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Subunidad ribosómica pequeña eucariota (40S)

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La subunidad ribosómica pequeña eucariota ( 40S ) es la subunidad más pequeña del ribosoma eucariota (80S), siendo el otro componente principal la subunidad ribosómica grande (60S) . Los nombres "40S" y "60S" provienen de la convención de que las partículas ribosómicas se denotan según sus coeficientes de sedimentación en unidades Svedberg . Está relacionada estructural y funcionalmente con la subunidad 30S de los ribosomas procariotas 70S . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Sin embargo, la subunidad 40S es mucho más grande que la subunidad 30S procariota y contiene muchos segmentos proteicos adicionales, así como segmentos de expansión de ARNr.

Función

La subunidad 40S contiene el centro de decodificación que monitorea la complementariedad del ARNt y el ARNm en la traducción de proteínas. Es el componente más grande de varios complejos de iniciación de la traducción, incluidos los complejos de preiniciación (PIC) 43S y 48S, y está unida a varios factores de iniciación eucariotas , incluidos eIF1 , eIF1A y eIF3 . [ 6 ] La subunidad ribosomal 40S también está unida firmemente al IRES del VHC para formar un complejo binario mediado por interacciones proteína-ARNm y ARNr-ARNm. [ 7 ] Se puede encontrar más información en los artículos sobre el ribosoma , el ribosoma eucariota (80S) y el artículo sobre la traducción de proteínas .

Estructura general

La forma de la subunidad pequeña se puede subdividir en dos grandes segmentos: la cabeza y el cuerpo. Las características del cuerpo incluyen los pies izquierdo y derecho, el hombro y la plataforma. La cabeza presenta una protuberancia puntiaguda que recuerda al pico de un pájaro. El ARNm se une en la hendidura entre la cabeza y el cuerpo, y hay tres sitios de unión para el ARNt : el sitio A, el sitio P y el sitio E (véase el artículo sobre traducción de proteínas para más detalles). El núcleo de la subunidad 40S está formado por el ARN ribosómico 18S (abreviado ARNr 18S), que es homólogo al ARNr 16S procariota . Este núcleo de ARNr está decorado con docenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 40S eucariota de Tetrahymena thermophila ", el núcleo de ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran con cintas azules. Las proteínas compartidas únicamente entre eucariotas y arqueas se muestran con cintas naranjas, y las proteínas específicas de eucariotas se muestran con cintas rojas.

proteínas ribosómicas 40S

La tabla "Proteínas ribosómicas 40S" muestra los pliegues proteicos individuales de la subunidad 40S coloreados según su conservación. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias (EAB) se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas solo entre eucariotas y arqueas (EA) se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas (E) se muestran como cintas rojas. Las extensiones específicas de eucariotas de las proteínas conservadas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, se resaltan en rojo. [ 2 ] Para más detalles, consulte el artículo sobre el ribosoma eucariota . Históricamente, se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado según sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel. Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "Proteínas ribosómicas 40S" relaciona los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con sus homólogos en levaduras, bacterias y arqueas. [ 8 ] Se puede encontrar información adicional en la base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG) . [ 8 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ Subunidades ribosómicas 40S+ en los encabezamientos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
  2. 1 2 Rabl, J; Leibundgut, M; Ataide, SF; Haag, A; Ban, N (feb 2011). "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 40S eucariota en complejo con el factor de iniciación 1". Science . 331 (6018): 730– 736. Bibcode : 2011Sci...331..730R . doi : 10.1126/science.1198308 . hdl : 20.500.11850/153130 . PMID 21205638 . S2CID 24771575 .  
  3. ↑ Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (dic. 2011). " La estructura del ribosoma eucariota a una resolución de 3,0 Å" . Science . 334 (6062): 1524– 1529. Bibcode : 2011Sci...334.1524B . doi : 10.1126/science.1212642 . PMID 22096102. S2CID 9099683 .  
  4. ^ Wimberly, BT; Brodersen, DE; Clemons, WM Jr; Morgan-Warren, RJ; Carter, AP; Vonrhein, C; Hartsch, T; Ramakrishnan, V (septiembre de 2000). "Estructura de la subunidad ribosómica 30S". Naturaleza . 407 (6802): 327– 339. Bibcode : 2000Natur.407..327W . doi : 10.1038/35030006 . PMID 11014182 . S2CID 4419944 .  
  5. ↑ Schmeing, TM; Ramakrishnan, V (octubre de 2009). "Lo que las estructuras recientes del ribosoma han revelado sobre el mecanismo de la traducción". Nature . 461 ( 7268): 1234– 1242. Bibcode : 2009Natur.461.1234S . doi : 10.1038/nature08403 . PMID 19838167. S2CID 4398636 .  
  6. ↑ Aitken, Colin E.; Lorsch, Jon R. (2012). "Una visión general mecanicista de la iniciación de la traducción en eucariotas". Nat. Struct. Mol. Biol . 19 (6): 568– 576. doi : 10.1038/nsmb.2303 . PMID 22664984 . S2CID 9201095 .  
  7. ↑ Lytle JR, Wu L, Robertson HD (agosto de 2002). "Dominios en el sitio de entrada ribosómica interna del virus de la hepatitis C para la unión de la subunidad 40s" . RNA . 8 ( 8) S1355838202029965: 1045–1055 . doi : 10.1017/S1355838202029965 . PMC 1370315. PMID 12212848 .  
  8. 1 2 3 Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: la base de datos de genes de proteínas ribosomales" . Nucleic Acids Res . 32 (número especial de bases de datos): D168–70. doi : 10.1093/nar/gkh004 . PMC 308739. PMID 14681386 .  
  9. ↑ Estructura de las proteínas de 'T. thermophila' a partir de las estructuras de la subunidad grande PDBS 417, 4A19 y la subunidad pequeña PDB 2XZM.
  10. ↑ La nomenclatura, según la base de datos de genes de proteínas ribosómicas, se aplica a H. sapiens y T. thermophila.
  11. ↑ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragon, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquín; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "Un nuevo sistema para nombrar proteínas ribosómicas" . Current Opinion in Structural Biology . 24 . Elsevier BV: 165–169 . doi : 10.1016 / j.sbi.2014.01.002 . hdl : 11603/14279 . ISSN 0959-440X . PMC 4358319. PMID 24524803 .   
  12. ↑ EAB significa conservado en eucariotas, arqueas y bacterias, EA significa conservado en eucariotas y arqueas y E significa proteína específica de eucariotas
  13. Tradicionalmente, las proteínas ribosómicas se nombraban según su peso molecular aparente en la electroforesis en gel, lo que daba lugar a nombres diferentes para proteínas homólogas de distintos organismos. El RPG ofrece una nomenclatura unificada para los genes de proteínas ribosómicas basada en la homología .
  • Base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG)
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