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Lenguaje de marcado químico

El lenguaje de marcado químico ( ChemML o CML ) es un método para gestionar información molecular mediante herramientas como XML y Java . [ 1 ] Fue la primera implementación esp...

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El lenguaje de marcado químico ( ChemML o CML ) es un método para gestionar información molecular mediante herramientas como XML y Java . [ 1 ] Fue la primera implementación específica de dominio basada estrictamente en XML , primero en una DTD [ 2 ] y luego en un esquema XML , [ 3 ] el sistema más robusto y ampliamente utilizado para la gestión precisa de información en muchas áreas. Ha sido desarrollado durante más de una década por Murray-Rust , Rzepa y otros, y ha sido probado en diversas áreas y en una variedad de máquinas.

La información química se almacena tradicionalmente en muchos tipos de archivos diferentes, lo que dificulta la reutilización de los documentos. CML utiliza la portabilidad de XML para ayudar a los desarrolladores y químicos de CML a diseñar documentos interoperables. Existen varias herramientas que pueden generar, procesar y visualizar documentos CML. Las editoriales pueden distribuir información química dentro de documentos XML utilizando CML, por ejemplo, en documentos RSS . [ 4 ]

CML es capaz de soportar una amplia gama de conceptos químicos, entre los que se incluyen:

Los detalles sobre la LMC y los puntos que se están debatiendo actualmente ya están publicados en el blog de la LMC.

Control de versiones

Las versiones del esquema están disponibles en SourceForge . A fecha de abril de 2012, la última versión congelada del esquema es CML v2.4. Algunas construcciones de CML v1 están ahora obsoletas.

Herramientas

JUMBO comenzó como el Navegador Molecular Universal de Java para Objetos, pero ahora es una biblioteca de Java que admite la validación, lectura y escritura de CML, así como la conversión de varios formatos heredados a CML y, por ejemplo, una reacción en CML a una representación SVG animada de la reacción. [ 7 ] JUMBO ha evolucionado hasta convertirse en una extensa biblioteca de Java, CMLDOM, [ 8 ] que admite todos los elementos del esquema. [ 9 ] Aunque JUMBO solía ser un navegador, el enfoque preferido es usar las herramientas de código abierto Jmol y JChemPaint , algunas de las cuales usan bibliotecas CML alternativas. [ 10 ] Véase Blue Obelisk .

Soporte de software

Software para importar y exportar un formato CML válido

Véase también

Referencias

  1. ↑ Murray-Rust, Peter; Rzepa, Henry S (2011). "CML: Evolución y diseño" . Journal of Cheminformatics . 3 (1): 44. doi : 10.1186 / 1758-2946-3-44 . PMC 3205047. PMID 21999549 .  
  2. ↑ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (1999), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 1. Principios básicos", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 39 (6): 928– 942, CiteSeerX 10.1.1.40.8275 , doi : 10.1021/ci990052b 
  3. ↑ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2003), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 4. Esquema CML", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 43 (3): 757– 772, doi : 10.1021/ci0256541 , PMID 12767134 
  4. ↑ Gkoutos, GV; Murray-Rust, P.; Rzepa, S.; Wright, M. (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 3. Hacia una web química semántica firmada de confianza", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1124– 1130, doi : 10.1021/ci000406v , PMID 11604013 
  5. ↑ Holliday, GL; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2006), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. Parte 6. CMLReact; Un vocabulario XML para reacciones químicas", J. Chem. Inf. Model. , 46 (1): 145– 157, doi : 10.1021/ci0502698 , PMID 16426051 
  6. ↑ Kuhn, S.; Helmus, T.; Lancashire, RJ; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Steinbeck, C.; Willighagen, EL (2007), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 7. CMLSpect, un vocabulario XML para datos espectrales", J. Chem. Inf. Model. , 47 (6): 2015– 2034, doi : 10.1021/ci600531a , PMID 17887743 
  7. ↑ JUMBO
  8. ↑ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 2. Objetos de información y el CMLDOM", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1113– 1123, doi : 10.1021/ci000404a , PMID 11604012 
  9. ↑ Página principal de CML en Sourceforge
  10. ↑ Willighagen, EL (2001). "Procesamiento de convenciones CML en Java" . Internet Journal of Chemistry . 4. Archivado del original el 11 de abril de 2001.

Lecturas adicionales

  • Rzepa, HS; Murray-Rust, P.; Whitaker, BJ (1997), "Internet como herramienta de información química", Chem. Soc. Rev. , 26 (1): 1– 10, doi : 10.1039/CS9972600001
  • Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Wright, M. (2001), "Desarrollo del lenguaje de marcado químico (CML) como sistema para el manejo de contenido químico complejo", New J. Chem. , 25 (4): 618– 634, doi : 10.1039/b008780g
  • Lenguaje de marcado químico (CML). Esto incluye el esquema CML, enlaces a herramientas, documentación y código fuente.
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