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Base de datos del genoma de la rata

La Base de Datos del Genoma de la Rata ( RGD ) es una base de datos de genómica , genética, fisiología y datos funcionales de la rata, así como datos para genómica comparativa e...

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La Base de Datos del Genoma de la Rata ( RGD ) es una base de datos de genómica , genética, fisiología y datos funcionales de la rata, así como datos para genómica comparativa entre rata, humano y ratón. [ 1 ] [ 2 ] RGD es responsable de adjuntar información biológica al genoma de la rata a través de vocabulario estructurado, u ontología , anotaciones asignadas a genes y loci de rasgos cuantitativos (QTL), y de consolidar datos de cepas de rata y ponerlos a disposición de la comunidad de investigación. También están desarrollando un conjunto de herramientas para la minería y el análisis de datos genómicos, fisiológicos y funcionales para la rata, y datos comparativos para rata, ratón, humano y otras cinco especies.

RGD surgió como una iniciativa de colaboración entre instituciones de investigación dedicadas a la genética y la genómica de ratas. Su objetivo, tal como se indica en la solicitud de subvención HL-99-013 de los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) , es la creación de una base de datos del genoma de la rata para recopilar, consolidar e integrar los datos generados por las investigaciones genéticas y genómicas en curso, y ponerlos a disposición de la comunidad científica. Un objetivo secundario, pero fundamental, es la curación de las posiciones mapeadas de los loci de rasgos cuantitativos, las mutaciones conocidas y otros datos fenotípicos.

La rata sigue siendo ampliamente utilizada por los investigadores como organismo modelo para investigar la farmacología, la toxicología, la fisiología general y la biología y fisiopatología de las enfermedades. [ 3 ] En los últimos años, se ha producido un rápido aumento de los datos genéticos y genómicos de la rata. Además, la Base de Datos del Genoma de la Rata se ha convertido en un punto central de información sobre la rata para la investigación y ahora incluye información no solo sobre genética y genómica, sino también sobre fisiología y biología molecular . Existen herramientas y páginas de datos disponibles para todos estos campos, gestionadas por el personal de la RGD. [ 4 ]

Datos

Los datos de RGD consisten en anotaciones manuales de investigadores de RGD, así como anotaciones importadas de diversas fuentes. RGD también exporta sus propias anotaciones para compartirlas con otros.

La página de datos de RGD [ 5 ] enumera ocho tipos de datos almacenados en la base de datos: Genes , QTL , Marcadores , Mapas, Cepas , Ontologías , Secuencias y Referencias . De estos, seis se utilizan activamente y se actualizan periódicamente. El tipo de datos Mapas de RGD se refiere a mapas genéticos e híbridos de radiación heredados. Estos datos han sido reemplazados en gran medida por la secuencia del genoma completo de la rata. El tipo de datos Secuencias no es una lista completa de secuencias genómicas, de transcripción o de proteínas, sino que contiene principalmente secuencias de cebadores de PCR que definen marcadores de polimorfismo de longitud de secuencia simple (SSLP) y etiquetas de secuencia expresada (EST). Dichas secuencias son útiles principalmente para los investigadores que aún utilizan estos marcadores para genotipificar sus animales y para distinguir entre marcadores del mismo nombre. Los seis tipos de datos principales en RGD son los siguientes:

  • Genes : Los registros genéticos iniciales se importan y actualizan semanalmentedesde la base de datos Gene del Centro Nacional de Información Biotecnológica ( NCBI ). Los datos importados durante este proceso incluyen el ID del gen, los identificadores de secuencias de nucleótidos y proteínas de Genbank /RefSeq, los ID de grupo de HomoloGene y los ID de genes, transcripciones y proteínas de Ensembl . Se importan datos adicionales relacionados con proteínas desde la base de datos UniProtKB . Los curadores de RGD revisan la literatura y curan manualmente la Ontología Génica ( GO ), enfermedades, fenotipos y vías para genes de rata, enfermedades y vías para genes de ratón, y enfermedades, fenotipos y vías para genes humanos. [ 6 ] [ 7 ] Además, el sitio importa anotaciones GO para genes de ratón y humanos del Consorcio GO, anotaciones electrónicas de rata de UniProt y anotaciones de fenotipos de ratón de la Base de Datos del Genoma del Ratón/Informática del Genoma del Ratón ( MGD / MGI ).
  • QTLs : El personal de RGD selecciona manualmente datos de QTLs de rata y humanos a partir de la literatura donde existen publicaciones o de registros enviados directamente por los investigadores. Los registros de QTLs de ratón, incluidas las asignaciones de ontología de fenotipo de mamíferos (MP), se importan directamente de MGI. Para los QTLs de rata y humanos, la selección incluye la asignación de anotaciones de ontología MP, HP y de enfermedades . Las posiciones de los QTLs se asignan automáticamente en función de las posiciones genómicas de los marcadores pico y/o flanqueantes o polimorfismos de un solo nucleótido ( SNPs ). Los registros de QTLs enlazan con información sobre cepas relacionadas, genes candidatos, marcadores asociados y QTLs relacionados.
  • Cepas : Al igual que los registros de QTL, los registros de cepas RGD se recopilan manualmente a partir de la literatura o son enviados por investigadores. Los registros de cepas incluyen información sobre el símbolo oficial de la cepa, su origen y disponibilidad, los fenotipos asociados, si la cepa es un modelo para una enfermedad humana y cualquier información disponible sobre cría, comportamiento, manejo, etc. Los registros de cepas enlazan con información sobre genes, alelos y QTL relacionados, cepas asociadas (por ejemplo, cepas parentales o subcepas) y, cuando está disponible, variantes de nucleótidos dañinas específicas de la cepa. Para cepas congénicas y mutantes, se asignan posiciones genómicas para la región introgresada ( cepas congénicas ) o la ubicación de la secuencia mutada (cepas mutantes).
  • Marcadores : Dado que los marcadores genéticos como los SSLP y los EST se han utilizado y se siguen utilizando para QTL y cepas, RGD almacena datos de marcadores para ratas, humanos y ratones. Los datos de marcadores incluyen las secuencias de los cebadores de PCR directos e inversos asociados, las posiciones genómicas y enlaces a la base de datos de sondas del NCBI . Los registros de marcadores enlazan con los registros de QTL, cepas y genes asociados.
  • Líneas celulares :   RGD almacena registros de líneas celulares basados ​​en importaciones de Cellosaurus . Si bien la mayoría son líneas celulares humanas y de ratón, también hay registros disponibles para rata, bonobo, perro, ardilla, cerdo, mono verde y rata topo desnuda.
  • Ontologías : Para que los datos de RGD sean legibles para humanos y estén disponibles para el análisis y la recuperación computacional, RGD se basa en el uso de múltiples ontologías. A julio de 2021, RGD utilizaba 19 ontologías diferentes para expresar los diversos tipos de datos aplicables a los diversos tipos de datos de RGD. Las anotaciones de ontología son asignadas manualmente por curadores [ 6 ] [ 7 ] o se importan de fuentes externas mediante el uso de pipelines automatizados. Seis de las ontologías en uso en RGD fueron creadas o co-creadas en RGD y siete están en desarrollo por miembros del personal de RGD o colaboradores, estas son ontologías para Pathway (PW), Rat Strains (RS), Vertebrate Traits (VT), Disease (RDO), Clinical Measurements (CMO), Measurement Methods (MMO) y Experimental Conditions (XCO). [ 8 ] Las ontologías que se importan de fuentes externas se actualizan semanalmente.
  • Referencias : Las referencias RGD son publicaciones y recursos científicos que se han utilizado para la curación de información en la base de datos, y son fuentes de objetos de datos como QTL y cepas. Para las referencias a las que se accede a través de PubMed de NCBI , los datos importados incluyen el título, los autores, la cita y el ID de PubMed, y se genera un ID RGD. En algunos casos, las referencias se generan como registros internos, como cargas masivas desde pipelines automatizados o comunicaciones personales con fuentes de datos. Estas referencias adicionales proporcionan a los usuarios de RGD una identificación de la fuente de piezas y tipos de datos específicos para los que no hay registros de PubMed disponibles. Ambos tipos de registros de referencia proporcionan enlaces a todos los datos curados de ese artículo o fuente, incluidos genes, QTL, cepas, enfermedades y otras anotaciones de ontología. Los recursos curados para la información se pueden recuperar de la base de datos mediante la página de búsqueda de referencias o los enlaces en la página de un objeto. También están disponibles referencias no curadas, que se sabe que contienen datos relevantes, pero que aún no se han revisado manualmente. Estos enlaces se encuentran en PubMed, en la sección "Referencias - sin curar" de un informe de objeto (por ejemplo, un informe genético).

Herramientas del genoma

Las herramientas del genoma de RGD [ 9 ] incluyen tanto herramientas de software desarrolladas en RGD como herramientas de fuentes de terceros.

Herramientas genómicas desarrolladas en RGD

RGD desarrolla herramientas web diseñadas para utilizar los datos almacenados en la base de datos RGD para análisis en ratas y entre especies. Estas incluyen:

  • OntoMate : OntoMate es un motor de búsqueda bibliográfica basado en conceptos y orientado a ontologías, desarrollado por RGD como alternativa al motor de búsqueda básico PubMed en el flujo de trabajo de curación genética. Convertir datos de texto libre en la literatura científica a un formato estructurado y consultable es una de las tareas principales de todas las bases de datos de organismos modelo. OntoMate etiqueta los resúmenes con nombres de genes, mutaciones genéticas, nombres de organismos, enfermedades y otros términos de las ontologías/vocabularios utilizados en RGD. Todos los términos/entidades etiquetados en un resumen se muestran junto con este en los resultados de la búsqueda. OntoMate también ofrece filtros personalizables para especies, fechas y otros parámetros relevantes para la búsqueda bibliográfica, lo que ha agilizado el proceso en comparación con PubMed. Además de su utilidad para los procesos de curación interna de RGD, la herramienta está disponible para todos los usuarios de RGD.
  • Anotador de genes : La herramienta Anotador de genes (AG) toma como entrada una lista de símbolos de genes, identificadores RGD, números de acceso de GenBank, identificadores de Ensembl o una región cromosómica, y recupera ortólogos de genes, identificadores de bases de datos externas y anotaciones de ontología para los genes correspondientes en RGD. Los datos se pueden descargar a una hoja de cálculo de Excel o analizar en la herramienta. La función Distribución de anotaciones muestra una lista de términos en cada una de las siete categorías con el porcentaje de genes de la lista de entrada que tienen anotaciones para cada término. La función Mapa de calor de comparación permite comparar las anotaciones de los genes de la lista de entrada entre dos ontologías o entre dos ramas de la misma ontología.
  • Visualizador de Variantes : El Visualizador de Variantes (VV) es una herramienta de visualización y análisis de polimorfismos de secuencia específicos de cepas de rata. VV recibe como entrada una lista de símbolos genéticos o una región genómica definida por cromosoma, posiciones de inicio y fin, o por dos símbolos genéticos o marcadores. El usuario debe seleccionar las cepas de interés de una lista de cepas para las que existen secuencias genómicas completas y puede configurar parámetros para las variantes en el conjunto de resultados. La salida es una representación gráfica de las variantes en forma de mapa de calor. Se puede consultar información adicional sobre cada variante en un panel de detalles.
  • Herramienta de Enriquecimiento Multi-Ontológico (MOET): MOET es una herramienta web de análisis de ontologías que identifica términos de cualquiera o de todas las ontologías utilizadas por RGD para la curación de genes (Enfermedad, Vía Metabólica, Fenotipo, GO, ChEBI) que están sobrerrepresentados en las anotaciones de esos genes o de sus ortólogos en otras especies. Genera un gráfico descargable y una lista de términos estadísticamente sobrerrepresentados en la lista de genes del usuario mediante distribución hipergeométrica. MOET también muestra la corrección de Bonferroni y la razón de probabilidades correspondientes en la página de resultados.
  • Buscador de Ortólogos Genéticos (GOLF): GOLF se utiliza para comparar genes o posiciones dentro de regiones de interés entre especies o ensamblajes de RGD. Los resultados se muestran con los genes/posiciones correspondientes en ambas especies o en ambos ensamblajes en una tabla comparativa. Los datos de entrada y salida de GOLF se pueden exportar a otras herramientas de RGD para su análisis o descargar mediante los enlaces de la página de resultados de GOLF.
  • InterViewer : InterViewer es un visor interactivo de interacciones proteína-proteína que muestra la información pertinente sobre los tipos de interacciones y los enlaces a los genes asociados en función de la información introducida por el usuario.
  • PhenoMiner : PhenoMiner combina datos fenotípicos de diferentes cepas de ratas, de modo que los investigadores pueden usar filtros para encontrar los datos fenotípicos cuantitativos que buscan.
  • OLGA - Generador y analizador de listas de objetos : OLGA es un motor de búsqueda diseñado para permitir a los usuarios ejecutar múltiples consultas, generar una lista de objetos a partir de cada consulta y combinar los resultados de forma flexible mediante especificaciones booleanas. OLGA acepta como entrada una lista de símbolos de objetos o parámetros de búsqueda basados ​​en anotaciones de ontología o posición. La lista final de genes, QTL o cepas se puede descargar o enviar a la herramienta GA, al visualizador de variantes, al visor de genomas u otras herramientas RGD.
  • Visor de Genomas : La herramienta Visor de Genomas (GViewer) proporciona a los usuarios vistas completas del genoma, incluyendo genes, QTL y cepas mapeadas, anotadas a una función, proceso biológico, componente celular, fenotipo, enfermedad, vía metabólica o interacción química. GViewer permite realizar búsquedas booleanas en múltiples ontologías. Los resultados se muestran comparados con el cariotipo del genoma de la rata.
  • Diseñador de sondas Overgo : Las sondas Overgo son pares de oligonucleótidos de 22 nucleótidos parcialmente superpuestos, derivados de secuencias genómicas con repeticiones enmascaradas, y se utilizan como sondas de alta actividad específica para el mapeo del genoma. La herramienta Diseñador de sondas Overgo toma como entrada una secuencia de nucleótidos y genera una lista de secuencias de sondas optimizadas que contienen la superposición requerida de 8 nucleótidos en sus extremos 3'.
  • Haplotipador ACP : El Haplotipador ACP crea un haplotipo visual que permite identificar regiones cromosómicas conservadas y no conservadas entre cualquiera de las 48 cepas de ratas caracterizadas como parte del proyecto ACP. Para el cromosoma seleccionado y entre las cepas seleccionadas, la herramienta compara los datos de tamaño de alelos para marcadores microsatélite en el mapa genético o de hibridación de Rhodau seleccionado. [ 10 ]

Herramientas genómicas de terceros adaptadas para su uso con datos RGD

RGD ofrece varias herramientas de software de terceros que han sido adaptadas para su uso en el sitio web utilizando datos almacenados en la base de datos de RGD. Estas incluyen:

  • JBrowse : JBrowse es una herramienta gratuita, interactiva y específica para el análisis de datos en bases de datos. El software fue creado y actualmente es mantenido por el proyecto Generic Model Organism Database. A través de JBrowse se puede acceder a datos genéticos y fenotípicos, incluyendo conjuntos de datos fundamentales y datos de interacción gen-química, así como a su relación con la secuencia genómica.
  • RatMine : RatMine es una versión del software InterMine [ 11 ] centrada en ratas . Permite a los usuarios extraer y analizar datos de ratas de diversas bases de datos, como RGD, NCBI, UniProtKB y Ensembl, en una única ubicación y con un formato consistente. La plataforma InterMine se ha adaptado para múltiples especies en otras bases de datos y está diseñada para ser interoperable entre instancias, de modo que los usuarios puedan realizar consultas entre especies desde la interfaz de RatMine. [ 12 ]

Datos y herramientas adicionales

Portal de Fenotipos y Modelos

El portal de Fenotipos y Modelos de RGD [ 13 ] se centra en cepas, fenotipos y la rata como organismo modelo para la fisiología y la enfermedad.

  • Modelos Genéticos : Aquí se listan todas las ratas modificadas genéticamente (cepas mutantes y transgénicas) en formato de tabla para facilitar el acceso por genes afectados, cepas de referencia y otra información disponible. Esta sección también incluye las cepas GERRC, donde se crearon ratas modificadas genéticamente a través del Centro de Recursos para la Edición Genética de Ratas (GERRC).
  • Modelos de autismo : Las ratas de laboratorio son el animal de elección en neurobiología. El Medical College of Wisconsin ha estado trabajando con la Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI) para generar y distribuir modelos de ratas modificadas genéticamente para el estudio del autismo.
  • PhenoMiner (Modelos Cuantitativos) : PhenoMiner [ 14 ] es una base de datos y aplicación web para encontrar y analizar datos cuantitativos de fenotipos de ratas. Los datos se anotan con ontologías para la cepa de rata, la medición clínica, el método de medición y la condición experimental. Los experimentos se categorizan según el rasgo o la enfermedad evaluada mediante la medición. El uso de vocabularios y formatos de datos estandarizados permite comparar valores entre experimentos para la misma medición. La página de resultados de PhenoMiner incluye un gráfico de los valores de medición y una tabla descargable de los valores con sus metadatos correspondientes. Se proporciona un enlace para que los usuarios puedan enviar sus propios datos a la base de datos.
  • Rangos esperados (modelos cuantitativos) : Rangos esperados es una base de datos de metaanálisis estadístico donde se utilizan valores fenotípicos cuantitativos de PhenoMiner para calcular el "rango esperado" de un fenotipo medido para un grupo de cepas en diferentes estudios. Estos rangos esperados pueden estratificarse por sexo, edad y condiciones experimentales si se dispone de suficientes datos.
  • Fenotipos : La sección Fenotipos contiene una gran cantidad de datos del proyecto PhysGen Program for Genomic Applications, un proyecto financiado por el NHLBI para "desarrollar cepas de ratas consómicas y knockout, caracterizar fenotípicamente estas cepas y proporcionar estos recursos a la comunidad científica". [ 15 ] Las categorías de datos incluyen mediciones de la función cardiovascular, renal y respiratoria, química sanguínea, morfología corporal y comportamiento. También se proporcionan enlaces a protocolos para la fenotipificación de ratas y a datos de fenotipificación de alto rendimiento similares en el National BioResource Project for the Rat in Japan (NBRP-Rat).
  • Modelos fenotípicos y recursos genómicos para otras especies : Además de los datos de ratas, ratones y humanos, el RGD proporciona acceso integrado a información genómica y, en algunos casos, fenotípica de otras especies de mamíferos. Estas especies, que se enumeran a continuación, constituyen importantes modelos de investigación para el estudio de enfermedades, fisiología y fenotipos.

Portales de enfermedades

Los portales de enfermedades consolidan los datos de RGD para una categoría de enfermedad específica y los presentan en un único grupo de páginas. Se enumeran los genes, QTL y cepas anotados para cualquier enfermedad de la categoría, con vistas genómicas de su ubicación en ratas, humanos y ratones (véase el Visor de Genomas en las herramientas genómicas desarrolladas en RGD ). Secciones adicionales del portal muestran datos sobre fenotipos, procesos biológicos y vías metabólicas relacionadas con la categoría de enfermedad. También se proporcionan páginas para que los usuarios accedan a información sobre cepas de ratas utilizadas como modelos para una o más enfermedades de la categoría, herramientas que podrían utilizarse para analizar los datos y recursos adicionales relacionados con la categoría de enfermedad. Además, se puede acceder a la Herramienta de Enriquecimiento Multi-Ontológico (MOET) de RGD en la parte inferior de cada portal de enfermedad.

A mayo de 2021, RGD cuenta con quince portales de enfermedades: [ 16 ] [ 17 ]

Los portales de enfermedades consolidan los datos de RGD para una categoría específica y los presentan en un único grupo de páginas. Se enumeran los genes, QTL y cepas asociados a cualquier enfermedad de la categoría, con vistas genómicas de su ubicación en ratas, humanos y ratones (véase «Visor de genoma» en Herramientas genómicas desarrolladas en RGD ). Secciones adicionales del portal muestran datos sobre fenotipos, procesos biológicos y vías metabólicas relacionadas con la categoría de enfermedad. También se proporcionan páginas para que los usuarios accedan a información sobre cepas de ratas utilizadas como modelos para una o más enfermedades de la categoría, herramientas para analizar los datos y recursos adicionales relacionados con la misma.

Senderos

Los recursos de Pathway de RGD [ 18 ] [ 19 ] incluyen una Ontología de Pathway [ 20 ] de términos de vías (desarrollada y mantenida en RGD, que abarca no solo vías metabólicas sino también enfermedades, fármacos, vías reguladoras y de señalización), así como diagramas interactivos de los componentes e interacciones de vías seleccionadas. En las páginas de diagramas se incluyen una descripción, listas de miembros de genes de la vía y elementos adicionales, tablas de anotaciones de enfermedades, vías y fenotipos realizadas a los genes miembros de la vía, referencias asociadas y un diagrama de ruta de la ontología. Se presentan Pathway Suites y Suite Networks, es decir, agrupaciones de vías relacionadas que contribuyen a un proceso más amplio como la homeostasis de la glucosa o la regulación de la expresión génica, así como diagramas de Physiological Pathway que muestran redes de órganos, tejidos, células y vías moleculares a nivel de todo el animal o de sistemas.

Nocauts

Hasta hace poco, las manipulaciones genómicas directas y específicas en la rata no eran posibles. Sin embargo, con el auge de tecnologías como las técnicas de mutagénesis basadas en nucleasas de dedos de zinc y CRISPR , esto ya no es así. [ 21 ] Entre los grupos que producen ratas knockout y otros tipos de ratas genéticamente modificadas se encuentra el Centro de Genética Humana y Molecular de MCW. RGD enlaza con información sobre las cepas de ratas producidas en estos estudios a través de páginas sobre el proyecto PhysGen Knockout [ 22 ] y el Centro de Recursos para Ratas de Edición Genética de MCW (GERRC ) , [ 23 ] accesibles desde los encabezados de página de RGD. La financiación tanto para el proyecto PhysGenKO como para el GERRC provino del Instituto Nacional del Corazón, los Pulmones y la Sangre (NHLBI). El objetivo declarado de ambos proyectos es producir ratas con alteraciones en uno o más genes específicos relacionados con la misión del NHLBI. Los genes fueron propuestos por investigadores de ratas. Las propuestas fueron evaluadas por un Consejo Asesor Externo. En el caso del proyecto PhysGenKO, muchas de las ratas producidas por el grupo fueron fenotipadas utilizando un protocolo estandarizado de fenotipado de alto rendimiento y los datos están disponibles en la herramienta PhenoMiner de RGD.

Extensión comunitaria y educación

RGD se comunica con la comunidad de investigación de ratas de diversas maneras, incluyendo un foro de correo electrónico, una página de noticias, una página de Facebook, una cuenta de Twitter y la asistencia y presentaciones regulares en reuniones y conferencias científicas. [ 24 ] Las actividades educativas adicionales incluyen la producción de videos tutoriales, que describen cómo usar las herramientas y los datos de RGD, y sobre temas más generales como ontologías biomédicas y nomenclatura biológica (es decir, genes, QTL y cepas). Estos videos se pueden ver en varios sitios de alojamiento de videos en línea, incluyendo YouTube .

Fondos

RGD recibe financiación de la subvención R01HL64541 del Instituto Nacional del Corazón, los Pulmones y la Sangre ( NHLBI ) en nombre de los Institutos Nacionales de la Salud (NIH). La investigadora principal de la subvención es Anne E. Kwitek, quien fue designada para este puesto de liderazgo en marzo de 2020, sucediendo a Mary E. Shimoyama. Melinda R. Dwinell es coinvestigadora. [ 25 ]

Ensamblaje del nuevo genoma

El nuevo ensamblaje del genoma de la rata, mRatBN7.2, fue generado por el Proyecto Árbol de la Vida de Darwin en el Instituto Wellcome Sanger y ha sido aceptado en el Consorcio de Referencia del Genoma. mRatBN7.2 se derivó de una rata macho BN/NHsdMcwi, descendiente directa de la rata hembra BN previamente secuenciada. El nuevo genoma de referencia de la rata BN se creó utilizando diversas tecnologías , incluyendo lecturas largas PacBio , lecturas vinculadas 10X , mapas Bionano y Arima Hi-C. Su contigüidad es similar a la de los ensamblajes de referencia humanos o de ratón. Está disponible en GenBank del NCBI y en RefSeq, y se convertirá en el ensamblaje principal en RGD próximamente. [ 26 ]

Referencias

  1. ↑ Smith, Jennifer R.; Hayman, G. Thomas; Wang, Shur-Jen; Laulederkind, Stanley JF; Hoffman, Matthew J.; Kaldunski, Mary L.; Tutaj, Monika; Thota, Jyothi; Nalabolu, Harika S.; Ellanki, Santoshi LR; Tutaj, Marek A. (2020-01-08). "El año de la rata: la base de datos del genoma de la rata a los 20 años: una base de conocimientos y plataforma de análisis multiespecie" . Nucleic Acids Research . 48 (D1): D731– D742. doi : 10.1093/nar/gkz1041 . ISSN 1362-4962 . PMC 7145519. PMID 31713623 .   
  2. ↑ Shimoyama M, De Pons J, Hayman GT, et al. (2015). "The Rat Genome Database 2015: genomic, phenotypic and environmental variations and disease" . Nucleic Acids Res . 43 (número especial de bases de datos): D743–50. doi : 10.1093 / nar/gku1026 . PMC 4383884. PMID 25355511 .   
  3. ↑ Aitman TJ, Critser JK, Cuppen E, et al. (2008). "Progreso y perspectivas en genética de ratas: una visión de la comunidad". Nat . Genet . 40 (5): 516– 22. doi : 10.1038/ng.147 . PMID 18443588. S2CID 22522876 .   
  4. ↑ RGD. "Acerca de RGD - Base de datos del genoma de la rata" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 17 de febrero de 2013 .
  5. ↑ "RGD Data - Rat Genome Database" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 8 de julio de 2015 .
  6. 1 2 Laulederkind SJ, Shimoyama M, Hayman GT, et al. (2011). "The Rat Genome Database curation tool suite: a set of optimized software tools letting efficient acquisition, organization, and presentation of biological data" . Database (Oxford) . 2011 bar002. doi : 10.1093/database/bar002 . PMC 3041158. PMID 21321022 .   
  7. 1 2 Shimoyama M, Hayman GT, Laulederkind SJ, et al. (2009). "Los curadores de la base de datos del genoma de la rata: quién, qué, dónde, por qué" . PLOS Comput. Biol . 5 (11 ) e1000582. Bibcode : 2009PLSCB...5E0582S . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000582 . PMC 2775909. PMID 19956751 .   
  8. ↑ RGD. "Acerca de las ontologías RGD - Base de datos del genoma de la rata" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 8 de julio de 2015 .
  9. ↑ RGD. "Herramientas del genoma - Base de datos del genoma de la rata" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 8 de julio de 2015 .
  10. ↑ de la Cruz N, Bromberg S, Pasko D, et al. (2005). "The Rat Genome Database (RGD): developments towards a phenome database" . Nucleic Acids Res . 33 (número especial sobre bases de datos): D485–91. doi : 10.1093/nar/gki050 . PMC 540004. PMID 15608243 .   
  11. ↑ Smith RN, Aleksic J, Butano D, et al. (2012). "InterMine: un sistema de almacenamiento de datos flexible para la integración y el análisis de datos biológicos heterogéneos" . Bioinformatics . 28 ( 23): 3163– 5. doi : 10.1093/bioinformatics/bts577 . PMC 3516146. PMID 23023984 .   
  12. ↑ Rachel L, Julie S, Daniela B, et al. (2015). " Análisis entre organismos mediante InterMine" . Genesis . 53 (8): 547– 60. doi : 10.1002/dvg.22869 . PMC 4545681. PMID 26097192 .   
  13. ↑ RGD. "Fenotipos y modelos - Base de datos del genoma de la rata" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 15 de julio de 2015 .
  14. ↑ Laulederkind SJ, Liu W, Smith JR, et al. (2013). "PhenoMiner: curación cuantitativa de fenotipos en la base de datos del genoma de la rata" . Database (Oxford) . 2013 bat015. doi : 10.1093/database/bat015 . PMC 3630803. PMID 23603846 .   
  15. ↑ RGD. "Datos de fenotipo - Base de datos del genoma de la rata" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 14 de julio de 2015 .
  16. ↑ RGD. "RGD Disease Portals - Rat Genome Database" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 15 de julio de 2015 .
  17. ↑ Twigger SN, Shimoyama M, Bromberg S, Kwitek AE, Jacob HJ (2007). "La base de datos del genoma de la rata, actualización 2007: facilitando el camino de la enfermedad a los datos y viceversa" . Nucleic Acids Res . 35 (número especial de bases de datos): D658–62. doi : 10.1093/nar/ gkl988 . PMC 1761441. PMID 17151068 .  
  18. ↑ Petri V, Shimoyama M, Hayman GT, et al. (2011). "El portal de vías de la base de datos del genoma de la rata" . Database (Oxford) . 2011 bar010. doi : 10.1093/database/bar010 . PMC 3072770. PMID 21478484 .   
  19. ↑ Hayman GT, Jayaraman P, Petri V, et al. (2013). "El portal actualizado de la vía RGD utiliza una mayor eficiencia de curación y proporciona información ampliada sobre la vía" . Hum . Genomics . 7 (1) 4. doi : 10.1186/1479-7364-7-4 . PMC 3598722. PMID 23379628 .   
  20. ↑ Petri V, Jayaraman P, Tutaj M, et al. (2014). "La ontología de vías metabólicas: actualizaciones y aplicaciones" . J Biomed Semantics . 5 (1): 7. doi : 10.1186/2041-1480-5-7 . PMC 3922094. PMID 24499703 .   
  21. ↑ Flister MJ, Prokop JW, Lazar J, Shimoyama M, Dwinell M, Geurts A (2015). "Directrices de 2015 para el establecimiento de modelos de ratas genéticamente modificadas para la investigación cardiovascular" . J Cardiovasc Transl Res . 8 (4): 269– 77. doi : 10.1007/s12265-015-9626-4 . PMC 4475456. PMID 25920443 .  
  22. ↑ RGD. "PhysGen Knockouts - Base de datos del genoma de la rata" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 15 de julio de 2015 .
  23. ↑ RGD. "Centro de recursos para la edición genética en ratas" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 21 de julio de 2015 .
  24. ↑ RGD. "Comunidad de ratas - Base de datos del genoma de la rata" . Rgd.mcw.edu . Consultado el 15 de julio de 2015 .
  25. ↑ NIH. "Información del proyecto para la subvención HL64541: Base de datos del genoma de la rata" . nih.gov . Consultado el 15 de julio de 2015 .
  26. ↑ NIH. "Rnor_6.0 - Ensamblaje - NCBI" . nih.gov . Consultado el 15 de julio de 2015 .
  • El Proyecto Nacional de Biorrecursos para la Rata en Japón
  • Acerca de RGD
  • Acerca de las ontologías RGD
  • Herramientas del genoma RGD
  • Fenotipos y modelos RGD
  • Portales de enfermedades RGD
  • Ratones knockout de RGD PhysGen
  • Centro de recursos para ratas con edición genética RDG
  • Información del proyecto para la subvención HL64541
  • Ensamblaje NIH Rnor_6.0