Yasara

Yet Another Scientific Artificial Reality Application ( YASARA ) es un programa informático para la visualización, modelado y dinámica molecular. Tiene muchos usos científicos, como lo demuestra la gran cantidad de artículos científicos que mencionan el software. ^[1] La versión gratuita de YASARA ^[2] es muy adecuada para la educación en bioinformática. Existe una serie de cursos de bioinformática disponibles gratuitamente que utilizan este software.

Consulte las páginas educativas del Centro de Informática Molecular y Biomolecular (CMBI) para ver una serie de ejemplos. ^[3]

• Krieger E, Koraimann G, Vriend G (mayo de 2002). "Aumento de la precisión de los modelos comparativos con YASARA NOVA: un campo de fuerza autoparametrizable". Proteins . 47 (3): 393–402. doi : 10.1002/prot.10104 . PMID  11948792.
• Modelado: Krieger E, Vriend G (febrero de 2002). "Models@Home: computación distribuida en bioinformática utilizando un enfoque basado en salvapantallas". Bioinformática . 18 (2): 315–8. doi : 10.1093/bioinformatics/18.2.315 . PMID  11847079.
  
• Dinámica: Krieger E, Darden T, Nabuurs SB, Finkelstein A, Vriend G (diciembre de 2004). "Cómo hacer un uso óptimo de las funciones de energía empíricas: parametrización del campo de fuerza en el espacio cristalino". Proteínas . 57 (4): 678–83. CiteSeerX 10.1.1.472.6529 . doi :10.1002/prot.20251. PMID  15390263.
   

• Lista de sistemas de gráficos moleculares
• Comparación de software para modelado de mecánica molecular
• Gráficos moleculares
• Software de diseño molecular

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