MEROPS

MEROPS es una base de datos en línea de peptidasas (también conocidas como proteasas , proteinasas y enzimas proteolíticas ) y sus inhibidores. ^[2] El esquema de clasificación de las peptidasas fue publicado por Rawlings & Barrett en 1993, ^[3] y el de los inhibidores de proteínas por Rawlings et al. en 2004. ^[4] La versión más reciente, MEROPS 12.4, se publicó a fines de octubre de 2021. ^[5]

La clasificación se basa en similitudes en los niveles estructurales terciario y primario. Las comparaciones se limitan a la parte de la secuencia directamente involucrada en la reacción, que en el caso de una peptidasa debe incluir el sitio activo , y para un inhibidor de proteínas el sitio reactivo. La clasificación es jerárquica: las secuencias se agrupan en familias, y las familias se agrupan en clanes. Cada peptidasa, familia y clan tiene un identificador único.

Las familias de peptidasas se construyen mediante comparaciones de secuencias de aminoácidos. Una familia se ensambla alrededor de un ejemplo tipo , la secuencia de una peptidasa o inhibidor bien caracterizado. Todas las demás secuencias de la familia deben estar relacionadas con el ejemplo tipo de familia, ya sea directamente o a través de una relación transitiva que involucre una o más secuencias que ya se ha demostrado que son miembros de la familia. Por lo general, se utiliza FastA o BlastP para establecer relaciones de secuencia, con un valor esperado de 0,001 o inferior considerado estadísticamente significativo . Las búsquedas HMMER o psi-blast se utilizan para agregar secuencias que están distantemente relacionadas con una familia. Cada familia se identifica con una letra que representa el tipo catalítico de las peptidasas que contiene seguida de un número único arbitrario.

Algunas familias se dividen en subfamilias debido a la evidencia de divergencias muy antiguas dentro de la familia. La divergencia corresponde a más de 150 mutaciones puntuales aceptadas por cada 100 residuos de aminoácidos.

La similitud en las estructuras tridimensionales respalda la evidencia de que muchas de las familias comparten una ascendencia común con otras. "Clan" se utiliza para describir un grupo de familias de este tipo. Un clan también se reúne alrededor de un ejemplo tipo, que es la estructura de una peptidasa o inhibidor bien caracterizado. Una familia se incluye en un clan si se puede demostrar que la estructura terciaria de un miembro de la familia está relacionada con la del ejemplo tipo de clan. Por lo general, se utiliza DALI para establecer la pertenencia al clan, y una puntuación z de 6,00 unidades de desviación estándar o superior se considera estadísticamente significativa. Para las peptidasas, otra evidencia que indica que las familias están relacionadas cuando no hay una estructura terciaria incluye el mismo orden de residuos catalíticos en las secuencias.

Cada familia, clan, peptidasa e inhibidor tiene un identificador único. En la siguiente tabla se muestran descripciones y ejemplos de identificadores.

• El mapa de la proteólisis
• TopFIND , una base de datos científica que cubre las proteasas, la especificidad de su sitio de escisión, los sustratos, los inhibidores y los extremos de las proteínas que se originan a partir de su actividad.
• Superfamilia de proteínas
• Clan de PA
• Tríada catalítica

• Base de datos MEROPS Archivado el 14 de noviembre de 2006 en Wayback Machine.