Hispanopedia WikiSequest (a menudo estilizado como SEQUEST) es un programa de análisis de datos de espectrometría de masas en tándem utilizado para la identificación de proteínas. [1] Sequest identifica colecciones de espectros de masas en tándem para secuencias de péptidos que se han generado a partir de bases de datos de secuencias de proteínas .
Algoritmo
Sequest identifica cada espectro de masas en tándem de forma individual. El software evalúa las secuencias de proteínas de una base de datos para calcular la lista de péptidos que podrían resultar de cada una. La masa intacta del péptido se conoce a partir del espectro de masas y Sequest utiliza esta información para determinar el conjunto de secuencias de péptidos candidatos que podrían compararse significativamente con el espectro al incluir solo aquellas cercanas a la masa del ion peptídico observado. Para cada péptido candidato, Sequest proyecta un espectro de masas en tándem teórico y compara estos espectros teóricos con el espectro de masas en tándem observado mediante el uso de correlación cruzada . La secuencia candidata con el espectro de masas en tándem teórico más coincidente se informa como la mejor identificación para este espectro.
Véase también
Referencias
- ^ Jimmy K. Eng, Ashley L. McCormack y John R. Yates, III (1994). "Un enfoque para correlacionar datos espectrales de masas en tándem de péptidos con secuencias de aminoácidos en una base de datos de proteínas". J Am Soc Mass Spectrom . 5 (11): 976–989. CiteSeerX 10.1.1.377.3188 . doi : 10.1016/1044-0305(94)80016-2 . PMID 24226387.
{{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
Enlaces externos
- https://proteomicsresource.washington.edu/protocols06/sequest.php
