FlyBase

FlyBase es una base de datos bioinformática en línea y el repositorio principal de datos genéticos y moleculares para la familia de insectos Drosophilidae . ^{[ 1 ]} Para la especie más estudiada y organismo modelo , Drosophila melanogaster , se presenta una amplia gama de datos en diferentes formatos.

La información en FlyBase proviene de diversas fuentes, desde proyectos genómicos a gran escala hasta literatura de investigación primaria. Estos tipos de datos incluyen fenotipos mutantes ; caracterización molecular de alelos mutantes ; y otras desviaciones, mapas citológicos, patrones de expresión de tipo silvestre , imágenes anatómicas, construcciones e inserciones transgénicas, modelos genéticos a nivel de secuencia y clasificación molecular de las funciones de los productos génicos. ^{[ 2 ]} Las herramientas de consulta permiten navegar por FlyBase a través de secuencias de ADN o proteínas, por nombre de gen o mutante, o a través de términos de las diversas ontologías utilizadas para capturar datos funcionales, fenotípicos y anatómicos. La base de datos ofrece varias herramientas de consulta diferentes para proporcionar un acceso eficiente a los datos disponibles y facilitar el descubrimiento de relaciones significativas dentro de la base de datos. ^{[ 3 ]} Los enlaces entre FlyBase y bases de datos externas, como BDGP ^{[ 4 ]} o modENCODE, ^{[ 5 ]} brindan oportunidades para explorar otras bases de datos de organismos modelo y otros recursos de información biológica y molecular. ^{[ 6 ]} El proyecto FlyBase es llevado a cabo por un consorcio de investigadores de Drosophila y científicos informáticos de la Universidad de Harvard y la Universidad de Indiana en los Estados Unidos, y la Universidad de Cambridge en el Reino Unido.

FlyBase es una de las organizaciones que contribuyen a la Base de Datos de Organismos Modelo Genéricos (GMOD). ^{[ 7 ]}

A partir de 2022La página principal de FlyBase solicitaba una tarifa de acceso al sitio web de US$ 150,00 por persona al año, indicando que "El NHGRI ha reducido la financiación de FlyBase en un 50 %". ^{[ 8 ]}

La Drosophila melanogaster ha sido un organismo experimental desde principios del siglo XX y, desde entonces, se ha situado a la vanguardia de muchas áreas de investigación. ^{[ 9 ]} A medida que este campo de investigación se extendió y se globalizó, los investigadores que trabajaban en los mismos problemas necesitaban una forma de comunicarse y monitorear el progreso en el campo. Este nicho fue cubierto inicialmente por boletines informativos de la comunidad, como el Drosophila Information Service (DIS), que data de 1934, cuando el campo comenzaba a expandirse desde el laboratorio de Thomas Hunt Morgan . El material en estas páginas presentaba "catálogos" regulares de mutaciones y bibliografías de la literatura sobre Drosophila. Con el desarrollo de la infraestructura informática en las décadas de 1980 y 1990, estos boletines informativos fueron reemplazados y se fusionaron con las listas de correo de Internet, que finalmente se convirtieron en recursos y datos en línea. En 1992, los datos sobre la genética y la genómica de D. melanogaster y especies relacionadas estaban disponibles electrónicamente a través de Internet mediante los grupos de informática financiados FlyBase, BDGP (Berkeley Drosophila Genome Project) y EDGP (European Drosophila Genome Project). Estos grupos reconocieron que la mayoría de los tipos de datos de proyectos genómicos y de la comunidad se superponían. Decidieron que sería valioso presentar a la comunidad científica una visión integrada de los datos. En octubre de 1992, el Centro Nacional de Investigación del Genoma Humano de los NIH financió el proyecto FlyBase con el objetivo de diseñar, construir y publicar una base de datos de información genética y molecular sobre Drosophila melanogaster . FlyBase también recibe apoyo del Consejo de Investigación Médica de Londres. ^{[ 10 ]} En 1998, el consorcio FlyBase integró la información en un único servidor de genómica de Drosophila. A partir de 2022El proyecto FlyBase fue llevado a cabo por un consorcio de investigadores de Drosophila y científicos informáticos de la Universidad de Harvard , la Universidad de Cambridge (Reino Unido), la Universidad de Indiana y la Universidad de Nuevo México . ^{[ 11 ]}

FlyBase contiene una anotación completa del genoma de Drosophila melanogaster que se actualiza varias veces al año. ^{[ 12 ]} También incluye una bibliografía consultable de investigaciones sobre genética de Drosophila en el último siglo. Se puede consultar información sobre los investigadores actuales y un pedigrí parcial de las relaciones entre ellos, basándose en el registro del científico participante. ^{[ 13 ]} El sitio también proporciona una gran base de datos de imágenes que ilustran el genoma completo y varios vídeos que detallan la embriogénesis ( ImageBrowser Archivado el 24/03/2007 en Wayback Machine ). Los dos principales contribuyentes a la base de datos son los grandes conjuntos de datos multiespecie depositados por el Consorcio de los 12 Genomas de Drosophila (Clark et al. 2007) y Crosby et al. 2007. ^{[ 14 ]}

Estrategias de búsqueda: Los informes genéticos de los doce genomas de Drosophila secuenciados están disponibles en FlyBase. Existen cuatro formas principales de explorar estos datos: Archivos precalculados ^{[ 15 ]} , BLAST ^{[ 16 ]} , Gbrowse ^{[ 17 ]} y Páginas de informes genéticos. Gbrowse y los archivos precalculados se utilizan para análisis genómicos, bioinformática y genómica comparativa. BLAST y las páginas de informes genéticos se utilizan para un gen, proteína o región específicos de la especie.

Para la búsqueda citológica, existen dos herramientas principales. Utilice Cytosearch ^{[ 18 ]} para buscar genes o deficiencias mapeadas citológicamente que no hayan sido mapeadas molecularmente a la secuencia. Utilice Gbrowse para buscar secuencias mapeadas molecularmente, inserciones o sondas Affymetrix.

FlyBase cuenta con dos herramientas de consulta principales. La primera se llama Saltar a Gen (J2G) y se encuentra en la esquina superior derecha de la barra de navegación azul en todas las páginas de FlyBase. Esta herramienta es útil cuando se sabe exactamente qué se busca y se desea acceder directamente al informe con esos datos. La segunda herramienta se llama Búsqueda Rápida y se encuentra en la página de inicio de FlyBase. Esta herramienta es muy útil para buscar rápidamente información sobre algo que se conoce poco. Se puede buscar información solo sobre D. melanogaster o sobre todas las especies. Para buscar datos distintos a los genes, se puede usar el menú "Clase de datos".

A continuación se presentan dos ejemplos de investigaciones relacionadas con FlyBase o que la utilizan:

• El primero es un estudio de genes expresados ​​de Toxoptera citricida alada (que significa "que tiene alas") , más conocida como pulgón marrón de los cítricos. El pulgón marrón de los cítricos se considera el principal vector del virus de la tristeza de los cítricos , un patógeno grave que causa pérdidas a la industria citrícola mundial. La forma alada de este pulgón puede volar largas distancias con el viento, lo que le permite propagar el virus de la tristeza de los cítricos en las regiones citrícolas. Para comprender mejor la biología del pulgón marrón de los cítricos y la aparición de genes expresados ​​durante el desarrollo de las alas, los investigadores emprendieron un proyecto de secuenciación a gran escala del extremo 5' de clones de ADNc de pulgones alados. Proyectos similares de secuenciación a gran escala de etiquetas de secuencia expresada (EST) de otros insectos han proporcionado un medio para responder preguntas biológicas relacionadas con el desarrollo y la fisiología. Aunque existe una base de datos creciente en GenBank de EST de insectos, la mayoría son de Drosophila melanogaster, con relativamente pocos derivados específicamente de pulgones. Los investigadores pudieron proporcionar un amplio conjunto de datos de EST del pulgón marrón alado de los cítricos y han comenzado a analizar este valioso recurso. Esto fue posible gracias a la información sobre Drosophila melanogaster disponible en FlyBase. La identidad de secuencia putativa se determinó mediante búsquedas BLAST. Las coincidencias de secuencia con valores E ≤ −10 se consideraron significativas y se clasificaron según el sistema de clasificación de Gene Ontology (GO) basado en la anotación de las 5 mejores coincidencias en las búsquedas BLASTX. Todas las coincidencias de D. melanogaster se catalogaron utilizando FlyBase. Casi todas estas mejores coincidencias se caracterizaron con respecto a los genes funcionalmente anotados en D. melanogaster utilizando FlyBase. La información genética es crucial para avanzar en la comprensión de la biología de los pulgones y desempeñará un papel fundamental en el desarrollo de futuras estrategias de control no químicas, basadas en genes, contra estas plagas de insectos. ^{[ 19 ]}
• Mejora de la anotación de la ontología génica de Drosophila: Qué hacen los productos génicos y dónde lo hacen son preguntas importantes para los biólogos. El proyecto de Ontología Génica se estableció hace 13 años para resumir estos datos de manera consistente en diferentes bases de datos mediante el uso de un conjunto común de términos de vocabulario definidos. También codifican las relaciones entre los términos. El proyecto de Ontología Génica es una importante iniciativa bioinformática con el objetivo de estandarizar la representación de los atributos de los genes y sus productos en diferentes especies y bases de datos. El proyecto también proporciona datos de anotación de productos génicos de los miembros del consorcio GO. ^{[ 20 ]} FlyBase fue uno de los tres miembros fundadores del Consorcio de Ontología Génica. La anotación GO comprende al menos tres componentes: un término GO que describe la función molecular, el rol biológico o la ubicación subcelular; un "código de evidencia" que describe el tipo de análisis utilizado para respaldar el término GO; y una atribución a una referencia específica. La anotación GO es útil tanto para análisis a pequeña como a gran escala. Puede proporcionar una primera indicación de la naturaleza de un producto génico y, junto con los códigos de evidencia, señalar directamente artículos con datos experimentales pertinentes. Las prioridades actuales para la anotación son: homólogos de genes de enfermedades humanas, genes altamente conservados entre especies, genes involucrados en vías bioquímicas/de señalización y genes de actualidad que han demostrado ser de gran interés en publicaciones recientes. FlyBase ha estado contribuyendo con anotaciones GO al proyecto desde su inicio en agosto de 2006. Las anotaciones GO aparecen en la página de Informe de Genes en FlyBase. Los datos GO se pueden buscar en FlyBase utilizando tanto TermLink como QueryBuilder. GO es dinámico y puede cambiar diariamente, por ejemplo, con la adición de nuevos términos. Para mantenerse actualizado, FlyBase carga una nueva versión de GO cada una o dos versiones de FlyBase. El conjunto de anotaciones GO se envía al GOC al mismo tiempo que se publica una nueva versión de FlyBase. ^{[ 21 ]}

• Lista de bases de datos de Drosophila
• Bases de datos de organismos modelo
• Base de gusanos
• Xenbase

• Sitio oficial