Jmol

Jmol es un software informático para el modelado molecular de estructuras químicas en 3 dimensiones . ^{[ 2 ]} Es un visor Java de código abierto para estructuras químicas en 3D . ^{[ 3 ]} El nombre se originó del lenguaje de programación Java , las moléculas y también el formato de archivo mol .

JSmol es una implementación en JavaScript de la funcionalidad de Jmol. ^{[ 4 ]} Por lo tanto, se puede integrar en páginas web para mostrar modelos 3D interactivos de moléculas y otras estructuras sin necesidad de ningún software aparte del navegador web.

Tanto Jmol como JSmol generan una representación 3D interactiva de una molécula u otra estructura que puede utilizarse como herramienta de enseñanza, ^{[ 5 ]} o para investigación, en varios campos, por ejemplo, química , bioquímica , ciencia de los materiales , cristalografía , ^{[ 6 ]} simetría o nanotecnología .

Jmol está escrito en el lenguaje de programación Java , por lo que puede ejecutarse en diferentes sistemas operativos: Windows , macOS , Linux y Unix , siempre que tengan Java instalado. Es software libre y de código abierto, distribuido bajo la Licencia Pública General Reducida de GNU (LGPL) versión 2.0. La interfaz está traducida a más de 20 idiomas.

Se han implementado varios productos:

• Una aplicación independiente (la aplicación Jmol ), compuesta por un único Jmol.jararchivo que se puede utilizar sin instalación, requiriendo únicamente que el ordenador tenga Java instalado.
• Un kit de desarrollo de software (SDK), es decir, un componente que se puede integrar en otras aplicaciones Java, como Bioclipse y Taverna .
• JSmol , una biblioteca de JavaScript que permite la integración de modelos 3D en páginas web y wikis.

Las moléculas se pueden mostrar en diferentes estilos de representación, como modelos de bolas y varillas , modelos de relleno espacial , diagramas de cintas , superficies moleculares , etc. ^{[ 7 ]} Jmol admite una amplia gama de formatos de archivos químicos , incluidos Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif y mmcif), MDL Molfile (mol y sdf) y Chemical Markup Language (CML). También puede mostrar otros tipos de archivos para estructuras con datos 3D.

JSmol reemplazó al applet Java Jmol, que a su vez se había desarrollado previamente como una alternativa al complemento Chime , ^{[ 5 ]} ambos dejaron de ser compatibles con los navegadores web. Jmol se inició ^{[ 8 ]} para reproducir las funciones presentes en Chime (con la excepción del modo Sculpt ) y ha ido creciendo continuamente en funcionalidades, superando la simple visualización de estructuras moleculares. En particular, cuenta con un amplio conjunto de comandos y un lenguaje de scripting completo ( JmolScript ) ^{[ 9 ]} que incluye muchas características de un lenguaje de programación, como variables, matrices, operadores matemáticos y booleanos, consultas tipo SQL , funciones, bucles, condicionales, try-catch, switch, etc.

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  Dos planos translúcidos que ilustran los planos de simetría de la molécula de agua.
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  El potencial electrostático del aleno plasmado sobre una superficie translúcida.
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  Representación sombreada de la cafeína, con algunas medidas indicadas (distancia, ángulo, diedro ).
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  Animación de una reacción SN2 que muestra la distancia medida entre los átomos de cloro y carbono.
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  Visualización de la estructura cristalina del cuarzo, rellenando 2×2×2 celdas unitarias . Se muestra el recuadro delimitador de la celda unitaria y los datos de la misma se visualizan en la parte superior izquierda.
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  Orbitales p del benceno representados en forma de caricatura , junto con el orbital molecular translúcido correspondiente .
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  Estructura cristalina de una RNP con caja H/ACA de Pyrococcus furiosus
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  Se destacan dos puentes salinos en el tetrámero de hemoglobina (el grupo hemo se representa como varillas en la parte inferior derecha).
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  Un fragmento del factor de transcripción TFIIIA que forma tres motivos de dedos de zinc consecutivos , unido a un segmento de ADN.
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  Ribosoma 70S eubacteriano de Thermus thermophilus

• Kit de desarrollo químico (CDK)
• Comparación de software para modelado de mecánica molecular
• Lista de paquetes de software gratuitos y de código abierto
• Lista de sistemas de gráficos moleculares
• Gráficos moleculares
• editor de moléculas
• Proteopedia
• PyMOL
• SANSÓN
• SONRISAS

• Demostración de las capacidades de JSmol . Una página sencilla con demostraciones interactivas de varias funciones de JSmol integradas en la página.
• Página web de Jmol (página web oficial, aunque no está totalmente actualizada).
• Wiki de Jmol (activa y actualizada) con, entre otra información, listados de sitios web , wikis y moodle.
• Hanson, Robert M.; Prilusky, Jaime; Renjian, Zhou; Nakane, Takanori; Sussman, Joel L. (2013). "JSmol y la representación web de próxima generación de la estructura molecular 3D aplicada a Proteopedia" . Israel Journal of Chemistry . doi : 10.1002/ijch.201300024 .
• Extensión Jmol en MediaWiki.
• Extensión Jmol para MediaWiki en SourceForge.
• Extensión Jmol para MediaWiki en JmolWiki.
• Proteopedia - Vida en 3D , una enciclopedia 3D colaborativa y gratuita de proteínas y otras biomoléculas. (Utiliza Jmol Extension como componente principal).
• Complementos de biomodelos para el aprendizaje de la bioquímica y la biología molecular.
• Molview