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WDR90

La proteína 90 que contiene repeticiones WD es una proteína que, en humanos, está codificada por el gen WDR90 (16p13.3). [ 1 ] Esta proteína humana tiene 1750 aminoácidos y un p...

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La proteína 90 que contiene repeticiones WD es una proteína que, en humanos, está codificada por el gen WDR90 (16p13.3). [ 1 ] Esta proteína humana tiene 1750 aminoácidos y un peso molecular de 187,7 kDa. [ 2 ] Contiene múltiples dominios de repetición WD40 y un dominio de función desconocida. [ 3 ] Esta proteína se conserva desde los invertebrados. [ 4 ] Se ha descubierto que las proteínas que contienen dominios de transducina repetitivos WD desempeñan un papel en diversas funciones, desde la transducción de señales y la regulación de la transcripción hasta el control del ciclo celular , la autofagia y la apoptosis . [ 5 ]

Gene

En el genoma humano, el gen WDR90 abarca desde el par de bases 649363 hasta el 667833 y posee una secuencia de ARNm de 5250 nucleótidos . Este gen consta de 41 exones y codifica una proteína de 1750 aminoácidos en humanos.

Lugar

Este gen humano se encuentra en la cadena positiva del ADN en el cromosoma 16 en la posición 16p13.3. [ 1 ] Las secuencias flanqueantes en la cadena positiva incluyen FAM195A y RHOT2 . [ 3 ]

Alias

Los alias para WDR90 incluyen: C16orf15, C16orf16, C16orf17, C16orf18, C16orf19 y KIAA1924. [ 1 ]

Homología

Parálogos

Se ha encontrado un parálogo humano de WDR90. Este parálogo se conoce como WDR16. Según UniProtKB/Swiss-Prot, WDR16 podría desempeñar un papel esencial en el crecimiento o la supervivencia del carcinoma hepatocelular . Esta proteína en humanos tiene 620 aminoácidos de longitud. [ 6 ] [ 7 ]

Ortólogos

Se han encontrado ortólogos de la proteína WDR90 conservados desde los invertebrados individuales . [ 8 ] Hubo tres dominios conservados en los mamíferos, DUF667 (ubicación 3-124) y dos repeticiones WD40 (ubicaciones 697-991 y 1155-1549). [ 3 ]

Comparación de secuencias del gen WDR90 en humanos y sus ortólogos.

Proteína

Secuencia primaria

La proteína humana WDR90 tiene un peso molecular de 287,7 kDa y un punto isoeléctrico de 6,584. Existe un dominio de función desconocida llamado DUF667 que se conserva en sus 30 isoformas predichas. [ 9 ]

Dominios y localizaciones en el gen humano WDR90.

Modificaciones postraduccionales

Se predice que WDR90 es una proteína altamente fosforilada . [ 10 ]

Dominios y motivos

Hay tres dominios que se repiten a lo largo de la secuencia humana. [ 11 ]

Secuencia primaria de aminoácidos de la proteína WDR90 y sus características/estructuras internas.
Secuencia primaria de aminoácidos de la proteína WDR90 y sus características/estructuras internas.

Estructura secundaria

Se predice que la estructura de proteína de novo de WDR90 en humanos posee láminas beta , giros beta y hélices aleatorias . [ 12 ]

Estructura terciaria y cuaternaria

La proteína humana WDR90 adopta una estructura de hélice beta de siete aspas, característica de la familia de repeticiones WD40 . Esta estructura fue predicha con un 100 % de confianza por el programa de predicción de estructuras Phyre2.

Proteínas que interactúan

Se predice que las proteínas más notables que interactúan con WDR90 humano son UTY , KDM6B, SETD1B y ASH2L . [ 13 ] Estas proteínas se encuentran principalmente como modificadores de histonas .

Factores de transcripción

Se ha predicho que el promotor de WDR90 en humanos tiene dominios para los factores de transcripción: ARNT , AP-1 , MYB y Cis2His2 . [ 14 ]

Expresión

Los niveles de expresión de WDR90 humano parecen ser relativamente bajos, con sus niveles más altos en los ganglios linfáticos y el timo . [ 15 ] [ 16 ] La expresión de WDR90 durante el desarrollo es máxima en las etapas de blastocisto y fetal. La expresión está notablemente ausente en las etapas neonatal e infantil, luego reaparece durante la etapa juvenil y persiste hasta la edad adulta. [ 16 ]

Función

La función de WDR90 en humanos no se conoce bien. Dada su amplia expresión en muchos tejidos, su relación con la superfamilia de proteínas que contienen el dominio WD40 y las interacciones proteicas conocidas, podría desempeñar un papel en las modificaciones de histonas , el transporte vesicular o la regulación de la transcripción . [ 13 ] [ 15 ] [ 16 ]

Referencias

  1. 1 2 3 Base de datos, GeneCards. "Gen WDR90 - GeneCards | Proteína WDR90 | Anticuerpo WDR90" . www.genecards.org . Consultado el 6 de mayo de 2015 .
  2. ↑ Volker Brendel , Departamento de Matemáticas, Universidad de Stanford, Stanford, CA 94305, EE. UU., modificado; cualquier error se debe a la modificación. http://workbench.sdsc.edu/
  3. 1 2 3 "Dominio de repetición WD WDR90 90 [ Homo sapiens (Humano) ] - Gen - NCBI" .
  4. ↑ www.ncbi.nlm.nih.gov https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/clust.cgi?UGID=902650&TAXID=9606&SEARCH=WDR90 . Consultado el 30 de abril de 2015 .{{cite web}}: Falta o está vacío |title=( ayuda )
  5. ↑ Stirnimann, Christian U.; Petsalaki, Evangelia; Russell, Robert B.; Müller, Christoph W. (octubre de 2010). "Las proteínas WD40 impulsan las redes celulares". Trends in Biochemical Sciences . 35 (10): 565– 574. doi : 10.1016/j.tibs.2010.04.003 . ISSN 0968-0004 . PMID 20451393 .  
  6. ↑ Base de datos, GeneCards. "Gen WDR16 - GeneCards | Proteína WDR16 | Anticuerpo WDR16" . www.genecards.org . Consultado el 6 de mayo de 2015 .
  7. ↑ "ExPASy: Portal de recursos bioinformáticos de SIB - Categorías" . www.expasy.org . Consultado el 6 de mayo de 2015 .
  8. ↑ "CLUSTALWPROF" . Banco de trabajo de biología . SDSC. Archivado del original el 11 de agosto de 2003.
  9. ↑ "Biology WorkBench" . Volker Brendel, Departamento de Matemáticas, Universidad de Stanford, Stanford, CA 94305, EE. UU., modificado; cualquier error se debe a la modificación. Archivado del original el 11 de agosto de 2003.
  10. ↑ "Servidor NetPhos 2.0" . www.cbs.dtu.dk. Consultado el 7 de mayo de 2015 .
  11. ↑ "Navegador de genomas Ensembl 79: Homo sapiens - Dominios y características - Transcripción: WDR90-002 (ENST00000293879)" . useast.ensembl.org . Consultado el 6 de mayo de 2015 .
  12. ↑ UCBL, Institut. "NPS@ : Predicción de la estructura secundaria de SOPMA" . npsa-prabi.ibcp.fr . Consultado el 7 de mayo de 2015 . 
  13. 1 2 "STRING: redes de asociación de proteínas funcionales" . string-db.org . Archivado del original el 4 de julio de 2011. Recuperado el 7 de mayo de 2015 .
  14. ↑ "Genomatix: Recuperar y analizar promotores: Entrada de consulta" . www.genomatix.de . Consultado el 7 de mayo de 2015 .
  15. 1 2 "Inicio - Perfiles GEO - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 7 de mayo de 2015 .
  16. 1 2 3 www.ncbi.nlm.nih.gov https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ESTProfileViewer.cgi?uglist=Hs.511903 . Consultado el 07-05-2015 .{{cite web}}: Falta o está vacío |title=( ayuda )

Lecturas recomendadas

  • Bayne, Rosemary AL, et al. "Perfil molecular del testículo humano revela una regulación estricta y específica de la vía de expresión del ARN tras la supresión de gonadotropinas y el tratamiento con progestágenos." Journal of andrology 29.4 (2008): 389-403.
  • Cox, DM y MG Butler. «Trisomía parcial distal 15q26 y monosomía parcial 16p13.3 en un varón de 36 años con características clínicas de ambas anomalías cromosómicas». Investigación citogenética y genómica (2015).
  • Huang, Chi-Cheng, et al. "Firmas genéticas concurrentes para cánceres de mama en mujeres chinas Han." PLoS ONE 8.10 (2013): e76421.
  • Jakobsen, Lis, et al. "Nuevos componentes de localización asimétrica de los centrosomas humanos identificados mediante métodos proteómicos complementarios." The EMBO Journal 30.8 (2011): 1520-1535.
  • Lauwerys, Bernard, et al. "Método para la determinación y clasificación de afecciones reumáticas". Solicitud de patente estadounidense 12/528,615.
  • Rink, Lori, et al. "Firmas de expresión genética y respuesta al mesilato de imatinib en tumores del estroma gastrointestinal." Molecular Cancer Therapeutics 8.8 (2009): 2172-2182.
  • Yanagisawa, Haru-aki, et al. "Estación, Texas 77843, EE. UU. Abreviaturas: DMT, microtúbulo doblete; IJ, unión interna".