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Lista de software de predicción de la estructura del ARN

Esta lista de software de predicción de la estructura del ARN es una recopilación de herramientas de software y portales web utilizados para la predicción de la estructura de lo...

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Esta lista de software de predicción de la estructura del ARN es una recopilación de herramientas de software y portales web utilizados para la predicción de la estructura de los ácidos nucleicos .

Predicción de la estructura secundaria de una sola secuencia.

Predicción de la estructura terciaria de secuencia única

Métodos comparativos

Los métodos de secuencia única mencionados anteriormente tienen dificultades para detectar una pequeña muestra de estructuras secundarias razonables dentro de un amplio espacio de estructuras posibles. Una buena manera de reducir el tamaño de este espacio es utilizar enfoques evolutivos. Las estructuras que se han conservado mediante la evolución tienen muchas más probabilidades de ser la forma funcional. Los métodos que se describen a continuación utilizan este enfoque.

predicción de la accesibilidad del ARN al solvente

Interacciones intermoleculares: ARN-ARN

Muchos ARN no codificantes funcionan uniéndose a otros ARN . Por ejemplo, los microARN regulan la expresión de genes codificadores de proteínas uniéndose a las regiones 3' UTR , los ARN nucleolares pequeños guían las modificaciones postranscripcionales uniéndose al ARNr , el ARN espliceosómico U4 y el ARN espliceosómico U6 se unen entre sí formando parte del espliceosoma , y ​​muchos ARN bacterianos pequeños regulan la expresión génica mediante interacciones antisentido, por ejemplo, GcvB , OxyS y RyhB .

Interacciones intermoleculares: MicroARN: cualquier ARN

La siguiente tabla incluye interacciones que no se limitan a las UTR.

Interacciones intermoleculares: MicroARN:UTR

Los microARN regulan la expresión de genes codificadores de proteínas mediante la unión a las regiones 3' UTR ; existen herramientas diseñadas específicamente para predecir estas interacciones. Para una evaluación de los métodos de predicción de dianas en datos experimentales de alto rendimiento, véase (Baek et al. , Nature 2008), [ 126 ] (Alexiou et al. , Bioinformatics 2009), [ 127 ] o (Ritchie et al., Nature Methods 2009) [ 128 ].

Software de predicción de genes de ARNnc

Software de predicción de genes específico para cada familia

Software de búsqueda de homología de ARN

Puntos de referencia

Visualizadores y editores de alineación

Plegamiento inverso, diseño de ARN

Notas

Visualizadores y editores de estructura secundaria

Véase también

Referencias

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