ARN ribosómico 18S

Los cebadores que se unen en regiones altamente conservadas del ARNr 18S son un marcador importante para el análisis de la biodiversidad , ^{[ 1 ]} permitiendo la amplificación de objetivos no especificados o aleatorios de muestras ambientales, así como de especímenes no caracterizados de colecciones para la secuenciación de ADN . El alineamiento de secuencias posterior que cubre los segmentos menos estrictamente conservados permite entonces la asignación de una muestra a clados biológicos .

En el caso del ARNr 18S, la recuperación de ADN mejora gracias a la abundancia de secuencias repetitivas del ADNr dentro de las células eucariotas, ^{[ 1 ]} promoviendo la sensibilidad del análisis.

Las múltiples propiedades de la secuencia genómica del ARNr 18S lo han establecido como un importante gen marcador para el análisis filogenético a gran escala y la reconstrucción del árbol de la vida de los metazoos . Su papel fundamental en la formación y función del ribosoma es una causa clave de su omnipresencia en la vida eucariota. Además, el gen mantiene un alto grado de conservación bajo una presión selectiva persistente en todos los seres vivos, ^{[ 1 ]} lo que resalta su potencial para la comparación entre clados distantemente relacionados.

Los primeros estudios que utilizaron la secuencia del ARNr 18S construyeron los primeros árboles filogenéticos a gran escala de los metazoos . ^{[ 3 ]} La evidencia de estudios posteriores condujo a la creación de varios clados importantes , como los Ecdysozoa y los Lophotrochozoa . ^{[ 1 ]}

Durante la última parte de la década de 2000, y con el aumento del número de taxones incluidos en las filogenias moleculares, se hicieron evidentes dos problemas. Primero, existen impedimentos de secuenciación predominantes en representantes de ciertos taxones, como las clases de moluscos Solenogastres y Tryblidia , algunos taxones de bivalvos y la enigmática clase de crustáceos Remipedia . ^{[ 1 ]} La imposibilidad de obtener secuencias 18S de taxones individuales se considera un fenómeno común, pero rara vez se informa. ^{[ 1 ]} En segundo lugar, a diferencia de las grandes expectativas iniciales, el 18S no puede resolver nodos en todos los niveles taxonómicos y su eficacia varía considerablemente entre clados. Esto se ha discutido como un efecto de la radiación antigua rápida en períodos cortos. Actualmente se cree que los análisis multigénicos proporcionan resultados más fiables para rastrear eventos de ramificación profunda en Metazoa, pero el 18S todavía se utiliza ampliamente en análisis filogenéticos. ^{[ 1 ]}