Patrón genético

GenePattern es un paquete de software libre de código abierto para biología computacional, creado y desarrollado originalmente en el Broad Institute para el análisis de datos genómicos . Diseñado para permitir a los investigadores desarrollar, capturar y reproducir metodologías de análisis genómico, GenePattern se lanzó por primera vez en 2004. Actualmente, GenePattern se desarrolla en la Universidad de California, San Diego .

GenePattern es un potente sistema de flujo de trabajo científico que proporciona acceso a cientos de herramientas de análisis genómico. Utilice estas herramientas como base para diseñar sofisticados flujos de análisis que capturen los métodos, parámetros y datos utilizados para generar los resultados. Estos flujos de análisis permiten crear, editar y compartir resultados in silico reproducibles.

1. Accesibilidad: Utilice más de 200 herramientas de análisis y visualización que se actualizan periódicamente (que admiten el preprocesamiento de datos , el análisis de la expresión génica , la proteómica , el análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), la citometría de flujo y la secuenciación de próxima generación ) y cree flujos de trabajo analíticos sin necesidad de programación a través de una interfaz de usuario intuitiva.
2. Reproducibilidad: Seguimiento automatizado del historial y la procedencia con control de versiones para que cualquier usuario pueda compartir, repetir y comprender un análisis computacional completo.
3. Extensibilidad: Los usuarios computacionales pueden importar sus métodos y código para compartirlos utilizando herramientas que facilitan la creación e integración.
4. Múltiples interfaces: Las interfaces de navegador web, aplicación y programación ponen los módulos y flujos de análisis a disposición de una amplia gama de usuarios; servidor público alojado.

• Un repositorio actualizado periódicamente con cientos de módulos de análisis computacional que admiten el preprocesamiento de datos, el análisis de la expresión génica , la proteómica , el análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), la citometría de flujo y la secuenciación de lectura corta. ^{[ 2 ]}
• Una interfaz programática que pone módulos de análisis a disposición de biólogos computacionales y desarrolladores de Python, Java, MATLAB y R.
• El entorno GenePattern Notebook : Basado en el entorno Jupyter Notebook , GenePattern Notebook permite a los investigadores ejecutar análisis de GenePattern dentro de cuadernos que intercalan texto, gráficos y código ejecutable, creando una única "narrativa de investigación".
• GParc: Repositorio y comunidad para que los usuarios de GenePattern compartan y comenten sus propios módulos de GenePattern.

GenePattern está disponible:

1. Como aplicación web pública gratuita, ^{[ 3 ]} alojada en Amazon Web Services. Los usuarios pueden crear cuentas, realizar análisis y crear flujos de trabajo en el servidor.
2. Como software de código abierto que se puede descargar e instalar localmente. ^{[ 4 ]}
3. Servidores web públicos alojados por otras organizaciones. ^{[ 5 ]}

• Reich, M; Tabor, T; Liefeld, T; Thorvaldsdóttir, H; Hill, B; Tamayo, P; Mesirov, JP (2017). " El entorno del cuaderno GenePattern" . Cell Syst . 5 (2): 149–151.e1. doi : 10.1016/j.cels.2017.07.003 . PMC 5572818. PMID 28822753 .  
• Qu, K; Garamszegi, S; Wu, F; Thorvaldsdottir, H; Liefeld, T; Ocana, M; Borges-Rivera, D; Pochet, N; Robinson, JT; Demchak, B; Hull, T; Ben-Artzi, G; Blankenberg, D; Barber, GP; Lee, BT; Kuhn, RM; Nekrutenko, A; Segal, E; Ideker, T; Reich, M; Regev, A; Chang, HY; Mesirov, JP (2016). "Análisis genómico integrador mediante la interoperabilidad de herramientas bioinformáticas en GenomeSpace" . Nat Methods . 13 (3): 245– 247. doi : 10.1038/nmeth.3732 . PMC 4767623. PMID 26780094 .  
• Kuehn, H.; Liberzon, A.; Reich, M.; Mesirov, JP (2008). "Uso de GenePattern para el análisis de la expresión génica" . Current Protocols in Bioinformatics . 22 : 7.12.1–7.12.39. doi : 10.1002/0471250953.bi0712s22 . PMC 3893799. PMID 18551415 .  
• Reich, Michael; Liefeld, Ted; Gould, Joshua; Lerner, Jim; Tamayo, Pablo; Mesirov, Jill P. (2006). "GenePattern 2.0". Nature Genetics . 38 (5): 500– 501. doi : 10.1038/ng0506-500 . PMID 16642009 . 

• Sitio web oficial de GenePattern
• Sitio web oficial de GenePattern Notebook
• GParc archivado el 10/10/2017 en Wayback Machine.
• GenePattern en GitHub

Software relacionado:

• Espacio Genómico
• Visor de genómica integrativa