preempaquetados ^{[ 8 ]} para Windows, Macintosh y Linux.

• Sitio web oficial , incluye instalación, tutoriales, preguntas frecuentes y problemas conocidos.
• - Descargas de versiones de geworkbench
• - Complementos de geWorkbench