Colaboración iPlant

La iPlant Collaborative , renombrada Cyverse en 2017, es una organización virtual creada mediante un acuerdo de cooperación financiado por la Fundación Nacional de Ciencias de EE. UU . (NSF) para crear ciberinfraestructura para las ciencias de las plantas ( botánica ). ^{[ 1 ]} La NSF comparó la ciberinfraestructura con la infraestructura física , "...la informática distribuida , las tecnologías de la información y la comunicación combinadas con el personal y los componentes de integración que proporcionan una plataforma a largo plazo para potenciar la investigación científica moderna". ^{[ 2 ]} En septiembre de 2013 se anunció que la Fundación Nacional de Ciencias había renovado la financiación de iPlant por un segundo período de 5 años con una ampliación del alcance a todas las investigaciones en ciencias de la vida no humanas. ^{[ 3 ]}

El proyecto desarrolla sistemas informáticos y software que combinan recursos informáticos, como los de TeraGrid , con software de bioinformática y biología computacional . Su objetivo es facilitar la colaboración entre investigadores mediante un mejor acceso a los datos y una mayor eficiencia en el procesamiento. Si bien se centra principalmente en Estados Unidos, colabora a nivel internacional.

La biología depende cada vez más de las computadoras. ^{[ 4 ]} La biología vegetal está cambiando con el auge de las nuevas tecnologías. ^{[ 5 ]} Con la llegada de la bioinformática , la biología computacional , la secuenciación de ADN , los sistemas de información geográfica y otros, las computadoras pueden ayudar enormemente a los investigadores que estudian la vida vegetal en busca de soluciones a desafíos en medicina , biocombustibles , biodiversidad , agricultura y problemas como la tolerancia a la sequía , el mejoramiento vegetal y la agricultura sostenible . ^{[ 6 ]} Muchos de estos problemas trascienden las disciplinas tradicionales y es necesario facilitar la colaboración entre científicos de plantas de diversos orígenes y especialidades. ^{[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]}

En 2006, la NSF solicitó propuestas para crear "un nuevo tipo de organización: una colaboración de ciberinfraestructura para la ciencia de las plantas" con un programa titulado "Colaboración de Ciberinfraestructura para la Ciencia de las Plantas" (PSCIC), con Christopher Greer como director del programa. ^{[ 9 ]} Se aceptó una propuesta (adoptando la convención de usar la palabra "Colaboración" como sustantivo) e iPlant se creó oficialmente el 1 de febrero de 2008. ^{[ 1 ] [ 9 ]} Se estimó que la financiación sería de 10 millones de dólares anuales durante cinco años. ^{[ 10 ]}

Richard Jorgensen dirigió el equipo durante la etapa de propuesta y fue el investigador principal (IP) de 2008 a 2009. ^{[ 10 ]} Gregory Andrews, Vicki Chandler, Sudha Ram y Lincoln Stein fueron co-investigadores principales (Co-IP) de 2008 a 2009. A finales de 2009, Stephen Goff fue nombrado IP y Daniel Stanzione se añadió como Co-IP. ^{[ 1 ] [ 11 ] [ 12 ]} En mayo de 2014, el Co-IP Stanzione fue reemplazado por 4 nuevos Co-IP: Doreen Ware en Cold Spring Harbor, Nirav Merchant y Eric Lyons en la Universidad de Arizona, y Matthew Vaughn en el Centro de Computación Avanzada de Texas. ^{[ 13 ]}

El proyecto iPlant apoya lo que se ha denominado e-Ciencia , que es un uso de la tecnología de sistemas de información que está siendo adoptada por la comunidad de investigación en iniciativas como el Centro Nacional de Análisis y Síntesis Ecológica (NCEAS), ELIXIR, ^{[ 14 ]} y el Proyecto de Tecnología del Bambú que comenzó en septiembre de 2010. ^{[ 15 ] [ 16 ]} iPlant está "diseñado para crear la base que respalde las necesidades computacionales de la comunidad de investigación y facilite el progreso hacia soluciones de problemas importantes en biología vegetal". ^{[ 6 ] [ 17 ]}

El proyecto funciona como una colaboración . Busca la opinión de la comunidad científica de plantas en general sobre qué construir. ^{[ 18 ]} Con base en esa opinión, ha facilitado el uso de grandes conjuntos de datos, ^{[ 19 ]} ha creado un entorno de investigación impulsado por la comunidad para compartir colecciones de datos existentes dentro de un área de investigación y entre áreas de investigación ^{[ 20 ]} y comparte datos con seguimiento de procedencia . ^{[ 21 ] [ 22 ]} Un modelo estudiado para la colaboración fue Wikipedia . ^{[ 23 ] [ 24 ]}

Varios premios más recientes de la National Science Foundation mencionaron explícitamente a iPlant en sus descripciones, ya sea como un patrón de diseño a seguir o como un colaborador con quien el beneficiario trabajará. ^{[ 25 ]}

El proyecto iPlant pone su ciberinfraestructura a disposición de diversas maneras y ofrece servicios para que sea accesible a su público principal. El diseño se concibió para crecer en respuesta a las necesidades de la comunidad investigadora a la que sirve. ^{[ 6 ]}

Servicio de resolución de nombres taxonómicos

El Servicio de Resolución de Nombres Taxonómicos (TNRS) es una herramienta gratuita para corregir y estandarizar nombres de plantas. Esto es necesario porque los nombres de plantas mal escritos, desactualizados (porque se prefiere un sinónimo más reciente) o incompletos dificultan el procesamiento de listas extensas mediante computadoras. ^{[ 6 ] [ 40 ] [ 41 ]}

• "iPlant Collaborative, renombrada como CyVerse" . Sitio web oficial . Consultado el 22 de mayo de 2017 .
  • Servicio de resolución de nombres taxonómicos . Sitio web oficial . Consultado el 22 de mayo de 2017 .
  • "My-Plant.org" . Red social filogenética para las ciencias vegetales . iPlant Collaborative. Archivado del original el 13 de octubre de 2011. Consultado el 28 de septiembre de 2011 .
  • "Vía rápida para la anotación de genes y el análisis del genoma: el metro del ADN" . Sitio web de la herramienta . iPlant Collaborative . Consultado el 21 de septiembre de 2011 .