Biomodelos

BioModels es un repositorio gratuito y de código abierto para almacenar, intercambiar y recuperar modelos cuantitativos de interés biológico creado en 2006. ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]} Todos los modelos en la sección curada de la base de datos BioModels han sido descritos en literatura científica revisada por pares .

Los modelos almacenados en la rama curada de BioModels cumplen con MIRIAM , el estándar para la curación y anotación de modelos. Los curadores han simulado los modelos para comprobar que, al ejecutarlos en simulaciones, proporcionan los mismos resultados que se describen en la publicación. Los componentes del modelo están anotados, lo que permite a los usuarios identificar fácilmente cada elemento y obtener información adicional de otras fuentes.

Los modeladores pueden enviar los modelos en formato SBML y CellML . Posteriormente, los modelos se pueden descargar en formatos SBML , VCML, XPP, SciLab , Octave , BioPAX y RDF/XML . Las redes de reacción de los modelos se presentan en diversos formatos gráficos, como PNG , SVG y un applet gráfico de Java , donde algunas redes se representan siguiendo la Notación Gráfica de Biología de Sistemas . Además, se encuentra disponible un resumen legible de cada modelo en formato PDF .

BioModels se compone de varias ramas. La rama curada alberga modelos bien curados y anotados. La rama no curada proporciona modelos que aún no han sido curados, que no se pueden curar (modelos espaciales, modelos de estado estacionario, etc.) o que son demasiado grandes para ser curados. Los modelos no curados pueden trasladarse posteriormente a la rama curada. El repositorio también alberga modelos generados automáticamente a partir de bases de datos de rutas metabólicas.

Todos los modelos están disponibles gratuitamente bajo la Dedicación de Dominio Público Creative Commons CC0 y se puede acceder a ellos fácilmente a través del sitio web o los Servicios Web . ^{[ 4 ]} También se pueden descargar archivos de todos los modelos desde el servidor FTP de EBI .

BioModels anunció su 31.ª versión el 26 de junio de 2017. ^{[ 5 ]} Ahora proporciona públicamente 144.710 modelos. Esto corresponde a 1.640 modelos publicados en la literatura y 143.070 modelos generados automáticamente a partir de recursos de vías metabólicas. ^{[ 6 ]} El depósito de modelos en BioModels es promovido por muchas revistas científicas, incluidas Molecular Systems Biology , todas las revistas de la Public Library of Science , todas las revistas de BioMed Central y todas las revistas publicadas por la Royal Society of Chemistry .

BioModels es desarrollado por el equipo BioModels.net en el EMBL - EBI , Reino Unido, el laboratorio Le Novère en el Instituto Babraham , Reino Unido, y el equipo SBML en Caltech , EE. UU. ^{[ 7 ]} En septiembre de 2025, BioModels se trasladó a la Facultad de Medicina de la Universidad de Florida . ^{[ 8 ]}

El proyecto BioModels Development se ha beneficiado de los fondos del Laboratorio Europeo de Biología Molecular , el Consejo de Investigación de Biotecnología y Ciencias Biológicas , la Iniciativa de Medicamentos Innovadores , el Séptimo Programa Marco (FP7) , el Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales , el DARPA y el Centro Nacional de Recursos para la Investigación .

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