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Articulo de referencia

Descubrimiento colaborativo de fármacos

Collaborative Drug Discovery (CDD) es una empresa de software fundada en 2004 como una escisión de Eli Lilly por Barry Bunin, PhD. CDD utiliza una solución de base de datos basa...

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Collaborative Drug Discovery (CDD) es una empresa de software fundada en 2004 como una escisión de Eli Lilly por Barry Bunin, PhD. CDD utiliza una solución de base de datos basada en la web para gestionar datos de descubrimiento de fármacos , principalmente a través del producto CDD Vault, que se centra en moléculas pequeñas y datos de bioensayos asociados. En 2021, CDD lanzó su primera oferta de datos comerciales, PharmaKB, [ 1 ] anteriormente BioHarmony, [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] como The Pharma KnowledgeBase, que se centra en información sobre compañías farmacéuticas, fármacos y enfermedades para investigación, inteligencia empresarial e inversores.

Productos

1. CDD Vault [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] es una plataforma web de informática de investigación de Collaborative Drug Discovery. Contiene varios módulos para que los equipos de proyectos colaborativos gestionen, analicen y compartan datos tanto privados como públicos. Es utilizada por empresas de biotecnología, CRO, laboratorios académicos, hospitales de investigación, empresas agroquímicas y de bienes de consumo. CDD Vault es una aplicación web moderna para el registro de productos químicos , la gestión de datos de ensayos y el análisis SAR . [ 10 ] Está diseñada para ser sencilla de usar y extremadamente segura.

2. PharmaKB es una base de conocimiento para información relacionada con la industria farmacéutica. Los datos disponibles abarcan información ( preclínica , clínica , financiera, de patentes y posterior a la aprobación) sobre empresas, medicamentos y enfermedades. Está diseñada para ser utilizada por investigadores, profesionales de inteligencia empresarial e inversores. PharmaKB también ofrece actualizaciones en tiempo real mediante un modelo de suscripción en lugar de informes estáticos. Como un guiño al eslogan de CDD Vault, "Complejidad simplificada", PharmaKB utiliza el eslogan "Datos simplificados" y promueve una trilogía de datos de Empresa, Medicamento y Enfermedad. El producto está diseñado para ampliar el alcance de la empresa, pasando de trabajar principalmente con investigadores preclínicos a ser relevante para las etapas clínicas y posteriores a la aprobación del desarrollo de medicamentos , incluyendo: Farmacovigilancia o Seguridad de Medicamentos , Asuntos Regulatorios , Inteligencia Competitiva (también conocida como Inteligencia Farmacéutica en su industria) y Farmacoeconomía , así como inversores y editores de contenido médico.

Colaboraciones

La capacidad de colaboración entre grupos atrajo la atención de la Fundación Bill y Melinda Gates , que en 2008 otorgó a CDD una subvención de dos millones de dólares que se utilizó para apoyar a los investigadores que luchan contra la tuberculosis . [ 29 ]

En 2010, GlaxoSmithKline publicó 13.471 moléculas evaluadas para determinar su actividad contra la malaria . Estas moléculas y sus datos de evaluación asociados están disponibles a través de CDD Public, así como en PubChem de la Biblioteca Nacional de Medicina y en la base de datos ChEMBL del Instituto Europeo de Bioinformática . [ 30 ] Estos datos han servido de base para varios análisis quimioinformáticos . [ 31 ] [ 32 ] [ 33 ]

En febrero de 2011, CDD comenzó a participar en el proyecto colaborativo MM4TB liderado por Stewart Cole [ 34 ] e incluyendo participantes de AstraZeneca y Sanofi Aventis. [ 35 ]

El libro de CDD

Inside CDD Vault: A Different Kind of Silicon Valley Success Story es un libro de no ficción de 2025 escrito por Barry Bunin, fundador de Collaborative Drug Discovery.

El libro describe el desarrollo de Collaborative Drug Discovery y su plataforma de software, CDD Vault, a través de testimonios de empleados, colaboradores y científicos vinculados a la organización. Se centra en los aspectos humanos y organizativos de la creación de una empresa de software para ciencias de la vida y el fomento de enfoques colaborativos para el descubrimiento de fármacos. [ 36 ]

Recepción

El libro fue reseñado por Drug Discovery World , que lo describió como un relato que enfatiza el lado humano del desarrollo de software científico y los enfoques colaborativos para el descubrimiento de fármacos. [ 37 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ "Hitos de CDD" . Collaborative Drug Discovery Inc. 17 de julio de 2019. Consultado el 9 de diciembre de 2022 .
  2. ↑ "Actualización de la base de conocimientos de PharmaKB" . www.pharmakb.com
  3. ↑ "CDD lanza BioHarmony" . www.prnewswire.com (Comunicado de prensa) . Consultado el 9 de diciembre de 2022 .
  4. ↑ Balakrishnan, Rama; Berg, Ellen L.; Butler, Christopher C.; Clark, Alex M.; Denker, Sheryl P.; Feierberg, Isabella; Harris, Jason; Ikeda, Timothy P.; Jeschonek, Samantha; Makarov, Vladimir A.; Southan, Christopher; Vanderwall, Dana; Winstanley, Peter (1 de diciembre de 2024). "Anotación de metadatos de protocolos de bioensayo: Propuesta de adopción de estándares" . SLAS Discovery . 29 (8) 100188. doi : 10.1016/j.slasd.2024.100188 . ISSN 2472-5552 . PMID 39427714 .  
  5. ↑ "Anotación FAIR de metadatos de bioensayos – Pistoia Alliance – Kit de herramientas FAIR" . fairtoolkit.pistoiaalliance.org . Consultado el 1 de abril de 2026 .
  6. ↑ "Visor de casos TSDR de la USPTO" .
  7. ↑ "Beneficios de CDD Vault" . 11 de agosto de 2019.
  8. 1 2 Natali, Eriberto; Hersch, Jana; Freiberg, Christoph; Steigele, Stephan (2025). "Avances en el descubrimiento de moléculas grandes con una plataforma digital unificada para el análisis de datos y la gestión del flujo de trabajo" . mAbs . 17 (1). doi : 10.1080/19420862.2025.2555346#abstract (inactivo el 1 de abril de 2026). PMC 12439557. PMID 40947578. Recuperado el 1 de abril de 2026 .  {{cite journal}}: CS1 maint: DOI inactivo desde abril de 2026 ( enlace )
  9. 1 2 3 4 "Collaborative Drug Discovery Vault: Banking on Shared Data | National Center for Advancing Translational Sciences" . ncats.nih.gov . Consultado el 1 de abril de 2026 .
  10. ↑ Kumari, Mala (2023). "Enfoques computacionales que optimizan el modelado molecular y el diseño de fármacos" (PDF) . Research Spectra . 4 (2): 76– 125.
  11. ↑ "Registro en CDD Vault - Collaborative Drug Discovery Inc. (CDD)" . www.collaborativedrug.com . 7 de agosto de 2024.
  12. ↑ "CDD Vault" . Herramientas electrónicas de laboratorio global . Consultado el 1 de abril de 2026 .
  13. ↑ "Actividad de la bóveda de CDD - Collaborative Drug Discovery Inc. (CDD)" . www.collaborativedrug.com . 7 de agosto de 2024.
  14. ^ Maher , Steven P; Bakowski, Malina A; Vantaux, Amélie; Flannery, Erika L; Andolina, Chiara; Gupta, Mohit; Antonova-Koch, Yevgeniya; Argómaniz, Magdalena; Cabrera-Mora, Mónica; Campo, Brice; Chao, Alejandro T; Chatterjee, Arnab K; Cheng, Wayne T; Chuenchob, Vorada; Cooper, Caitlin A (30 de septiembre de 2025). "Un enfoque de reutilización de fármacos revela vías epigenéticas seleccionables en hipnozoítos de Plasmodium vivax" . eVida . 13 RP98221. doi : 10.7554/eLife.98221 . ISSN 2050-084X . PMC 12483515 . Archivado desde el original el 6 de febrero de 2026.  
  15. ↑ "Herramienta de análisis y visualización de CDD Vault" . 7 de agosto de 2024.
  16. ↑ "Ensayos CDD Vault - Collaborative Drug Discovery Inc. (CDD)" . www.collaborativedrug.com . 7 de agosto de 2024.
  17. 1 2 3 Workflow-Informatics/CDD-Python-SDK , Workflow Informatics, 9 de diciembre de 2025 , consultado el 1 de abril de 2026
  18. ↑ "Cuaderno de laboratorio electrónico (ELN) del CDD" . 7 de agosto de 2024.
  19. ↑ Edfeldt, Kristina; Edwards, Aled M.; Engkvist, Ola; Günther, Judith; Hartley, Matthew; Hulcoop, David G.; Leach, Andrew R.; Marsden, Brian D.; Menge, Amelie; Misquitta, Leonie; Müller, Susanne; Owen, Dafydd R.; Schütt, Kristof T.; Skelton, Nicholas; Steffen, Andreas (5 de julio de 2024). "Una hoja de ruta de ciencia de datos para organizaciones de ciencia abierta dedicadas al descubrimiento de fármacos en etapa temprana" . Nature Communications . 15 (1): 5640. Bibcode : 2024NatCo..15.5640E . doi : 10.1038/s41467-024-49777-x . ISSN 2041-1723 . 
  20. ↑ "CDD Vault" . ELN Finder . 1 de abril de 2026. Consultado el 1 de abril de 2026 .
  21. ↑ "Sistema de inventario integrado CDD Vault" . 7 de agosto de 2024.
  22. ↑ "Curvas de la bóveda CDD" . 7 de agosto de 2024.
  23. ↑ "CDD Vault AI - Collaborative Drug Discovery Inc. (CDD)" . www.collaborativedrug.com . 7 de agosto de 2024.
  24. ↑ "Automatización de la bóveda de CDD - Collaborative Drug Discovery Inc. (CDD)" . www.collaborativedrug.com . 7 de agosto de 2024.
  25. ↑ "Acceso a la bóveda de CDD desde StarDrop" . Optibrium . 21 de septiembre de 2023. Consultado el 1 de abril de 2026 .
  26. ↑ "Herramientas y servicios de CDD Vault | Informática de flujos de trabajo" . 13 de junio de 2025. Consultado el 1 de abril de 2026 .
  27. ↑ "Acceso público" . 18 de julio de 2019.
  28. ↑ Swinderman, Amy. "Abriendo la puerta al flujo de datos" . Drug Discovery News . Consultado el 1 de abril de 2026 .
  29. ↑ "Collaborative Drug Discovery recibe una subvención para apoyar el desarrollo de una base de datos que acelere el descubrimiento de nuevas terapias contra la tuberculosis" . Archivado del original el 6 de julio de 2010. Consultado el 24 de agosto de 2010 .
  30. ↑ «Nuevas investigaciones identifican líneas de investigación prometedoras para la búsqueda de medicamentos contra la malaria» (Comunicado de prensa). Londres: GlaxoSmithKline. 19 de mayo de 2010. Archivado del original el 1 de junio de 2010.
  31. ↑ Ekins, Sean; John Williams, Antony (2010). "Cuando las compañías farmacéuticas publican grandes conjuntos de datos: ¿una abundancia de riquezas o un espejismo?". Drug Discov Today . 15 ( 19–20 ): 812–815 . doi : 10.1016/j.drudis.2010.08.010 . PMID 20732447 . 
  32. ↑ Ekins S y Williams AJ , Metaanálisis de patrones de propiedades moleculares y filtrado de conjuntos de datos públicos de fármacos y compuestos antipalúdicos prometedores, MedChemComm, 1: 325-330, 2010. doi : 10.1039/C0MD00129E
  33. ↑ Ekins S , Kaneko T, Lipinski CA, Bradford J, Dole K, Spektor A, Gregory K, Blondeau D, Ernst S, Yang J, Goncharoff N, Hohman M y Bunin BA, Análisis y filtrado de resultados de una biblioteca muy grande de compuestos evaluados contra Mycobacterium tuberculosis, Mol Biosyst, 6: 2316-2324, 2010, doi : 10.1039/C0MB00104J
  34. ↑ "UPCOL – Laboratorio Cole – Cátedra de Patogénesis Microbiana" .
  35. ↑ "Más medicamentos para la tuberculosis" . MM4TB . Archivado del original el 19 de enero de 2022.
  36. ↑ "Detrás del código: El lado humano del descubrimiento colaborativo de fármacos" . Descubrimiento colaborativo de fármacos . Consultado el 23 de marzo de 2026 .
  37. ↑ "Reseña del libro: Inside CDD Vault" . Drug Discovery World . 18 de noviembre de 2025. Consultado el 23 de marzo de 2026 .
  • Página principal oficial de CDD para CDD Vault
  • Página principal de PharmaKB
  • Página web oficial de CDD para BioHarmony