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SplitsTree

Un ejemplo de una red filogenética de vecindad generada por SplitsTree v4.6. SplitsTree es un programa gratuito para inferir árboles filogenéticos , redes filogenéticas o, más g...

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Un ejemplo de una red filogenética de vecindad generada por SplitsTree v4.6.

SplitsTree es un programa gratuito para inferir árboles filogenéticos , redes filogenéticas o, más generalmente, grafos divididos , a partir de varios tipos de datos como una alineación de secuencias , una matriz de distancias o un conjunto de árboles. [ 1 ] [ 2 ]

Software

SplitsTree implementa métodos publicados como la descomposición de divisiones , [ 3 ] redes vecinales , redes de consenso, [ 4 ] métodos de superredes o métodos para calcular redes de hibridación o recombinación simple . Utiliza el formato de archivo NEXUS . El grafo de divisiones se define mediante un bloque de datos especial (bloque SPLITS).

Véase también

Referencias

  1. ↑ Dress, A.; KT Huber ; V. Moulton (2001). "Espacios métricos en matemáticas puras y aplicadas" (PDF) . Documenta Mathematica . Serie Documenta Mathematica. 2 : 121–139 . doi : 10.4171/dms/2/5 . ISBN 978-3-98547-042-6.
  2. ↑ Huson, DH; D. Bryant (2006). "Aplicación de redes filogenéticas en estudios evolutivos" . Mol. Biol. Evol . 23 (2): 254– 267. doi : 10.1093/molbev/msj030 . PMID 16221896 . 
  3. ↑ Bandelt, HJ; Dress, AW (1992). "Descomposición dividida: un enfoque nuevo y útil para el análisis filogenético de datos de distancia". Molecular Phylogenetics and Evolution . 1 (3): 242– 252. Bibcode : 1992MolPE...1..242B . doi : 10.1016/1055-7903(92)90021-8 . ISSN 1055-7903 . PMID 1342941 .  
  4. ↑ Holland, Barbara; Moulton, Vincent (2003). «Redes de consenso: un método para visualizar incompatibilidades en colecciones de árboles». En Benson, Gary; Page, Roderic DM (eds.). Algoritmos en bioinformática . Lecture Notes in Computer Science. Vol. 2812. Springer Berlin Heidelberg. pp. 165–176 . doi : 10.1007/978-3-540-39763-2_13 . ISBN   9783540397632.
  • Página principal de SplitsTree (Nuevo sitio web con información sobre SplitsTree)
  • Página de descarga alternativa para la última versión (4.15) y el manual (junio de 2019), alojada por el Departamento de Informática de la Universidad Eberhard Karls de Tubinga.
  • Algoritmos en Bioinformática , el grupo de trabajo de Daniel Huson que desarrolla SplitsTree y otros programas informáticos de bioinformática.
  • Lista de software de filogenia , alojado en la Universidad de Washington.
  • El mundo genealógico de las redes filogenéticas proporciona una amplia gama de ejemplos de grafos de bifurcaciones, la mayoría de los cuales se generaron con SplitsTree.
  • El directorio Who is Who in Phylogenetic Networks enumera el software, los investigadores y la literatura relacionados con las redes filogenéticas.
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