Articulo de referencia

U-Net

U-Net es una red neuronal convolucional desarrollada para la segmentación de imágenes . [ 1 ] La red se basa en una red neuronal totalmente convolucional [ 2 ] cuya arquitectura...

U-Net es una red neuronal convolucional desarrollada para la segmentación de imágenes . [ 1 ] La red se basa en una red neuronal totalmente convolucional [ 2 ] cuya arquitectura fue modificada y extendida para trabajar con menos imágenes de entrenamiento y lograr una segmentación más precisa . La segmentación de una imagen de 512  ×  512 píxeles tarda menos de un segundo en una GPU moderna (2015) utilizando la arquitectura U-Net. [ 1 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]

La arquitectura U-Net también se ha empleado en modelos de difusión para la eliminación iterativa de ruido en imágenes. [ 6 ] Esta tecnología subyace a muchos modelos modernos de generación de imágenes, como DALL-E , Midjourney y Stable Diffusion .

U-Net también se está explorando para modelos de lenguaje . [ 7 ] La tokenización no es un paso separado, lo que permite que el modelo entienda más fácilmente la ortografía y, simultáneamente, vectorice /tokenice conceptos de nivel superior.

Descripción

La arquitectura U-Net se deriva de la denominada "red totalmente convolucional". [ 2 ]

La idea principal consiste en complementar una red de contracción convencional con capas sucesivas, donde las operaciones de agrupación se reemplazan por operadores de sobremuestreo . Por lo tanto, estas capas aumentan la resolución de la salida. Una capa convolucional sucesiva puede entonces aprender a generar una salida precisa basándose en esta información. [ 1 ]

Una modificación importante en U-Net es que hay un gran número de canales de características en la parte de sobremuestreo, lo que permite a la red propagar información de contexto a capas de mayor resolución. Como consecuencia, la ruta expansiva es más o menos simétrica a la parte contractiva, y produce una arquitectura en forma de U. La red solo utiliza la parte válida de cada convolución sin ninguna capa totalmente conectada. [ 2 ] Para predecir los píxeles en la región del borde de la imagen, el contexto faltante se extrapola reflejando la imagen de entrada. Esta estrategia de mosaico es importante para aplicar la red a imágenes grandes, ya que de lo contrario la resolución estaría limitada por la memoria de la GPU . Recientemente, también ha habido interés en modelos U-Net basados ​​en campos receptivos para la segmentación de imágenes médicas. [ 8 ]

Arquitectura de red

La red consta de una ruta de contracción y una ruta de expansión, lo que le confiere una arquitectura en forma de U. La ruta de contracción es una red convolucional típica que consiste en la aplicación repetida de convoluciones , cada una seguida de una unidad lineal rectificada (ReLU) y una operación de agrupación máxima (max pooling ). Durante la contracción, la información espacial se reduce mientras que la información de características aumenta. La ruta de expansión combina la información de características y la espacial mediante una secuencia de convoluciones ascendentes y concatenaciones con características de alta resolución de la ruta de contracción. [ 9 ]

Esta es una arquitectura de ejemplo de U-Net para producir k máscaras de imagen de 256 x 256 píxeles para una imagen RGB de 256 x 256 píxeles.

Aplicaciones

Existen numerosas aplicaciones de U-Net en la segmentación de imágenes biomédicas , como la segmentación de imágenes cerebrales ( «BRATS» [ 10 ] ) y la segmentación de imágenes hepáticas («siliver07» [ 11 ] ), así como la predicción de sitios de unión de proteínas. [ 12 ] Las implementaciones de U-Net también se han utilizado en las ciencias físicas, por ejemplo, en el análisis de micrografías de materiales. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] Variaciones de U-Net también se han aplicado a la reconstrucción de imágenes médicas. [ 16 ] A continuación se presentan algunas variantes y aplicaciones de U-Net:

  1. Regresión píxel a píxel utilizando U-Net y su aplicación en el pansharpening; [ 17 ]
  2. 3D U-Net: Aprendizaje de segmentación volumétrica densa a partir de anotaciones dispersas; [ 18 ]
  3. TernausNet: U-Net con codificador VGG11 preentrenado en ImageNet para segmentación de imágenes. [ 19 ]
  4. Traducción de imagen a imagen para estimar tinciones fluorescentes [ 20 ]
  5. En la predicción del sitio de unión de la estructura de la proteína. [ 12 ]

Historia

U-Net fue creada por Olaf Ronneberger, Philipp Fischer y Thomas Brox en 2015 y se describió en el artículo "U-Net: Redes neuronales convolucionales para la segmentación de imágenes biomédicas". [ 1 ] Es una mejora y desarrollo de FCN: Evan Shelhamer, Jonathan Long, Trevor Darrell (2014). "Redes neuronales totalmente convolucionales para la segmentación semántica". [ 2 ]

Referencias

  1. 1 2 3 4 Ronneberger O, Fischer P, Brox T (2015). "U-Net: Redes neuronales convolucionales para la segmentación de imágenes biomédicas". arXiv : 1505.04597 [ cs.CV ].
  2. 1 2 3 4 Shelhamer E, Long J, Darrell T (noviembre de 2014). "Redes totalmente convolucionales para segmentación semántica". IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence . 39 (4): 640– 651. arXiv : 1411.4038 . doi : 10.1109/TPAMI.2016.2572683 . PMID 27244717. S2CID 1629541 .  
  3. Nazem, Fatemeh; Ghasemi, Fahimeh; Fassihi, Afshin; Mehri Dehnavi, Alireza (2021). "3D U-Net: Un método basado en vóxeles para la predicción de sitios de unión en la estructura de proteínas". Journal of Bioinformatics and Computational Biology . 19 (2). doi : 10.1142/S0219720021500062 . PMID 33866960 . 
  4. Nazem, Fatemeh; Ghasemi, Fahimeh; Fassihi, Afshin; Mehri Dehnavi, Alireza (2023). "Una arquitectura basada en GU-Net que predice átomos de unión ligando-proteína" . Journal of Medical Signals & Sensors . 13 (1): 1– 10. doi : 10.4103/jmss.jmss_142_21 . PMC 10246592. PMID 37292445 .  
  5. Nazem, Fatemeh; Ghasemi, Fahimeh; Fassihi, Afshin; Mehri Dehnavi, Alireza (2024). "Red de atención profunda para identificar sitios de unión ligando-proteína". Journal of Computational Science . 81 102368. doi : 10.1016/j.jocs.2024.102368 .
  6. Ho, Jonathan (2020). "Denoising Diffusion Probabilistic Models". arXiv : 2006.11239 [ cs.LG ].
  7. Videau, Mathurin; Badr Youbi Idrissi; Leite, Alessandro; Schoenauer, Marc; Teytaud, Olivier; Lopez-Paz, David (2025). "From Bytes to Ideas: Language Modeling with Autoregressive U-Nets". arXiv : 2506.14761 [ cs.CL ].
  8. Loos, Vincent; Pardasani, Rohit; Awasthi, Navchetan (2024-10-29). "Desmitificando el efecto del tamaño del campo receptivo en los modelos U-Net para la segmentación de imágenes médicas" . Journal of Medical Imaging . 11 (5). doi : 10.1117/1.jmi.11.5.054004 . ISSN 2329-4302 . PMC 11520766. PMID 39478790 .   
  9. "Código U-Net" .
  10. "MICCAI BraTS 2017: Alcance | Sección de Análisis de Imágenes Biomédicas (SBIA) | Facultad de Medicina Perelman de la Universidad de Pensilvania" . www.med.upenn.edu . Consultado el 24 de diciembre de 2018 .
  11. "SLIVER07 : Inicio" . www.sliver07.org . Consultado el 24 de diciembre de 2018 . 
  12. 1 2 Nazem F, Ghasemi F, Fassihi A, Dehnavi AM (abril de 2021). "3D U-Net: un método basado en vóxeles para la predicción de sitios de unión de la estructura de proteínas". Journal of Bioinformatics and Computational Biology . 19 (2): 2150006. doi : 10.1142/S0219720021500062 . PMID 33866960. S2CID 233300145 .  
  13. ^ Chen, Fu-Xiang Rikudo; Lin, Chia-Yu; Siao, Hui-Ying; Jian, Cheng-Yuan; Yang, Yong-Cheng; Lin, Chun-Liang (14 de febrero de 2023). "Marco de detección de defectos atómicos basado en aprendizaje profundo para materiales bidimensionales" . Datos científicos . 10 (1): 91. Código Bib : 2023NatSD..10...91C . doi : 10.1038/s41597-023-02004-6 . ISSN 2052-4463 . PMC 9929095 . PMID 36788235 .   
  14. Shi, Peng; Duan, Mengmeng; Yang, Lifang; Feng, Wei; Ding, Lianhong; Jiang, Liwu (2022-06-22). "Un método mejorado de segmentación de imágenes U-Net y su aplicación para estadísticas de tamaño de grano metálico" . Materials . 15 (13): 4417. Bibcode : 2022Mate...15.4417S . doi : 10.3390 / ma15134417 . ISSN 1996-1944 . PMC 9267311. PMID 35806543 .   
  15. Patrick, Matthew J; Eckstein, James K; Lopez, Javier R; Toderas, Silvia; Asher, Sarah A; Whang, Sylvia I; Levine, Stacey; Rickman, Jeffrey M; Barmak, Katayun (2023-11-15). "Detección automatizada de límites de grano para imágenes de microscopía electrónica de transmisión de campo claro mediante U-Net" . Microscopía y microanálisis . 29 (6): 1968– 1979. arXiv : 2312.09392 . doi : 10.1093/micmic/ozad115 . ISSN 1431-9276 . PMID 37966960 .  
  16. Andersson J, Ahlström H, Kullberg J (septiembre de 2019). "Separación de la señal de agua y grasa en exploraciones de eco de gradiente de cuerpo entero mediante redes neuronales convolucionales" . Magnetic Resonance in Medicine . 82 (3): 1177– 1186. doi : 10.1002/mrm.27786 . PMC 6618066. PMID 31033022 .  
  17. Yao W, Zeng Z, Lian C, Tang H (27-10-2018). "Regresión píxel a píxel usando U-Net y su aplicación en pansharpening". Neurocomputing . 312 : 364–371 . doi : 10.1016/j.neucom.2018.05.103 . ISSN 0925-2312 . S2CID 207119255 .  
  18. ^ Çiçek Ö, Abdulkadir A, Lienkamp SS, Brox T, Ronneberger O (2016). "3D U-Net: aprendizaje de segmentación volumétrica densa a partir de anotaciones dispersas". arXiv : 1606.06650 [ cs.CV ].
  19. Iglovikov V, Shvets A (2018). "TernausNet: U-Net con codificador VGG11 preentrenado en ImageNet para segmentación de imágenes". arXiv : 1801.05746 [ cs.CV ].
  20. Kandel ME, He YR, Lee YJ, Chen TH, Sullivan KM, Aydin O, et al. (diciembre de 2020). "Imágenes de fase con especificidad computacional (PICS) para medir cambios de masa seca en compartimentos subcelulares" . Nature Communications . 11 (1) 6256. arXiv : 2002.08361 . Bibcode : 2020NatCo..11.6256K . doi : 10.1038/s41467-020-20062-x . PMC 7721808. PMID 33288761 .   

Implementaciones

  • Tensorflow Unet por J Akeret (2017)
  • Código fuente de U-Net procedente del Departamento de Informática de la Universidad de Friburgo, Alemania, dedicado al reconocimiento de patrones y al procesamiento de imágenes.