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La proteómica de abajo hacia arriba es un método común para identificar proteínas y caracterizar sus secuencias de aminoácidos y modificaciones postraduccionales mediante la digestión proteolítica de proteínas antes del análisis por espectrometría de masas . [1] [2] El principal flujo de trabajo alternativo utilizado en proteómica se denomina proteómica de arriba hacia abajo, donde las proteínas intactas se purifican antes de la digestión y/o fragmentación, ya sea dentro del espectrómetro de masas o por electroforesis 2D. [3] Esencialmente, la proteómica de abajo hacia arriba es un medio relativamente simple y confiable para determinar la composición proteica de una muestra dada de células, tejidos, etc. [4]
En la proteómica de abajo hacia arriba, el extracto de proteína cruda se digiere enzimáticamente, seguido de una o más dimensiones de separación de los péptidos mediante cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas, una técnica conocida como proteómica shotgun . [5] [6] Al comparar las masas de los péptidos proteolíticos o sus espectros de masas en tándem con los predichos a partir de una base de datos de secuencias o espectros de péptidos anotados en una biblioteca de espectros de péptidos , se pueden identificar péptidos y ensamblar múltiples identificaciones de péptidos en una identificación de proteína.
Ventajas
En el caso de los métodos ascendentes de alto rendimiento, existe una mejor separación inicial de los péptidos en comparación con las proteínas y una mayor sensibilidad que los métodos descendentes (sin gel). [7]
Desventajas
Existe una cobertura limitada de secuencias de proteínas por parte de los péptidos identificados, pérdida de PTM lábiles y ambigüedad en el origen de secuencias de péptidos redundantes. [7] Recientemente, la combinación de proteómica de abajo hacia arriba y de arriba hacia abajo, llamada proteómica de medio hacia abajo, está recibiendo mucha atención ya que este enfoque no solo se puede aplicar al análisis de fragmentos de proteínas grandes, sino que también evita secuencias de péptidos redundantes. [8]
Véase también
- Espectrometría de masas de proteínas
- Proteómica de escopeta
- Huella de masa de péptidos
- Proteómica de arriba hacia abajo
Referencias
- ^ Aebersold R, Mann M (marzo de 2003). "Proteómica basada en espectrometría de masas". Nature . 422 (6928): 198–207. Bibcode :2003Natur.422..198A. doi :10.1038/nature01511. PMID 12634793.
- ^ Chait BT (2006). "Química. Espectrometría de masas: ¿de abajo hacia arriba o de arriba hacia abajo?". Science . 314 (5796): 65–6. doi :10.1126/science.1133987. PMID 17023639.
- ^ Wright EP, Partridge MA, Padula MP, Gauci VJ, Malladi CS, Coorsen JR (2014). "Proteómica de arriba hacia abajo: mejora de la electroforesis en gel 2D desde el procesamiento de tejidos hasta la detección de proteínas de alta sensibilidad". Proteómica . 14 (7–8): 872–889. doi : 10.1002/pmic.201300424 . PMID 24452924.
- ^ "Proteómica de abajo a arriba". PlanetOrbitrap . Thermo Fisher Scientific . Consultado el 20 de noviembre de 2017 .
- ^ Washburn MP, Wolters D, Yates JR (2001). "Análisis a gran escala del proteoma de la levadura mediante tecnología de identificación de proteínas multidimensional". Nat. Biotechnol . 19 (3): 242–247. doi :10.1038/85686. PMID 11231557.
- ^ Wolters DA, Washburn MP, Yates JR (2001). "Una tecnología de identificación de proteínas multidimensional automatizada para la proteómica de escopeta". Anal. Chem . 73 (23): 5683–5690. doi :10.1021/ac010617e. PMID 11774908.
- ^ ab Yates JR, Ruse CI, Nakorchevsky A (2009). "Proteómica por espectrometría de masas: enfoques, avances y aplicaciones" (PDF) . Annu. Rev. Biomed. Eng . 11 : 49–79. doi :10.1146/annurev-bioeng-061008-124934. PMID 19400705.
- ^ Zhang, Yaoyang; Fonslow, Bryan R.; Shan, Bing; Baek, Moon-Chang; Yates, John R. (10 de abril de 2014). "Análisis de proteínas mediante proteómica de tipo shotgun/de abajo hacia arriba". Chem Rev . 113 (4): 2343. doi :10.1021/cr3003533. PMC 3751594 . PMID 23438204.