Articulo de referencia

Objeto de investigación

En informática , un objeto de investigación es un método para la identificación, agregación e intercambio de información académica en la web . El objetivo principal del enfoque ...

En informática , un objeto de investigación es un método para la identificación, agregación e intercambio de información académica en la web . El objetivo principal del enfoque de objetos de investigación es proporcionar un mecanismo para asociar recursos relacionados sobre una investigación científica, de modo que puedan compartirse utilizando un único identificador. Por lo tanto, los objetos de investigación constituyen una forma avanzada de publicación mejorada . [ 1 ]

Las implementaciones actuales se basan en tecnologías y métodos web existentes, como Linked Data , HTTP , identificadores uniformes de recursos (URI) , la iniciativa Open Archives Initiative Object Reuse and Exchange (OAI-ORE) y el modelo de anotación abierta, así como en enfoques existentes para la identificación y la representación del conocimiento en el ámbito científico, como los identificadores de objetos digitales para documentos, los identificadores ORCID para personas y el modelo de datos de investigación, estudio y ensayo (ISA).

Principios y motivación

El enfoque de objetos de investigación está motivado principalmente por el deseo de mejorar la reproducibilidad de las investigaciones científicas. Un aspecto central de la propuesta es la necesidad de compartir artefactos de investigación comúnmente distribuidos en repositorios especializados en la web, incluyendo datos de apoyo, ejecutables de software, código fuente, diapositivas de presentación y vídeos de presentación. Los objetos de investigación no constituyen una tecnología específica, sino que se rigen por un conjunto de principios. Específicamente, los objetos de investigación se rigen por tres principios: identidad, agregación y anotación [ 2 ].

  • Identidad digital : utilice identificadores únicos como nombres para las cosas, como los DOI para publicaciones o datos, y los identificadores ORCID para los investigadores.
  • Agregación de datos : utilice algún tipo de agregación para asociar elementos relacionados que formen parte de un estudio, investigación, etc. más amplio, de modo que otros puedan descubrir más fácilmente esos recursos relacionados.
  • Anotación : Proporcione metadatos adicionales sobre esos elementos, cómo se relacionan entre sí, su procedencia , cómo se produjeron, etc.

Comunidades

Varias comunidades están desarrollando el concepto de objeto de investigación.

Actividad del ROSC W3C

En abril de 2013 se creó un grupo comunitario del W3C denominado Grupo Comunitario de Objetos de Investigación para la Comunicación Académica (ROSC). El estatuto de la comunidad establece que los objetivos de la actividad ROSC son: [ 3 ] "intercambiar requisitos y expectativas para apoyar una nueva forma de comunicación académica".

El Grupo Comunitario tiene como objetivo producir los siguientes tipos de productos:

  • Casos de uso para la representación, publicación e intercambio de objetos de investigación en la Web.
  • Requisitos y deseos extraídos de los casos de uso.
  • Un estudio de trabajos relacionados con el apoyo a la representación, publicación e intercambio de objetos de investigación.
  • Diversas buenas prácticas y directrices para una práctica comunitaria de compartir, citar e intercambiar objetos de investigación.

Objetos digitales FAIR

El foro de objetos digitales FAIR es una comunidad que reúne a expertos del movimiento de datos FAIR , la web semántica y la publicación digital de trabajos académicos. La primera conferencia sobre objetos digitales FAIR impulsó a la coalición a ratificar la Declaración de Leiden [ 4 ] sobre objetos digitales FAIR. Los principios contenidos en la Declaración de Leiden proporcionan un marco prescriptivo para el desarrollo de infraestructura en torno a los objetos de investigación digitales. Este marco se basa en los principios de datos FAIR y en ideas sobre infraestructura distribuida que se apoya en protocolos abiertos para evitar la dependencia de un proveedor y garantizar un acceso "tan abierto como sea posible, tan restringido como sea necesario". Esto permite el descubrimiento y la reutilización de objetos de investigación, incluidos los flujos de trabajo computacionales tanto para humanos como para máquinas. Para promover la adopción y compartir experiencias en la creación de un objeto digital FAIR, se han publicado estudios de caso que muestran cómo crearlos con los metadatos semánticos necesarios que sean comprensibles para las máquinas . Especificaciones como el marco de metadatos ISA y RO-Crate respaldan estas anotaciones basadas en ontologías de experimentos de alto rendimiento y flujos de trabajo de análisis, respectivamente. [ 5 ]

Github y Figshare

El Laboratorio Científico de Mozilla ha puesto en marcha una iniciativa en colaboración con GitHub y Figshare para desarrollar el concepto de "Código como objeto de investigación". La propuesta inicial consiste en permitir a los usuarios transferir código de un repositorio de GitHub a Figshare y asignarle un Identificador de Objeto Digital (DOI), lo que proporciona un registro permanente del código que puede citarse en futuras publicaciones.

RO-Crate

La estructura general de una RO-Crate, que combina artefactos de investigación con metadatos estandarizados.

RO-Crate (Research Objects Crate) es una iniciativa comunitaria que comenzó alrededor de 2019 y que proporciona un enfoque para empaquetar y agregar artefactos de investigación con sus metadatos y relaciones . RO-Crate se basa en anotaciones de Schema.org en JSON-LD , con el objetivo de establecer las mejores prácticas para describir formalmente los metadatos de una manera accesible y práctica. Su propósito es aplicar estándares de Linked Data “justos y necesarios” para que los resultados de la investigación sean FAIR, al tiempo que se mejora la reproducibilidad de la investigación . [ 6 ] Busca cerrar la brecha de complejidad en las herramientas para las especificaciones de metadatos siguiendo 4 principios:

  1. que sea conceptualmente simple y fácil de entender para los desarrolladores;
  2. Proporcionar herramientas robustas y fáciles de usar para su integración en proyectos comunitarios;
  3. Proporcionar una guía sólida y con opiniones firmes sobre las mejores prácticas actuales;
  4. adoptar estándares de facto que se utilizan ampliamente en la Web . [ 6 ]

Durante el desarrollo del estándar, el nivel básico de simplicidad fue la facilidad de uso para los desarrolladores de software. El equipo asumió que el desarrollador estaba familiarizado con la creación de aplicaciones web con datos JSON , lo que influyó en las decisiones de diseño principales para el enfoque de documentación a nivel JSON y la serialización de RO-Crate. [ 6 ] Además, en RO-Crate, una entidad contextual referenciada (por ejemplo, una persona identificada por ORCID) siempre debe describirse dentro del archivo de metadatos de RO-Crate con al menos un tipo y un nombre , incluso cuando su identificador persistente (PID) pueda resolverse en datos enlazados adicionales. Esto es para que los clientes no tengan que seguir todos los enlaces para fines de presentación, por ejemplo, la representación HTML. [ 6 ]

Diagrama UML que describe una RO-Crate simplificada

Un RO-Crate se define como una "Entidad de Datos Raíz" autodescrita que describe y contiene entidades de datos , las cuales se describen a su vez mediante la referencia a entidades contextuales . Una "entidad de datos" es un archivo (es decir, una secuencia de bytes almacenada en algún lugar del disco) o un directorio (es decir, un conjunto de archivos con nombre y otros directorios). Un archivo no necesita estar almacenado dentro de la raíz del RO-Crate; puede referenciarse mediante un PID / IRI . Una entidad contextual existe fuera del sistema de información (por ejemplo, una persona, un lenguaje de flujo de trabajo) y se almacena únicamente mediante sus metadatos. La representación de una entidad de datos como una secuencia de bytes permite almacenar una variedad de artefactos de investigación, incluyendo no solo datos, sino también, por ejemplo, software y texto. [ 6 ] [ 7 ]

La entidad de datos raíz es un directorio, la raíz de RO-Crate , identificada por la presencia del archivo de metadatos de RO-Crate ro-crate-metadata.json. Los RO-Crates se pueden almacenar, transferir o publicar de múltiples maneras, incluyendo archivos ZIP descargables en Zenodo o a través de repositorios en línea dedicados, así como publicarse directamente en la web, por ejemplo, usando GitHub Pages . [ 6 ]

A continuación se muestra un archivo de metadatos RO-Crate simple que describe entidades de datos ( archivos CSV y JPG ) con entidades contextuales (autores identificados por nombre u ORCID ): [ 6 ]

{ "@context" : "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context" , "@graph" : [ { "@id" : "ro-crate-metadata.json" , "@type" : "CreativeWork" , "conformsTo" : { "@id" : "https://w3id.org/ro/crate/1.1" }, "about" : { "@id" : "./" } }, { "@id" : "./" , "@type" : "Dataset" , "name" : "A simplified RO-Crate" , "author" : { "@id" : "#alice" }, "license" : { "@id" : "https://spdx.org/licenses/CC-BY-4.0" }, "datePublished" : "2021-11-02T16:04:43Z" , "hasPart" : [ { "@id" : "survey-responses-2019.csv" }, { "@id" : "https://example.com/pics/5707039334816454031_o.jpg" } ] }, { "@id" : "survey-responses-2019.csv" , "@type" : "File" , "about" : { "@id" : "https://example.com/pics/5707039334816454031_o.jpg" }, "author" : { "@id" : "#alice" } }, { "@id" : "https://example.com/pics/5707039334816454031_o.jpg" , "@type" : [ "File" , "ImageObject" ], "contentLocation" : { "@id" : "http://sws.geonames.org/8152662/" }, "author" : { "@id" : "https://orcid.org/0000-0002-1825-0097" } }, { "@id" :"#alice" , "@type" : "Person" , "name" : "Alice" }, { "@id" : "https://orcid.org/0000-0002-1825-0097" , "@type" : "Person" , "name" : "Josiah Carberry" },{ "@id" : "http://sws.geonames.org/8152662/" , "@type" : "Place" , "name" : "Catalina Park" }, { "@id" : "https://spdx.org/licenses/CC-BY-4.0" , "@type" : "CreativeWork" , "name" : "Creative Commons Attribution 4.0" } ] }

Referencias

  1. ^ Belhajjame, Khalid; Zhao, junio; Garijo, Daniel; Apuesta, Mateo; Hettne, Kristina; Palma, Raúl; Mina, Eleni; Corcho, Óscar; Gómez-Pérez, José Manuel; Bechhofer, Sean; Klyne, Graham; Goble, Carole (2015). "Uso de un conjunto de ontologías para preservar objetos de investigación centrados en el flujo de trabajo" . Revista de Semántica Web . 32 : 16– 42. doi : 10.1016/j.websem.2015.01.003 . hdl : 1887/78857 . ISSN 1570-8268 . 
  2. Bechhofer, S.; De Roure, D. ; Gamble, M.; Goble, C. ; Buchan, I. (2010). "Objetos de investigación: hacia el intercambio y la reutilización del conocimiento digital" . Nature Precedings . doi : 10.1038/npre.2010.4626.1 .
  3. Zhao, Jun (2013). "Research Object for Scholarly Communication (ROSC) Community Group Charter" . www.w3.org .
  4. Zhao, Jun (2022). "Declaración de Leiden para objetos digitales FAIR" . fairdo.org/ .
  5. Niehues, Anna; de Visser, Casper; Hagenbeek, Fiona A.; Kulkarni, Purva; Piscina, René; Karu, Naama; Kindt, Alida SD.; Singh, Gurnoor; Vermeiren, Robert RJ M.; Boomsma, Dorret I.; van Dongen, Jenny; 't Hoen, Peter AC.; van Gool, Alain J. (2024). "Un flujo de trabajo de análisis de datos multiómicos empaquetado como un objeto digital FAIR" . GigaCiencia . 13 . doi : 10.1093/gigascience/giad115 . hdl : 1871.1/10d53339-5c67-4c4f-9b3a-47d8b2f5c5e8 .
  6. 1 2 3 4 5 6 7 Soiland-Reyes, Stian; Sefton, Peter; Crosas, Mercè; Castro, Leyla Jael; Coppens, Federico; Fernández, José M.; Garijo, Daniel; Grüning, Björn; La Rosa, Marco; Leo, Simone; Ó Carragáin, Eoghan; Portier, Marc; Trisovic, Ana; Comunidad, RO-Crate; Groth, Paul (20 de julio de 2022). "Embalaje de artefactos de investigación con RO-Crate" . Ciencia de datos . 5 (2): 97– 138. arXiv : 2108.06503 . doi : 10.3233/DS-210053 . ISSN 2451-8484 . 
  7. "Estructura de RO-Crate | Caja de objetos de investigación (RO-Crate)" . www.researchobject.org . Consultado el 15 de diciembre de 2025 .
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