TopFIND

TopFIND es la base de datos inferida de la función de las proteínas orientadas a los extremos ( TopFIND ) . Es una base de conocimiento integrada centrada en los extremos de las proteínas , su formación por proteasas y sus implicaciones funcionales. Contiene información sobre el procesamiento y el estado de procesamiento de las proteínas y sus implicaciones funcionales, derivada de la literatura científica, las contribuciones de la comunidad científica y las bases de datos biológicas . ^{[ 2 ]}

Entre las características más fundamentales de una proteína se encuentran los extremos N y C, que definen el inicio y el final de la cadena polipeptídica . Si bien están codificados genéticamente, las isoformas de los extremos de las proteínas también se generan con frecuencia durante la traducción , tras lo cual los extremos son altamente dinámicos y se recortan frecuentemente en sus extremos por una amplia gama de exopeptidasas. Los neo-extremos también pueden generarse por endopeptidasas después de una proteólisis precisa y limitada, denominada procesamiento. Necesario para la maduración de muchas proteínas, el procesamiento también puede ocurrir posteriormente, lo que a menudo resulta en consecuencias funcionales drásticas. La proteólisis aberrante puede causar una amplia gama de enfermedades como la artritis ^{[ 3 ] o el cáncer [ 4 ]} . Por lo tanto, la generación proteolítica de formas estables pleiotrópicas de proteínas, la susceptibilidad universal de las proteínas a la proteólisis y su irreversibilidad distinguen la proteólisis de muchas modificaciones postraduccionales altamente estudiadas. Las proteasas están estrechamente interconectadas en la red de proteasas ^{[ 5 ] [ 6 ]} y su actividad aberrante en enfermedades puede conducir a perfiles de fragmentos diagnósticos con extremos proteicos característicos. ^{[ 7 ]} Tras la proteólisis, los extremos proteicos recién formados pueden modificarse aún más, ^{[ 8 ]} un proceso que afecta la función y la estabilidad de la proteína. ^{[ 9 ]}

TopFIND es un recurso que ofrece una cobertura integral de los extremos N y C de las proteínas, descubiertos mediante todas las metodologías in silico, in vitro e in vivo disponibles. Aprovecha el conocimiento existente mediante la integración perfecta de datos de UniProt y MEROPS , y proporciona acceso a nuevos datos provenientes de contribuciones de la comunidad y curación manual de la literatura. Facilita el acceso y la búsqueda de modificaciones en los extremos de las proteínas , como la acetilación y la citrulinación, y proporciona los medios para identificar y analizar la extensión y distribución de las modificaciones terminales en una proteína. Desde su creación, TopFIND se ha ampliado a otras especies. ^{[ 1 ]}

Los datos se presentan al usuario con un fuerte énfasis en la relación con la información de fondo curada y la evidencia subyacente que condujo a la observación de un extremo, su modificación o escisión proteolítica. En resumen, se enumera la información de la proteína , su estructura de dominio, extremos de la proteína, modificaciones de los extremos y el procesamiento proteolítico de y por otras proteínas. Toda la información se acompaña de metadatos como su fuente original, método de identificación, medición de confianza o publicación relacionada. Una evaluación de correlación cruzada posicional relaciona los extremos y los sitios de escisión con características de la proteína (como variantes de aminoácidos) y dominios para resaltar posibles efectos y dependencias de una manera única. Además, se proporciona una vista de red de todas las proteínas que muestra su dependencia funcional como proteasa , sustrato o inhibidor de proteasa vinculado con interacciones proteicas para una fácil evaluación de los efectos en toda la red. Un mecanismo de filtrado potente y fácil de usar permite filtrar los datos presentados en función de parámetros como la metodología utilizada, la relevancia in vivo, la confianza o la fuente de datos (por ejemplo, limitado a un solo laboratorio o publicación). Esto proporciona medios para evaluar datos fisiológicamente relevantes y deducir información funcional e hipótesis relevantes para el científico de laboratorio. En una versión posterior se han añadido herramientas de análisis para la evaluación de las vías proteolíticas en datos experimentales. ^{[ 10 ]}

• MEROPS
• UniProt
• Cytoscape
• Genómica computacional
• Modelado de redes metabólicas
• predicción de la interacción proteína-proteína

• TopFIND: sitio web principal e interfaz web
• Sitio web de la institución anfitriona
• Grupo de investigación de Philipp Lange, inventor y desarrollador principal.
• Grupo de Investigación de Christopher Overall - sede de TopFIND
• Merops - la base de datos de peptidasas
• UniProt
• Proteasas en los Encabezamientos de Materias Médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.