Identificadores.org

Identifiers.org es un proyecto que proporciona identificadores estables y permanentes para los registros de datos utilizados en las ciencias biológicas. Los identificadores se proporcionan en forma de identificadores uniformes de recursos (URI). También es un sistema de resolución que se basa en las colecciones listadas en el Registro MIRIAM para proporcionar acceso directo a diferentes instancias de los registros identificados.

URI y sistema de resolución

Las URI de Identifiers.org ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} son identificadores permanentes que especifican simultáneamente la colección de datos, utilizando los espacios de nombres del Registro, y el identificador del registro dentro de la colección en forma de una URI única y resoluble . El sistema de resolución de Identifiers.org se basa en la información almacenada en el Registro MIRIAM ^{[ 3 ]} , una base de datos que almacena los espacios de nombres asignados a colecciones de datos de uso común (bases de datos y ontologías ) para las Ciencias de la Vida. Transforma una URI de Identifiers.org en las distintas URL que conducen a las diferentes instancias del registro identificado por la URI. Identifiers.org forma parte de la Plataforma de Interoperabilidad ELIXIR ^{[ 4 ] .}

Estructura del identificador

Un URI de Identifiers.org está formado por varias partes:

Protocolo. Las URI de Identifiers.org son URI HTTP y comienzan con "http:/".
Recopilación de datos. Estos son los espacios de nombres que figuran en el Registro MIRIAM . Por ejemplo, "pubmed" para el recurso de publicación PubMed , "ec-code" para la nomenclatura de enzimas y "go" para la ontología génica.
Registro en la colección. Por ejemplo, "9606" es "3-fluorotolueno" en la colección PubChem, es "Homo sapiens" en la colección "taxonomía" y es una publicación de ciencias sociales en la colección "pubmed".
Opcional: Las URI de Identifiers.org pueden ir acompañadas de parámetros, por ejemplo, para especificar qué recurso utilizar para la resolución, "perfiles" que controlan el comportamiento del resolvedor, etc.

Estructura y ejemplos de URI de Identifiers.org.

Uso

El sistema permite una anotación consistente y uniforme de conjuntos de datos. Esto, a su vez, facilita la alineación e integración de datos. Las URI de Identifiers.org se utilizan para codificar los metadatos en los formatos estándar de la iniciativa COMBINE , como SBML . En particular, bases de datos como BioModels Database y Reactome exportan sus datos en SBML con referencias cruzadas codificadas utilizando URI de Identifiers.org. Estas URI también se utilizan en varios proyectos de web semántica como Bio2RDF , Open PHACTS y la plataforma EBI RDF ^{[ 5 ].} Identifiers.org forma parte de la Plataforma de Interoperabilidad de la Infraestructura Europea de Ciencias de la Vida para la Información Biológica .

Comparación con otros sistemas URI

Los URI de Identifiers.org se han desarrollado desde 2011 como una versión resoluble de los identificadores MIRIAM , desarrollados desde 2005, que tenían formato URN y no eran directamente resolubles. Los URI de Identifiers.org son similares a los PURL , aunque proporcionan resoluciones alternativas para colecciones con varias instancias. También son similares a los DOI , pero proporcionan nombres de colección legibles para humanos y reutilizan el identificador de registro asignado por el proveedor de datos.

Véase también

Referencias

↑ Juty, N; Le Novère, N; Laibe, C (2012). "Identifiers.org y el Registro MIRIAM: recursos comunitarios para proporcionar identificación persistente" . Nucleic Acids Research . 40 (número especial de bases de datos): D580–6. doi : 10.1093/nar/gkr1097 . PMC 3245029. PMID 22140103 .
↑ Sitio web de Identifiers.org
↑ Laibe, C; Le Novère, N (2007). " Recursos MIRIAM: herramientas para generar y resolver referencias cruzadas robustas en biología de sistemas" . BMC Systems Biology . 1 : 58. doi : 10.1186/1752-0509-1-58 . PMC 2259379. PMID 18078503 .
↑ Plataforma de interoperabilidad ELIXIR .
↑ S Jupp, J Malone, J Bolleman, M Brandizi, M Davies, L Garcia, A Gaulton, S Gehant, C Laibe, N Redaschi, SM Wimalaratne, M Martin, N Le Novère, H Parkinson, E Birney, AM Jenkinson (2014) La plataforma EBI RDF: datos abiertos enlazados para las ciencias de la vida. Bioinformatics doi : 10.1093/bioinformatics/btt765

Enlaces externos

sitio web identifiers.org
estándares de la iniciativa COMBINE
Open PHACTS , el Espacio Farmacológico Abierto

[pmid22140103-1] Juty, N; Le Novère, N; Laibe, C (2012). "Identifiers.org y el Registro MIRIAM: recursos comunitarios para proporcionar identificación persistente" . Nucleic Acids Research . 40 (número especial de bases de datos): D580–6. doi : 10.1093/nar/gkr1097 . PMC 3245029. PMID 22140103 .

[2] Sitio web de Identifiers.org

[pmid18078503-3] Laibe, C; Le Novère, N (2007). " Recursos MIRIAM: herramientas para generar y resolver referencias cruzadas robustas en biología de sistemas" . BMC Systems Biology . 1 : 58. doi : 10.1186/1752-0509-1-58 . PMC 2259379. PMID 18078503 .

[4] Plataforma de interoperabilidad ELIXIR .

[5] S Jupp, J Malone, J Bolleman, M Brandizi, M Davies, L Garcia, A Gaulton, S Gehant, C Laibe, N Redaschi, SM Wimalaratne, M Martin, N Le Novère, H Parkinson, E Birney, AM Jenkinson (2014) La plataforma EBI RDF: datos abiertos enlazados para las ciencias de la vida. Bioinformatics doi : 10.1093/bioinformatics/btt765

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