ORF9b

ORF9b (anteriormente a veces llamado ORF13 ) es un gen que codifica una proteína accesoria viral en coronavirus del subgénero Sarbecovirus , incluidos SARS-CoV y SARS-CoV-2 . Es un gen superpuesto cuyo marco de lectura abierto está completamente contenido dentro del gen N, que codifica la proteína de la nucleocápside del coronavirus . ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]} La proteína codificada tiene 97 residuos de aminoácidos de longitud en SARS-CoV ^{[ 2 ] [ 3 ]} y 98 en SARS-CoV-2, ^{[ 4 ]} en ambos casos formando un dímero de proteína .

Ha habido inconsistencia en la nomenclatura utilizada para este gen en la literatura científica. En algunos trabajos sobre el SARS-CoV, se le ha denominado ORF13. También se le ha denominado a veces ORF9a, lo que ha dado lugar a que un ORF posterior de 76 codones en el SARS-CoV, que también se solapa con el gen N , se denomine ORF9b. La nomenclatura recomendada se refiere al ORF más largo como 9b y al ORF posterior, más corto, como ORF9c . ^{[ 5 ]}

La proteína ORF9b tiene 97 residuos de aminoácidos en el SARS-CoV ^{[ 2 ] [ 3 ]} y 98 en el SARS-CoV-2. ^{[ 4 ]} Forma un homodímero rico en láminas beta con una cavidad hidrofóbica en el centro que se une a los lípidos . ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]} La cavidad de unión a lípidos podría servir como un mecanismo inusual para anclar la proteína a las membranas. ^{[ 1 ]}

Se ha caracterizado estructuralmente un fragmento de la proteína ORF9b del SARS-CoV-2 en un complejo proteico con Tom70 , en el que ORF9b forma una hélice alfa en lugar de la estructura de lámina beta observada de forma aislada. ^{[ 6 ]} Este comportamiento de cambio de plegamiento también es consistente con las predicciones bioinformáticas y podría ocurrir también en el homólogo del SARS-CoV. ^{[ 7 ]}

ORF9b es uno de dos genes superpuestos que se encuentran completamente dentro del marco de lectura abierto del gen N que codifica la proteína de la nucleocápside del coronavirus ; el otro es ORF9c . ORF9b se expresa mediante escaneo ribosómico con fugas a partir de su ARN subgenómico bicistrónico . ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 8 ]} A diferencia de su vecino ORF9c, su longitud está bien conservada en los sarbecovirus y existe una fuerte evidencia de que es un gen funcional que codifica proteínas . ^{[ 9 ]}

En el SARS-CoV, la proteína se localiza en el retículo endoplasmático (RE) ^{[ 3 ]} y en vesículas intracelulares . ^{[ 2 ] [ 1 ]} No tiene una secuencia de localización nuclear , pero puede entrar al núcleo celular por difusión pasiva ; sin embargo, sí tiene una secuencia de exportación nuclear para salir del núcleo. ^{[ 2 ] [ 3 ]} En el SARS-CoV-2, se ha descrito que está asociada a la membrana mitocondrial . ^{[ 4 ]}

La función de la proteína ORF9b no está bien caracterizada. No es esencial para la replicación viral . ^{[ 2 ]}