Notación gráfica de biología de sistemas

La Notación Gráfica de Biología de Sistemas (SBGN) es una representación gráfica estándar diseñada para fomentar el almacenamiento, el intercambio y la reutilización eficientes de información sobre vías de señalización, redes metabólicas y redes de regulación génica entre comunidades de bioquímicos, biólogos y teóricos. El sistema fue creado a lo largo de varios años por una comunidad de bioquímicos , modeladores e informáticos . ^{[ 1 ]}

SBGN se compone de tres lenguajes ortogonales para representar diferentes perspectivas de los sistemas biológicos: Descripciones de Procesos , Relaciones entre Entidades y Flujos de Actividad . Cada lenguaje define un conjunto completo de símbolos con semántica precisa, junto con reglas sintácticas detalladas para la construcción e interpretación de mapas. Mediante estas tres notaciones, un científico de la vida puede representar de forma inequívoca redes de interacciones (por ejemplo, interacciones bioquímicas ). Estas notaciones utilizan un concepto y símbolos similares a los empleados por ingenieros eléctricos y de otras disciplinas, conocidos como diagramas de bloques . La sencillez de la sintaxis y la semántica de SBGN hace que los mapas SBGN sean adecuados para su uso en la educación secundaria.

Ya existe cierto soporte de software para SBGN, principalmente para el lenguaje de descripción de procesos. ^{[ 2 ]} Las visualizaciones de SBGN se pueden intercambiar con el formato de archivo basado en XML SBGN-ML. ^{[ 3 ] [ 4 ]}

El lenguaje de descripción de procesos (PD) SBGN muestra la evolución temporal de las interacciones bioquímicas en una red. Puede utilizarse para mostrar todas las interacciones moleculares que tienen lugar en una red de entidades bioquímicas, donde una misma entidad aparece varias veces en el mismo diagrama. ^{[ 5 ]} La última especificación de este estándar es la versión 2.1 de nivel 1. ^{[ 6 ]}

El lenguaje de relaciones de entidades (ER) de SBGN permite visualizar todas las relaciones en las que participa una entidad determinada, independientemente de los aspectos temporales. Las relaciones pueden considerarse como reglas que describen las influencias de los nodos de las entidades sobre otras relaciones. ^{[ 7 ]}

El lenguaje de flujo de actividad (AF) de SBGN describe el flujo de información entre entidades bioquímicas en una red. Omite información sobre las transiciones de estado de las entidades y es particularmente conveniente para representar los efectos de las perturbaciones, ya sean de naturaleza genética o ambiental. ^{[ 8 ]}

El trabajo para definir un conjunto de símbolos que describieran las interacciones y relaciones de las moléculas fue impulsado por Kurt Kohn en el Instituto Nacional del Cáncer con sus Mapas de Interacción Molecular (MIM). ^{[ 9 ]} El desarrollo de SBGN fue iniciado por Hiroaki Kitano , con el apoyo de una financiación de la Organización Japonesa para el Desarrollo de Nuevas Energías y Tecnologías Industriales . La reunión que dio inicio al desarrollo de la Notación Gráfica de Biología de Sistemas tuvo lugar los días 11 y 12 de febrero de 2006 en el Instituto Nacional de Ciencia y Tecnología Industrial Avanzada (AIST), en Tokio, Japón.

La primera especificación del lenguaje de descripción de procesos SBGN —entonces llamado Diagramas de procesos— se publicó el 23 de agosto de 2008 (Nivel 1 Versión 1). ^{[ 10 ]} Las correcciones del documento se publicaron el 1 de septiembre de 2009 (Nivel 1 Versión 1.1), ^{[ 11 ]} el 3 de octubre de 2010 (Nivel 1 Versión 1.2) ^{[ 12 ]} y el 14 de febrero de 2011 (Nivel 1 Versión 1.3). ^{[ 5 ]}

La primera especificación del lenguaje de relaciones de entidades SBGN se publicó el 1 de septiembre de 2009 (Nivel 1 Versión 1). ^{[ 13 ]} Las correcciones del documento se publicaron el 6 de octubre de 2010 (Nivel 1 Versión 1.1) ^{[ 14 ]} y el 14 de abril de 2011 (Nivel 1 Versión 1.2). ^{[ 7 ]}

La primera especificación del lenguaje de flujo de actividad SBGN se publicó el 1 de septiembre de 2009. ^{[ 8 ]}

• http://sbgn.org/