Septerra Core

En total hay 9 personajes jugables para desbloquear. El jugador puede personalizar su lista de 3 personajes a la vez. Algunos personajes interactúan de forma diferente con distintas personas, objetos o escenarios. ^{[ 7 ]}

• Maya : La protagonista principal del juego. Es una joven de Shell 2 que recolecta objetos útiles entre los escombros. De niña, su aldea fue destruida y sus padres asesinados cuando los Elegidos, habitantes de la capa superior de Shell, decidieron llevar sus conflictos aéreos a su pacífica ciudad natal. Comenzarás tu aventura con Maya. Ella es el personaje principal de la historia de Septerra Core; sin embargo, a lo largo del juego te encontrarás con diversos personajes que se unirán a ti en tu misión para salvar a Septerra de la destrucción.
• Grubb : Es amigo de Maya. Un mago mecánico solitario capaz de transformar la chatarra de Shell 2 en prácticamente cualquier máquina que se le ocurra. Grubb tiene la habilidad de reparar objetos, lo que puede usar en combate para curar a sus aliados mecánicos/ciborgs.
• Runner : Una de las creaciones más extrañas y geniales de Grubb, un robot de chatarra enorme y afable que puede caminar sobre dos patas o correr sobre cuatro. A veces, Runner parece un cachorro gigante, pero es un aliado feroz en combate. Runner tiene la habilidad de robar cuando está curioseando en una tienda.
• Corgan : Miembro de la valiente y dedicada Guardia Sagrada, protectora de Shell 3 y del legado de Marduk, Corgan es un hábil espadachín defensivo con talento para la diplomacia. Hasta que complete cierta misión secundaria, Corgan no confía plenamente en Selina y existe una probabilidad aleatoria de que Corgan use su turno durante el combate para atacar a Selina, o viceversa, si están en el mismo equipo.
• Led : Hija joven del gran líder militar General Campbell, Led es una mecánica experta cuya arma predilecta es una llave inglesa gigante. Tiene dos piernas artificiales, consecuencia de un accidente durante su entrenamiento militar. Desde entonces, su padre le ha prohibido luchar por su país. Es el único personaje, además de Grubb, con la habilidad de reparar.
• Araym : Ladrón y cazarrecompensas, puede usar sus extremidades mecánicas desmontables, similares a las de una araña, para realizar diversos ataques. Es el único personaje, además de Runner, que tiene la habilidad de robar al mirar en una tienda.
• Selina : Una de las generales de Doskias y su amante, Selina es una guerrera oscura, misteriosa y poderosa con una habilidad especial para los hechizos místicos de núcleo. Aunque al principio del juego Selina es una antagonista, a medida que avanza la historia cambia de parecer y se desbloquea como personaje jugable.
• Badu : Miembro de la raza inhumana de los Underlost, el enorme Badu es un poderoso guerrero, pero un mal comunicador: solo habla su lengua materna. Este personaje tiene muy pocas interacciones con personas fuera de su tierra natal, pero resulta muy útil cuando el jugador necesita comunicarse con otros Underlost que solo hablan su idioma.
• Lobo : Alguna vez fue un cíborg sin mente creado para defender a su país de los piratas merodeadores, pero tras estrellarse en combate, fue encontrado y reconstruido por un mecánico renegado. Tras adquirir libre albedrío, se convirtió en pirata para luchar contra el mismo país que lo creó. Los ataques de este personaje en combate son muy similares a los de Maya, y pueden compartir muchos accesorios de armas.

Hay muchísimos personajes no jugables (PNJ) con los que el jugador puede interactuar y que tienen innumerables reacciones ante los distintos personajes jugables, por lo que siempre vale la pena intentar hablar con el mismo PNJ cuando se intercambian los personajes jugables. A continuación se mencionan algunos de los PNJ que son fundamentales para la historia. ^{[ 8 ]}

• Tío : Se le conoce simplemente como tío porque Maya, y muchos de los huérfanos de su ciudad natal, Oasis, fueron criados por este hombre bondadoso.
• Azziz : Los huérfanos de Oasis reciben enseñanzas de Azziz, el sabio maestro del templo que venera al gran Marduk. Azziz es una buena fuente de información sobre el mundo de Septerra.
• Bowman : El líder de la Guardia Sagrada. Ha entrenado a Corgan y a otros miembros de la Guardia Sagrada, y también es el padre de Layla.
• Layla : Es el único amor verdadero de Corgan y también miembro de la Guardia Sagrada. Es hija de Bowman, quien se preocupa por ella cuando va a la batalla.