En biología molecular , un gen oscilante es un gen que se expresa en un patrón rítmico o en ciclos periódicos. [ 1 ] [ 2 ] Los genes oscilantes suelen ser circadianos y se pueden identificar por cambios periódicos en el estado de un organismo. Los ritmos circadianos , controlados por genes oscilantes, tienen un período de aproximadamente 24 horas. Por ejemplo, la apertura y el cierre de las hojas de las plantas en diferentes momentos del día o el ciclo de sueño-vigilia de los animales pueden incluir ritmos circadianos. También son posibles otros períodos, como 29,5 días resultantes de los ritmos circalunares o 12,4 horas resultantes de los ritmos circatidales. [ 3 ] Los genes oscilantes incluyen tanto genes componentes centrales del reloj como genes de salida. Un gen componente central del reloj es un gen necesario para el marcapasos. Sin embargo, un gen oscilante de salida, como el gen AVP , es rítmico pero no es necesario para el marcapasos. [ 4 ]
Historia
Las primeras observaciones registradas de genes oscilantes provienen de las marchas de Alejandro Magno en el siglo IV a. C. [ 5 ] En ese momento, uno de los generales de Alejandro, Andróstenes , escribió que el tamarindo abría sus hojas durante el día y las cerraba al anochecer. [ 5 ] Hasta 1729, se asumió que los ritmos asociados con los genes oscilantes eran "respuestas pasivas a un entorno cíclico". [ 3 ] En 1729, Jean-Jacques d'Ortous de Mairan demostró que los ritmos de apertura y cierre de las hojas de una planta continuaban incluso cuando se colocaba en un lugar donde no podía llegar la luz solar. Esta fue una de las primeras indicaciones de que había un elemento activo en las oscilaciones. En 1923, Ingeborg Beling publicó su artículo "Über das Zeitgedächtnis der Bienen" ("Sobre la memoria temporal de las abejas") que extendió las oscilaciones a los animales, específicamente a las abejas [ 6 ] En 1971, Ronald Konopka y Seymour Benzer descubrieron que las mutaciones del gen PERIOD causaban cambios en el ritmo circadiano de las moscas en condiciones constantes. Plantearon la hipótesis de que la mutación del gen estaba afectando el mecanismo oscilador básico. [ 7 ] Paul Hardin , Jeffrey Hall y Michael Rosbash demostraron esa relación al descubrir que dentro del gen PERIOD había un mecanismo de retroalimentación que controlaba la oscilación. [ 8 ] A mediados de la década de 1990 se produjo una avalancha de descubrimientos, con CLOCK , CRY y otros que se añadieron a la creciente lista de genes oscilantes. [ 9 ] [ 10 ]
Mecanismos circadianos moleculares
El mecanismo molecular principal detrás de un gen oscilante se describe mejor como un bucle de retroalimentación de transcripción/traducción. [ 11 ] Este bucle contiene tanto reguladores positivos, que aumentan la expresión génica, como reguladores negativos, que la disminuyen. [ 12 ] Los elementos fundamentales de estos bucles se encuentran en diferentes filos. En el reloj circadiano de los mamíferos, por ejemplo, los factores de transcripción CLOCK y BMAL1 son los reguladores positivos. [ 12 ] CLOCK y BMAL1 se unen a la caja E de genes oscilantes, como Per1, Per2 y Per3, y Cry1 y Cry2, y regulan positivamente su transcripción. [ 12 ] Cuando los PER y CRY forman un heterocomplejo en el citoplasma y vuelven a entrar en el núcleo, inhiben su propia transcripción. [ 13 ] Esto significa que, con el tiempo, los niveles de ARNm y proteína de los PER y CRY, o de cualquier otro gen oscilante bajo este mecanismo, oscilarán.
También existe un bucle de retroalimentación secundario, o «bucle estabilizador», que regula la expresión cíclica de Bmal1. [ 12 ] Esto se debe a dos receptores nucleares, REV-ERB y ROR, que suprimen y activan la transcripción de Bmal1, respectivamente. [ 12 ]
Además de estos bucles de retroalimentación, las modificaciones postraduccionales también juegan un papel en el cambio de las características del reloj circadiano, como su período. [ 13 ] Sin ningún tipo de represión por retroalimentación, el reloj molecular tendría un período de solo unas pocas horas. [ 12 ] Se descubrió que los miembros de la caseína quinasa CK1ε y CK1δ son quinasas de proteínas de mamíferos involucradas en la regulación circadiana. [ 12 ] Las mutaciones en estas quinasas están asociadas con el síndrome familiar de fase de sueño avanzada ( FASPS ). [ 14 ] En general, la fosforilación es necesaria para la degradación de PER a través de las ubiquitina ligasas. [ 15 ] Por el contrario, la fosforilación de BMAL1 a través de CK2 es importante para la acumulación de BMAL1. [ 16 ]
Ejemplos
Los genes que se presentan en esta sección representan solo una pequeña muestra de la gran cantidad de genes oscilantes que existen en el mundo. Estos genes fueron seleccionados por considerarse algunos de los más importantes en la regulación del ritmo circadiano dentro de su respectiva clasificación.
Genes de mamíferos
- Cry1 y Cry2 : Los criptocromos son una clase de flavoproteínas sensibles a la luz azul que se encuentran en plantas y animales. Cry1 y Cry2 codifican las proteínas CRY1 y CRY2. En Drosophila , CRY1 y CRY2 se unen a TIM , un gen circadiano que forma parte del bucle de retroalimentación negativa transcripción-traducción , de manera dependiente de la luz y bloquean su función. En mamíferos, CRY1 y CRY2 son independientes de la luz y funcionan para inhibir el dímero CLOCK-BMAL1 del reloj circadiano, que regula el ciclo de transcripción de Per1. [ 17 ]
- Bmal1 – Bmal1, también conocido como ARNTL o translocador nuclear similar al receptor de hidrocarburos arílicos , codifica una proteína que forma un heterodímero con la proteína CLOCK. Este heterodímero se une a los potenciadores E-box presentes en las regiones promotoras de muchos genes, como Cry1, Cry2 y Per1-3, activando así la transcripción. Las proteínas resultantes se translocan de nuevo al núcleo y actúan como reguladores negativos al interactuar con CLOCK y/o BMAL1, inhibiendo la transcripción. [ 11 ]
- Clock , también conocido como Circadian Locomotor Output Cycles Kaput, es un factor de transcripción del marcapasos circadiano de los mamíferos. Influye tanto en la persistencia como en el período de los ritmos circadianos mediante su interacción con el gen Bmal1. Para más información, consulte Bmal1.
- Genes Per – Hay tres genes per diferentes, también conocidos como genes Period, (per 1, per 2 y per 3) que están relacionados por secuencia en ratones. Los niveles de transcripción de mPer1 aumentan al final de la noche antes del amanecer subjetivo y son seguidos por aumentos en los niveles de mPer3 y luego por mPer2. mPer1 alcanza su pico en CT 4-6, mPer3 en CT 4 y 8 y mPer2 en CT 8. [ 18 ] mPer1 es necesario para los cambios de fase inducidos por la luz o la liberación de glutamato. [ 19 ] mPer 2 y mPer3 están involucrados en el restablecimiento del reloj circadiano a las señales de luz ambiental. [ 20 ]
genes de Drosophila
- Reloj – El gen reloj en Drosophila codifica la proteína CLOCK y forma un heterodímero con la proteína CYCLE para controlar la actividad oscilatoria principal del reloj circadiano. [ 21 ] El heterodímero se une a la región promotora E-box de per y tim, lo que provoca la activación de la expresión de sus respectivos genes. Una vez que los niveles de proteína de PER y TIM alcanzan un punto crítico, también se dimerizan e interactúan con el heterodímero CLOCK-CYCLE para impedir que se una a la E-Box y active la transcripción. Este bucle de retroalimentación negativa es esencial para el funcionamiento y la sincronización del reloj circadiano. [ 22 ]
- Ciclo : el gen ciclo codifica la proteína CYCLE para formar un heterodímero con la proteína CLOCK. Este heterodímero crea un bucle de retroalimentación transcripción-traducción que controla los niveles de los genes PER y TIM. Se ha demostrado que este bucle de retroalimentación es fundamental para el funcionamiento y la sincronización del reloj circadiano en Drosophila . Para más información, consulte Clock. [ 21 ]
- Per – El gen per es un gen reloj que codifica la proteína PER en Drosophila . Los niveles de proteína y las tasas de transcripción de PER demuestran ritmos circadianos robustos que alcanzan su máximo alrededor de CT 16. Crea un heterodímero con TIM para controlar el ritmo circadiano. El heterodímero entra en el núcleo para inhibir el heterodímero CLOCK-CYCLE, que actúa como activador transcripcional de per y tim. Esto resulta en una inhibición de los factores de transcripción de per y tim, lo que reduce los niveles respectivos de ARNm y de proteína. [ 23 ] Para más información, consulte Clock.
- Atemporal: El gen tim codifica la proteína TIM, fundamental para la regulación circadiana en Drosophila . Sus niveles proteicos y tasas de transcripción demuestran una oscilación circadiana que alcanza su máximo alrededor de CT 16. TIM se une a la proteína PER para formar un heterodímero cuyo bucle de retroalimentación transcripción-traducción controla la periodicidad y la fase de los ritmos circadianos. Para más información, consulte Periodo y Reloj. [ 8 ]
genes fúngicos
- Frq – El gen Frq, también conocido como gen de frecuencia, codifica componentes centrales de un bucle oscilatorio dentro del reloj circadiano en Neurospora . En el bucle de retroalimentación del oscilador, frq da lugar a transcripciones que codifican dos formas de la proteína FRQ. Ambas formas son necesarias para una ritmicidad robusta en todo el organismo. Los cambios rítmicos en la cantidad de transcrito de frq son esenciales para la actividad sincrónica, y los cambios abruptos en los niveles de frq reinician el reloj. [ 18 ]
Genes bacterianos
- Genes Kai: Presentes en la cianobacteria Synechococcus elongatus , estos genes son componentes esenciales del reloj circadiano de la cianobacteria, el principal ejemplo de ritmos circadianos bacterianos . Las proteínas Kai regulan la expresión génica en todo el genoma. La oscilación de la fosforilación y desfosforilación de KaiC actúa como el marcapasos del reloj circadiano. [ 24 ]
genes de las plantas
- CCA1 – El gen CCA1, también conocido como gen 1 asociado al ritmo circadiano y al reloj biológico, es un gen especialmente importante para mantener la ritmicidad de las oscilaciones celulares de las plantas. Su sobreexpresión provoca la pérdida de la expresión rítmica de los genes controlados por el reloj biológico (CCG), la pérdida del control del fotoperiodo y la pérdida de la ritmicidad en la expresión de LHY. Consulte el gen LHY a continuación para obtener más información. [ 18 ]
- LHY – El gen LHY, también conocido como gen del hipocótilo alargado tardío , es un gen presente en las plantas que codifica componentes de bucles de retroalimentación negativa de regulación mutua con CCA1, en los que la sobreexpresión de cualquiera de ellos resulta en la atenuación de la expresión de ambos. Este bucle de retroalimentación negativa afecta la ritmicidad de múltiples señales de salida, creando un complejo proteico diurno. [ 18 ]
- El gen Toc1, también conocido como gen de regulación de la expresión de CAB 1, es un gen oscilante presente en las plantas que controla la expresión de CAB. Se ha demostrado que afecta el periodo de los ritmos circadianos mediante la represión de factores de transcripción. Esto se descubrió mediante mutaciones del gen toc1 en plantas que presentaban un periodo de expresión de CAB acortado.
Véase también
Referencias
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- Biología molecular
- Cronobiología