Base de datos de toxinas y dianas de toxinas

La Base de Datos de Toxinas y Dianas Toxinas (T3DB) , ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} también conocida como Base de Datos del Exposoma Tóxico , es una base de datos en línea de acceso libre de sustancias comunes que son tóxicas para los humanos, junto con sus dianas proteicas , de ADN u orgánicas . La base de datos actualmente alberga cerca de 3700 compuestos tóxicos o venenos descritos por casi 42 000 sinónimos. Esta lista incluye varios grupos de toxinas , incluidos contaminantes comunes , pesticidas , fármacos , toxinas alimentarias, toxinas domésticas e industriales/laborales, toxinas del cigarrillo y toxinas urémicas . Estas sustancias tóxicas están vinculadas a 2086 registros de dianas proteicas/de ADN correspondientes. En total hay 42 433 asociaciones de sustancias tóxicas con dianas toxinas. Cada registro de compuesto tóxico (ToxCard) en T3DB contiene casi 100 campos de datos e incluye información como propiedades y descriptores químicos, mecanismos de acción , toxicidad o valores de dosis letal , interacciones moleculares y celulares, información médica (síntomas y tratamiento) (Fig. 1-3), espectros de RMN y EM , y genes regulados al alza y a la baja . Esta información se ha extraído de más de 18 000 fuentes , entre las que se incluyen otras bases de datos , documentos gubernamentales, libros y literatura científica.

El objetivo principal de T3DB es proporcionar mecanismos de toxicidad e identificar proteínas diana para sustancias tóxicas comunes. Si bien existen otras bases de datos de compuestos tóxicos, estas se centran en un gran número de compuestos químicos que casi nunca se encuentran fuera de un laboratorio químico. T3DB busca recopilar datos únicamente sobre aquellas sustancias tóxicas que son abundantes o de uso generalizado y que han sido detectadas o medidas en humanos. T3DB es totalmente consultable y admite búsquedas extensas de texto, secuencia, estructura química , consultas relacionales y espectros. Está inspirada en la Base de Datos del Metaboloma Humano ( HMDB ) y DrugBank , y está estrechamente vinculada a ellas . Las posibles aplicaciones de T3DB incluyen estudios de metabolómica y exposición ambiental, predicción del metabolismo de compuestos tóxicos , predicción de interacciones entre toxinas y fármacos, y conocimiento general sobre sustancias tóxicas.

Figura 1. Toxicidad del arsénico según T3DB.

Alcance y acceso

Todos los datos de T3DB son de dominio público o provienen de fuentes públicas. Son de libre acceso y están disponibles para cualquier persona. Además, casi todos los datos son completamente rastreables y se referencian explícitamente a su fuente original. Los datos de T3DB están disponibles a través de una interfaz web pública y mediante descargas.

Véase también

Referencias

1 2 Wishart, D ; Arndt D; Pon A; Sajed T; Guo AC; Djoumbou Y; KnoxC; Wilson M; LiangY; conceder J; Liu Y; Goldansaz SA; Rappaport SM. (Enero de 2015). "T3DB: la base de datos de exposomas tóxicos" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de base de datos): D928-34. doi : 10.1093/nar/gku1004 . PMC 4383875 . PMID 25378312 .
↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (enero de 2010). " T3DB: una base de datos exhaustivamente anotada de toxinas comunes y sus objetivos" . Nucleic Acids Research . 38 (número especial de bases de datos): D781-6. doi : 10.1093/nar/gkp934 . PMC 2808899. PMID 19897546 .

[pmid25378312-1] 1 2 Wishart, D ; Arndt D; Pon A; Sajed T; Guo AC; Djoumbou Y; KnoxC; Wilson M; LiangY; conceder J; Liu Y; Goldansaz SA; Rappaport SM. (Enero de 2015). "T3DB: la base de datos de exposomas tóxicos" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de base de datos): D928-34. doi : 10.1093/nar/gku1004 . PMC 4383875 . PMID 25378312 .

[pmid19897546-2] Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (enero de 2010). " T3DB: una base de datos exhaustivamente anotada de toxinas comunes y sus objetivos" . Nucleic Acids Research . 38 (número especial de bases de datos): D781-6. doi : 10.1093/nar/gkp934 . PMC 2808899. PMID 19897546 .

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