Hispanopedia WikiLa lista de herramientas de software de bioinformática se puede dividir según la licencia utilizada:
Alternativamente, a continuación se presenta una categorización según el respectivo subcampo de bioinformática en el que se especializa:
- Software de análisis de secuencias
- Lista de software de alineación de secuencias
- Lista de software de visualización de alineación
- Análisis de secuencia sin alineamiento
- Ensambladores de secuencias de novo
- Lista de software de predicción de genes
- Lista de software de predicción de trastornos
- Lista de herramientas de predicción de la localización subcelular de proteínas
- Lista de programas de filogenética
- Lista de software de visualización de árboles filogenéticos
- Categoría:Software de metagenómica
- Software de biología estructural
- Lista de sistemas de gráficos moleculares
- Lista de software de acoplamiento proteína-ligando
- Lista de software de predicción de la estructura del ARN
- Lista de software para la verificación de errores en modelos de proteínas
- Lista de programas de predicción de la estructura secundaria de proteínas
- Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
- Categoría:Software de dinámica molecular
- Software de alineación estructural
- Otro
- Compresión de datos de secuenciación genómica
- Sistema de gestión de flujo de trabajo de bioinformática
- Lista de software de ingeniería genética
- Lista de software de visualización de biología de sistemas
- Lista de software de modelado de biología de sistemas
- Software de análisis de geles 2D
- Lista de software de espectrometría de masas