¿Y SI el software

WHAT IF es un programa informático utilizado en una amplia variedad de campos de investigación computacional ( in silico ) de la estructura macromolecular. El software proporciona un entorno flexible para visualizar, manipular y analizar moléculas pequeñas y grandes , proteínas , ácidos nucleicos y sus interacciones. ^{[ 1 ] [ 2 ]}

La primera versión del software WHAT IF fue desarrollada por Gert Vriend en 1987 en la Universidad de Groningen , Groningen , Países Bajos. ^{[ 2 ]} La mayor parte de su desarrollo tuvo lugar entre 1989 y 2000 en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en Heidelberg , Alemania. Otros colaboradores incluyen a Chris Sander y Wolfgang Kabsch. ^{[ 3 ]} En 2000, el mantenimiento del software se trasladó al Centro Holandés de Informática Molecular y Biomolecular (CMBI) en Nijmegen , Países Bajos. ^{[ 1 ]} Está disponible para uso interno o como recurso web. ^{[ 4 ]} A partir de febrero de 2022El artículo original que describe WHAT IF ha sido citado más de 4.000 veces.

WHAT IF proporciona un entorno flexible para mostrar, manipular y analizar moléculas pequeñas , proteínas, ácidos nucleicos y sus interacciones. Un uso notable fue la detección de millones de errores (a menudo pequeños, pero a veces catastróficos) en archivos del Protein Data Bank (PDB). ^{[ 5 ]} WHAT IF también proporciona un entorno para: modelado por homología de estructuras terciarias y cuaternarias de proteínas ; validación de estructuras de proteínas, especialmente las depositadas en el PDB; corrección de estructuras de proteínas ; visualización de macromoléculas y sus socios de interacción (por ejemplo, lípidos , fármacos , iones y agua ), y manipulación interactiva de macromoléculas.

WHAT IF es compatible con varios otros paquetes de software bioinformático , incluidos YASARA y Jmol . ^{[ 1 ]}

• Lista de sistemas de gráficos moleculares
• editor de moléculas

• Sitio web oficial