Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Lista de software de visualización de árboles filogenéticos

Un Zoom Esta lista de software de visualización de árboles filogenéticos es una compilación de herramientas de software y portales web utilizados para visualizar árboles filogen...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

Un Zoom

Esta lista de software de visualización de árboles filogenéticos es una compilación de herramientas de software y portales web utilizados para visualizar árboles filogenéticos .

Software en línea

Software de escritorio

1 "Todos" se refiere a Microsoft Windows, Apple OSX y Linux; L=Linux, M=Apple Mac, W=Microsoft Windows

Bibliotecas

Véase también

Referencias

  1. ^ Cazaux B, Castel G, Rivals E (septiembre de 2019). "AQUAPONY: visualización e interpretación de información filogeográfica en árboles filogenéticos". Bioinformática . 35 (17): 3163–3165. doi : 10.1093/bioinformatics/btz011 . PMID  30649190. Archivado desde el original el 2019-02-03.
  2. ^ Huerta-Cepas J, Dopazo J, Gabaldón T (enero de 2010). "ETE: un entorno Python para la exploración de árboles". BMC Bioinformatics . 11 : 24. doi : 10.1186/1471-2105-11-24 . PMC 2820433 . PMID  20070885. 
  3. ^ Zhang H, Gao S, Lercher MJ, Hu S, Chen WH (julio de 2012). "EvolView, una herramienta en línea para visualizar, anotar y gestionar árboles filogenéticos". Nucleic Acids Research . 40 (edición del servidor web): W569–72. doi :10.1093/nar/gks576. PMC 3394307 . PMID  22695796. 
  4. ^ Vaughan TG (agosto de 2017). "IcyTree: visualización rápida basada en navegador para árboles filogenéticos y redes". Bioinformática . 33 (15): 2392–2394. doi :10.1093/bioinformatics/btx155. PMC 5860111 . PMID  28407035. 
  5. ^ Moore RM, Harrison AO, McAllister SM, Polson SW, Wommack KE (febrero de 2020). "Iroki: personalización automática y visualización de árboles filogenéticos". PeerJ . 8 (e8584): e8584. doi : 10.7717/peerj.8584 . PMC 7049256 . PMID  32149022. 
  6. ^ Letunic I, Bork P (enero de 2007). «Árbol interactivo de la vida (iTOL): una herramienta en línea para la visualización y anotación de árboles filogenéticos» (PDF) . Bioinformática . 23 (1): 127–8. doi : 10.1093/bioinformatics/btl529 . PMID  17050570.
  7. ^ Argimón S, Abudahab K, Goater RJ, Fedosejev A, Bhai J, Glasner C, et al. (noviembre de 2016). "Microreact: visualización y compartición de datos para la epidemiología genómica y la filogeografía". Genómica microbiana . 2 (11): e000093. doi : 10.1099/mgen.0.000093 . PMC 5320705 . PMID  28348833. 
  8. ^ Rosindell J, Harmon LJ (2012). "OneZoom: un explorador fractal para el árbol de la vida". PLOS Biology . 10 (10): e1001406. doi : 10.1371/journal.pbio.1001406 . PMC 3472976 . PMID  23091419. 
  9. ^ de Vienne DM (2016). "Mapa de vida: explorando todo el árbol de la vida". PLOS Biology . 14 (12): e2001624. doi : 10.1371/journal.pbio.2001624 . PMC 5179005 . PMID  28005907. 
  10. ^ Robinson O, Dylus D, Dessimoz C (agosto de 2016). "Phylo.io: visualización interactiva y comparación de grandes árboles filogenéticos en la Web". Biología molecular y evolución . 33 (8): 2163–6. arXiv : 1602.04258 . Código Bibliográfico :2016arXiv160204258R. doi :10.1093/molbev/msw080. PMC 4948708 . PMID  27189561. 
  11. ^ Ranwez V, Clairon N, Delsuc F, Pourali S, Auberval N, Diser S, Berry V (mayo de 2009). "PhyloExplorer: un servidor web para validar, explorar y consultar árboles filogenéticos". BMC Evolutionary Biology . 9. 9 (1): 108. Bibcode :2009BMCEE...9..108R. doi : 10.1186/1471-2148-9-108 . PMC 2695458 . PMID  19450253. 
  12. ^ Ribeiro-Gonçalves B, Francisco AP, Vaz C, Ramirez M, Carriço JA (julio de 2016). "PHYLOViZ Online: herramienta web para visualización, inferencia filogenética, análisis y compartición de árboles de expansión mínima". Nucleic Acids Research . 44 (W1): W246–51. doi :10.1093/nar/gkw359. PMC 4987911 . PMID  27131357. 
  13. ^ Jordan GE, Piel WH (julio de 2008). "PhyloWidget: visualizaciones basadas en la web para el árbol de la vida". Bioinformática . 24 (14): 1641–2. doi : 10.1093/bioinformatics/btn235 . PMID  18487241.
  14. ^ Guindon, Stéphane; Gascuel, Olivier (1 de octubre de 2003). "Un algoritmo simple, rápido y preciso para estimar filogenias grandes por máxima verosimilitud". Biología sistemática . 52 (5): 696–704. doi : 10.1080/10635150390235520 . ISSN  1063-5157. PMID  14530136. S2CID  13857323.
  15. ^ Sanderson (2021). "Taxonio".
  16. ^ Boc A, Diallo AB, Makarenkov V (julio de 2012). "T-REX: un servidor web para inferir, validar y visualizar árboles y redes filogenéticos". Nucleic Acids Research . 40 (número del servidor web): W573–9. doi :10.1093/nar/gks485. PMC 3394261 . PMID  22675075. 
  17. ^ Boyles A (2019). "TidyTree: árboles filogenéticos extremadamente flexibles". CDC.
  18. ^ Pethica R, Barker G, Kovacs T, Gough J (enero de 2010). "TreeVector: árboles filogenéticos interactivos y escalables para la web". PLOS ONE . ​​5 (1): e8934. Bibcode :2010PLoSO...5.8934P. doi : 10.1371/journal.pone.0008934 . PMC 2812488 . PMID  20126613. 
  19. ^ Ludwig W, Strunk O, Westram R, Richter L, Meier H, Buchner A, Lai T, Steppi S, Jobb G, Förster W, Brettske I, Gerber S, Ginhart AW, Gross O, Grumann S, Hermann S, Jost R, König A, Liss T, Lüssmann R, May M, Nonhoff B, Reichel B, Strehlow R, Stamatakis A, Stuckmann N, Vilbig A, Lenke M, Ludwig T, Bode A, Schleifer KH (2004). "ARB: un entorno de software para datos de secuencia". Investigación de ácidos nucleicos . 32 (4): 1363–71. doi :10.1093/nar/gkh293. PMC 390282 . PMID  14985472. 
  20. ^ Zmasek CM, Eddy SR (abril de 2001). "ATV: visualización y manipulación de árboles filogenéticos anotados". Bioinformática . 17 (4): 383–4. doi : 10.1093/bioinformatics/17.4.383 . PMID  11301314.
  21. ^ ab Protocolos BioNumerics utilizados por Pulsenet Archivado el 6 de diciembre de 2011 en Wayback Machine
  22. ^ Huson DH, Richter DC, Rausch C, Dezulian T, Franz M, Rupp R (noviembre de 2007). "Dendroscopio: un visualizador interactivo para árboles filogenéticos grandes". BMC Bioinformatics . 8 : 460. doi : 10.1186/1471-2105-8-460 . PMC 2216043 . PMID  18034891. 
  23. ^ Bouckaert R, Heled J (8 de diciembre de 2014). "DensiTree 2: Ver árboles a través del bosque". bioRxiv 10.1101/012401 . 
  24. ^ Rambaut A. 2018. FigTree 1.4.4 github.com consultado el 17 de abril de 2018
  25. ^ Lichtarge O, Bourne HR, Cohen FE (marzo de 1996). "Un método de rastreo evolutivo define superficies de unión comunes a familias de proteínas". Journal of Molecular Biology . 257 (2): 342–358. doi :10.1006/jmbi.1996.0167. PMID  8609628.
  26. ^ Joachimiak MP, Cohen FE (2002). "JEvTrace: refinamiento y variaciones del rastro evolutivo en JAVA". Genome Biology . 3 (12): RESEARCH0077. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0077 . PMC 151179 . PMID  12537566. 
  27. ^ Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (junio de 2018). "MEGA X: análisis genético evolutivo molecular en distintas plataformas informáticas". Biología molecular y evolución . 35 (6): 1547–1549. doi :10.1093/molbev/msy096. PMC 5967553 . PMID  29722887. 
  28. ^ Fernández A, Gómez S (2008). "Resolución de la no unicidad en el agrupamiento jerárquico aglomerativo mediante multidendrogramas". Journal of Classification . 25 (1): 43–65. arXiv : cs/0608049 . doi :10.1007/s00357-008-9004-x. S2CID  434036.
  29. ^ Francisco AP, Vaz C, Monteiro PT, Melo-Cristino J, Ramirez M, Carriço JA (mayo de 2012). "PHYLOViZ: inferencia filogenética y visualización de datos para métodos de tipificación basados ​​en secuencias". BMC Bioinformatics . 13 : 87. doi : 10.1186/1471-2105-13-87 . PMC 3403920 . PMID  22568821. 
  30. ^ Huson DH, Bryant D (febrero de 2006). "Aplicación de redes filogenéticas en estudios evolutivos". Biología molecular y evolución . 23 (2): 254–267. doi : 10.1093/molbev/msj030 . PMID  16221896.
  31. ^ Chevenet F, Brun C, Bañuls AL, Jacq B, Christen R (octubre de 2006). "TreeDyn: hacia gráficos dinámicos y anotaciones para análisis de árboles". BMC Bioinformatics . 7 : 439. doi : 10.1186/1471-2105-7-439 . PMC 1615880 . PMID  17032440. 
  32. ^ Santamaría R, Therón R (agosto de 2009). "Treevolution: análisis visual de árboles filogenéticos". Bioinformática . 25 (15): 1970–1. doi : 10.1093/bioinformatics/btp333 . PMID  19470585.
  33. ^ Stöver BC, Müller KF (enero de 2010). "TreeGraph 2: combinación y visualización de evidencia de diferentes análisis filogenéticos". BMC Bioinformatics . 11 : 7. doi : 10.1186/1471-2105-11-7 . PMC 2806359 . PMID  20051126. 
  34. ^ "Análisis de publicaciones 1996-2006 Biología evolutiva" (PDF) . Archivado desde el original (PDF) el 14 de febrero de 2015. Consultado el 22 de octubre de 2008 .
  35. ^ Page RD (agosto de 1996). "TreeView: una aplicación para visualizar árboles filogenéticos en computadoras personales". Aplicaciones informáticas en las biociencias . 12 (4): 357–8. doi : 10.1093/bioinformatics/12.4.357 . PMID  8902363.
  36. ^ Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, el equipo UGENE (2012). "Unipro UGENE: un conjunto de herramientas bioinformáticas unificadas". Bioinformática . 28 (8): 1166–7. doi : 10.1093/bioinformatics/bts091 . PMID  22368248.
  37. ^ Bianchini, G; Sánchez-Baracaldo, P (2023). "TreeViewer versión 2.1.0". doi :10.5281/zenodo.7768343.
  38. ^ Cock, Peter JA; Antao, Tiago; Chang, Jeffrey T.; Chapman, Brad A.; Cox, Cymon J.; Dalke, Andrew; Friedberg, Iddo; Hamelryck, Thomas; Kauff, Frank; Wilczynski, Bartek; de Hoon, Michiel JL (1 de junio de 2009). "Biopython: herramientas Python disponibles de forma gratuita para la biología molecular computacional y la bioinformática". Bioinformática . 25 (11): 1422–1423. doi :10.1093/bioinformatics/btp163. ISSN  1367-4811. PMC 2682512 . PMID  19304878. 
  39. ^ Thind, Amarinder Singh; Sinha, Somdatta (mayo de 2023). "Uso de la representación del juego del caos para analizar los linajes del SARS-CoV-2, las cepas emergentes y los recombinantes". Genómica actual . 24 (3): 187–195. doi :10.2174/0113892029264990231013112156. PMC 10761335 . PMID  38178984. S2CID  264500732. 
  40. ^ Huerta-Cepas, Jaime; Serra, François; Bork, Peer (junio de 2016). "ETE 3: Reconstrucción, análisis y visualización de datos filogenómicos". Biología molecular y evolución . 33 (6): 1635–1638. doi :10.1093/molbev/msw046. ISSN  0737-4038. PMC 4868116 . PMID  26921390. 
  41. ^ Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT (1 de enero de 2017). "ggtree: un paquete R para la visualización y anotación de árboles filogenéticos con sus covariables y otros datos asociados". Métodos en ecología y evolución . 8 (1): 28–36. Bibcode :2017MEcEv...8...28Y. doi : 10.1111/2041-210X.12628 . S2CID  63705866.
  42. ^ interactive-phylogenetic-trees www.elsevier.com Archivado el 31 de mayo de 2017 en Wayback Machine.
  43. ^ Smits SA, Ouverney CC (agosto de 2010). Poon AF (ed.). "jsPhyloSVG: una biblioteca de javascript para visualizar árboles filogenéticos interactivos y basados ​​en vectores en la web". PLOS ONE . ​​5 (8): e12267. Bibcode :2010PLoSO...512267S. doi : 10.1371/journal.pone.0012267 . PMC 2923619 . PMID  20805892. 
  44. ^ Kreft L, Botzki A, Coppens F, Vandepoele K, Van Bel M (septiembre de 2017). "PhyD3: un visualizador de árboles filogenéticos con soporte extendido de phyloXML para la visualización de datos de genómica funcional". Bioinformática . 33 (18): 2946–2947. doi : 10.1093/bioinformatics/btx324 . PMID  28525531.
  45. ^ Shank SD, Weaver S, Kosakovsky Pond SL (julio de 2018). "phylotree.js - una biblioteca de JavaScript para el desarrollo de aplicaciones y la visualización interactiva de datos en filogenética". BMC Bioinformatics . 19 (1): 276. doi : 10.1186/s12859-018-2283-2 . ​​PMC 6060545 . PMID  30045713. 
  46. ^ Solís-Lemus C, Bastide P, Ané C (2017). "PhyloNetworks: un paquete para redes filogenéticas". Biología molecular y evolución . 34 (12): 3292–3298. doi :10.1093/molbev/msx235. PMID  28961984.
  47. ^ Revell, LJ (2012). "phytools: Un paquete R para biología comparativa filogenética (y otras cosas)". Methods Ecol. Evol . 3 (2): 217–223. Bibcode :2012MEcEv...3..217R. doi : 10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x . S2CID  32670711.
  48. ^ Eaton, DAR (2019). "Toytree: una biblioteca minimalista de visualización y manipulación de árboles para Python". Métodos Ecol. Evol . 11 (1): 187–191. doi : 10.1111/2041-210X.13313 .
  • Una 'lista completa' de editores de árboles
  • Lista de editores de árboles
Obtenido de "https://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Lista_de_software_de_visualización_de_árboles_filogenéticos&oldid=1231490231"