Base de datos de genomas en línea

La base de datos Genomes OnLine (GOLD) es un recurso web que ofrece información completa sobre proyectos de secuenciación de genomas y metagenomas , y sus metadatos asociados, en todo el mundo. ^[1] Desde 2011, la base de datos GOLD ha sido administrada por el Instituto Conjunto del Genoma del Departamento de Energía.

La base de datos GOLD se creó en 1997; la primera versión de la base de datos contenía información de 350 proyectos de secuenciación, de los cuales 48 habían sido completamente secuenciados y sus análisis publicados. ^[1]

GOLD v.5 se lanzó el 28 de mayo de 2014. Al 5 de agosto de 2015 ^[actualizar], la base de datos GOLD contiene información sobre 67.879 proyectos de secuenciación del genoma , de los cuales 7.210 se han completado. ^[2]

Para facilitar el análisis comparativo entre la información de GOLD y otras bases de datos (por ejemplo, GenBank y EMBL ), GOLD admite las especificaciones de metadatos de estándares de información mínima recomendadas por el Consorcio de Estándares Genómicos , en particular, la especificación MIxS (Información mínima sobre cualquier (x) secuencia). ^{[2] GOLD también permite la anotación de genomas o metagenomas utilizando el}Sistema Integrado de Genomas Microbianos DOE JGI y tiene enlaces a la revista BioMed Central Standards in Genomic Sciences , lo que permite publicar datos (meta)genómicos. ^[2]^[3]

Véase también

Microbios en línea

Referencias

^ ab Kyrpides NC (septiembre de 1999). "Base de datos Genomes OnLine (GOLD 1.0): un monitor de proyectos genómicos completos y en curso en todo el mundo". Bioinformática . 15 (9): 773–4. doi : 10.1093/bioinformatics/15.9.773 . PMID 10498782.
^ abc Reddy, TBK; Thomas, AD; Stamatis, D.; Bertsch, J.; Isbandi, M.; Jansson, J.; Mallajosyula, J.; Pagani, I.; Lobos, EA; Kyrpides, NC (27 de octubre de 2014). "La base de datos Genomes OnLine (GOLD) v.5: un sistema de gestión de metadatos basado en una clasificación de proyectos (meta)genoma de cuatro niveles". Investigación de ácidos nucleicos . 43 (D1): D1099–D1106. doi :10.1093/nar/gku950. PMC 4384021 . PMID 25348402.
^ "JGI GOLD - Inicio". Archivado desde el original el 16 de abril de 2021 . Consultado el 5 de agosto de 2015 .

Enlaces externos

ORO
Bioproyecto del NCBI

[pmid10498782-1] Kyrpides NC (septiembre de 1999). "Base de datos Genomes OnLine (GOLD 1.0): un monitor de proyectos genómicos completos y en curso en todo el mundo". Bioinformática . 15 (9): 773–4. doi : 10.1093/bioinformatics/15.9.773 . PMID 10498782.

[v5-2] Reddy, TBK; Thomas, AD; Stamatis, D.; Bertsch, J.; Isbandi, M.; Jansson, J.; Mallajosyula, J.; Pagani, I.; Lobos, EA; Kyrpides, NC (27 de octubre de 2014). "La base de datos Genomes OnLine (GOLD) v.5: un sistema de gestión de metadatos basado en una clasificación de proyectos (meta)genoma de cuatro niveles". Investigación de ácidos nucleicos . 43 (D1): D1099–D1106. doi :10.1093/nar/gku950. PMC 4384021 . PMID 25348402.

[home-3] "JGI GOLD - Inicio". Archivado desde el original el 16 de abril de 2021 . Consultado el 5 de agosto de 2015 .