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Articulo de referencia

Base de datos del metaboloma humano

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La Base de Datos del Metaboloma Humano (HMDB) [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] es una base de datos en línea integral de metabolitos de moléculas pequeñas que se encuentran en el cuerpo humano. Ha sido creada por el Proyecto Metaboloma Humano financiado por Genome Canada [ 5 ] y es una de las primeras bases de datos dedicadas a la metabolómica . La HMDB facilita la investigación en metabolómica humana, incluyendo la identificación y caracterización de metabolitos humanos usando espectroscopia de RMN , espectrometría GC-MS y espectrometría LC/MS . Para ayudar en este proceso de descubrimiento, la HMDB contiene tres tipos de datos: 1) datos químicos, 2) datos clínicos y 3) datos de biología molecular / bioquímica (Fig. 1–3). Los datos químicos incluyen 41 514 estructuras de metabolitos con descripciones detalladas junto con casi 10 000 espectros de RMN, GC-MS y LC/MS.

Los datos clínicos incluyen información sobre más de 10 000 concentraciones de metabolitos en fluidos biológicos e información sobre la concentración de metabolitos en más de 600 enfermedades humanas diferentes . Los datos bioquímicos incluyen 5688 secuencias de proteínas (y ADN ) y más de 5000 reacciones bioquímicas vinculadas a estas entradas de metabolitos. [ 5 ] Cada entrada de metabolito en la HMDB contiene más de 110 campos de datos, con 2/3 de la información dedicada a datos químicos/clínicos y el otro 1/3 dedicado a datos enzimáticos o bioquímicos. Muchos campos de datos están hipervinculados a otras bases de datos ( KEGG , MetaCyc , PubChem , Protein Data Bank , ChEBI , Swiss-Prot y GenBank ) y a una variedad de applets para visualizar estructuras y vías metabólicas. La base de datos HMDB admite búsquedas extensas de texto, secuencias, espectros, estructuras químicas y consultas relacionales . Se ha utilizado ampliamente en metabolómica, química clínica , descubrimiento de biomarcadores y enseñanza general de bioquímica.

Cuatro bases de datos adicionales, DrugBank , [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] base de datos de toxinas , [ 9 ] SMPDB [ 10 ] y FooDB también forman parte del conjunto de bases de datos HMDB. DrugBank contiene información equivalente sobre ~1600 fármacos y metabolitos de fármacos, T3DB contiene información sobre 3100 toxinas comunes y contaminantes ambientales , SMPDB contiene diagramas de vías para 700 vías metabólicas y de enfermedades humanas, mientras que FooDB contiene información equivalente sobre ~28 000 componentes alimentarios y aditivos alimentarios .

Historial de versiones

La primera versión de HMDB se publicó el 1 de enero de 2007, [ 1 ] seguida de dos versiones posteriores el 1 de enero de 2009 (versión 2.0), [ 2 ] el 1 de agosto de 2009 (versión 2.5), el 18 de septiembre de 2012 (versión 3.0) [ 4 ] y el 1 de enero de 2013 (versión 3.5), [ 11 ] 2017 (versión 4.0). [ 12 ] 2022 (versión 5.0). [ 11 ] Los detalles de cada una de las versiones principales de HMDB (hasta la versión 5.0) se proporcionan en la Tabla 1.

Alcance y acceso

Todos los datos de HMDB son de dominio público o provienen de fuentes públicas. Son de libre acceso y están disponibles para cualquier persona. Además, casi todos los datos son completamente rastreables y se referencian explícitamente a su fuente original. Los datos de HMDB están disponibles a través de una interfaz web pública y mediante descargas.

Véase también

Referencias

  1. 1 2 3 Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Li, Liang; Marrie, Tom; Sykes, Brian D.; Vogel, Hans J.; Querengesser, Lori (1 de enero de 2007). "HMDB: la base de datos del metaboloma humano" . Nucleic Acids Research . 35 (D1): D521– D526. doi : 10.1093/nar/gkl923 . PMC 1899095. PMID 17202168 .  
  2. 1 2 Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Eisner, Roman; Young, Nelson; Gautam, Bijaya; Hau, David D.; Psychogios, Nick; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Mandal, Rupasri; Sinelnikov, Igor; Xia, Jianguo; Jia, Leslie; Cruz, Joseph A.; Lim, Emilia; Sobsey, Constance A.; Shrivastava, Savita; Huang, Paul; Liu, Philip; Fang, Lydia; Peng, Jun; Fradette, Ryan; Cheng, Dean; Tzur, Dan; Clements, Melisa; Lewis, Avalyn; de Souza, Andrea; Zúñiga, Azaret; Dawe, Margot; Xiong, Yeping; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Nazyrova, Alsu; Shaykhutdinov, Rustem; Li, Liang; Vogel, Hans J.; Forsythe, Ian J. (1 de enero de 2009). "HMDB: una base de conocimiento para el metaboloma humano" . Nucleic Acids Research . 37 (D1): D603– D610. doi : 10.1093 / nar/gkn810 . PMC 2686599. PMID 18953024 .  
  3. ↑ Forsythe, Ian J.; Wishart, David S. (1 de marzo de 2009). «Explorando los metabolitos humanos utilizando la base de datos del metaboloma humano». Current Protocols in Bioinformatics . 25 : 14.8.1–14.8.45. doi : 10.1002/0471250953.bi1408s25 . ISBN 978-0471250951. PMID 19274632 . S2CID 24291704 .  
  4. ^ Wishart , David S.; Jewishon, Timoteo; Guo, An Chi; Wilson, Michael; Knox, Craig; Liu, Yifeng; Djombou Feunang, Yannick; Mandal, Rupasri; Aziat, Farid; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Sinelnikov, Igor; Arndt, David; Xia, Jianguo; Liu, Felipe; Yallou, Faizath; Bjorndahl, trento; Pérez Piñeiro, Rolando; Eisner, romano; Allen, Felicidad; Neveu, Vanessa; Greiner, Russ; Scalbert, Augustin (1 de enero de 2013). "HMDB 3.0: la base de datos del metabolismo humano en 2013" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (D1): D801– D807. doi : 10.1093/nar/gks1065 . PMC 3531200 . PMID 23161693 .  
  5. 1 2 "Proyecto Metaboloma Humano" . Consultado el 13 de febrero de 2013 .
  6. ↑ Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Shrivastava, Savita; Hassanali, Murtaza; Stothard, Paul; Chang, Zhan; Woolsey, Jennifer (1 de enero de 2006). "DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración de fármacos in silico" . Nucleic Acids Research . 34 (D1): D668– D672. doi : 10.1093/nar/gkj067 . PMC 1347430. PMID 16381955 .  
  7. ↑ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (enero de 2008). "DrugBank: una base de conocimiento para fármacos, acciones farmacológicas y dianas farmacológicas" . Nucleic Acids Research . 36 (número especial de bases de datos): D901-6. doi : 10.1093/nar/gkm958 . PMC 2238889. PMID 18048412 .   
  8. ↑ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (enero de 2011). "DrugBank 3.0: un recurso integral para la investigación 'ómica' sobre fármacos" . Nucleic Acids Research . 39 (número especial de bases de datos): D1035-41. doi : 10.1093 / nar/gkq1126 . PMC 3013709. PMID 21059682 .  
  9. ↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (enero de 2010). " T3DB: una base de datos exhaustivamente anotada de toxinas comunes y sus objetivos" . Nucleic Acids Research . 38 (número especial de bases de datos): D781-6. doi : 10.1093/nar/gkp934 . PMC 2808899. PMID 19897546 .  
  10. ↑ Frolkis, A; Knox, C; Lim, E; Jewison, T; Law, V; Hau, DD; Liu, P; Gautam, B; Ly, S; Guo, AC; Xia, J; Liang, Y; Shrivastava, S; Wishart, DS. (enero de 2010). "SMPDB: La base de datos de vías de moléculas pequeñas" . Nucleic Acids Research . 38 (número especial de bases de datos): D480-7. doi : 10.1093 / nar/gkp1002 . PMC 2808928. PMID 19948758 .  
  11. 1 2 "Notas de la versión de la base de datos del metaboloma humano" .
  12. ^ Wishart, David S.; Djombou Feunang, Yannick; Marco, Ana; Guo, An Chi; Liang, Kevin; Vázquez Fresno, Rosa; Sajed, Tanvir; Johnson, Daniel; Li, Carín; Karu, Naama; Sayeeda, Zinat; Mira, Elvis; Assempour, Nazanin; Berjanskii, Mark; Singhal, Sandeep; Arndt, David; Liang, Yonjie; Badrán, Hasan; Conceder, Jason; Serra Cayuela, Arnau; Liu, Yifeng; Mandal, Rupa; Neveu, Vanessa; Pon, Allison; Knox, Craig; Wilson, Michael; Mánach, Claudine; Scalbert, Augustin (4 de enero de 2018). "HMDB 4.0: la base de datos del metaboloma humano para 2018" . Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D608– D617. doi : 10.1093/nar/ gkx1089 . PMC 5753273. PMID 29140435 .  
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