PyMOL

PyMOL es un sistema de visualización molecular de código abierto ^{[ 2 ]} creado por Warren Lyford DeLano . Inicialmente fue comercializado por DeLano Scientific LLC, una empresa privada de software dedicada a crear herramientas útiles que se volvieran universalmente accesibles para las comunidades científicas y educativas. Actualmente es comercializado por Schrödinger, Inc. Como la licencia de software original era permisiva , pudieron eliminarla; las nuevas versiones ya no se publican bajo la licencia de Python , sino bajo una licencia personalizada (que otorga amplios derechos de uso, redistribución y modificación, pero asigna los derechos de autor de cualquier versión a Schrödinger, LLC.) ^{[ 2 ]} y parte del código fuente ya no se publica. ^{[ 3 ]} PyMOL puede producir imágenes 3D de alta calidad de moléculas pequeñas y macromoléculas biológicas , como proteínas . PyMOL es ampliamente utilizado.

PyMOL es una de las pocas herramientas de visualización de modelos, en su mayoría de código abierto, disponibles para su uso en biología estructural . La parte "Py" del nombre del software hace referencia a que el programa fue escrito en el lenguaje de programación Python .

PyMOL utiliza OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) y FreeGLUT , y puede resolver ecuaciones de Poisson-Boltzmann utilizando el Adaptive Poisson Boltzmann Solver. ^{[ 4 ]} PyMOL utilizaba Tk para los widgets de la GUI y tenía binarios nativos de Aqua para macOS a través de Schrödinger , que fueron reemplazados por una interfaz de usuario PyQt en todas las plataformas con el lanzamiento de la versión 2.0. ^{[ 5 ]}

Las primeras versiones de PyMol se publicaron bajo la licencia de Python . El 1 de agosto de 2006, DeLano Scientific adoptó un sistema de descarga de acceso controlado para las compilaciones precompiladas de PyMOL (incluidas las betas) distribuidas por la empresa. El acceso a estos ejecutables ahora está limitado a usuarios registrados que son clientes de pago; las compilaciones educativas están disponibles gratuitamente para estudiantes y profesores. Sin embargo, la mayor parte del código fuente actual sigue estando disponible gratuitamente, al igual que las compilaciones precompiladas más antiguas. Si bien los sistemas de compilación para otras plataformas son abiertos, el sistema de compilación de la API de Windows (WinAPI, Win32) no lo es, aunque hay binarios no oficiales de Windows disponibles en línea. ^{[ 6 ]} Cualquiera puede compilar un ejecutable a partir del código fuente con licencia de Python o pagar una suscripción a los servicios de soporte para obtener acceso a los ejecutables precompilados.

El 8 de enero de 2010, Schrödinger, Inc. llegó a un acuerdo para adquirir PyMOL. La empresa asumió el desarrollo, el mantenimiento, el soporte y las ventas de PyMOL, incluidas todas las suscripciones vigentes en ese momento. También continúan brindando soporte activo a la comunidad de código abierto de PyMOL. En 2017, Schrödinger renovó el sistema de distribución para unificar la interfaz de usuario bajo Qt y la gestión de paquetes bajo Anaconda , y lo lanzó como PyMol v2. ^{[ 5 ]} Esta versión restringe algunas funcionalidades nuevas y agrega una marca de agua a la visualización si se usa sin licencia más allá del período de prueba de 30 días; la política de licencia general es similar al sistema DeLano. El código fuente permanece disponible en su mayor parte, esta vez bajo una licencia tipo BSD. ^{[ 7 ]} Al igual que con la distribución anterior, hay binarios no oficiales para Windows en formato wheel disponibles, ^{[ 6 ]} y de hecho las distribuciones de Linux continúan proporcionando sus propias compilaciones del código de código abierto.

PyMOL aplica el coloreado de bolas por elemento.

• Ejemplo de algunas características de edición molecular de PyMOL: rotación de enlaces diedros y relajación molecular interactiva con el modo de esculpido . Estas son características útiles para preparar la geometría de entrada para el software de química cuántica.
• 
  La misma estructura proteica ( proteasa TEV - PDB : 1LVB ) representada en diferentes modos. Dibujo animado estándar, superficie, sección transversal de la superficie, barriles resaltados, estilo ' QuteMol ', estilo ' Goodsell ', superficie brillante y masilla con factor b .

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• Quimera de la UCSF
• Lista de paquetes de software libre y de código abierto

• Sitio web oficial
• Wiki de PyMOL
• Espejo de la wiki de PyMOL de solo lectura
• Schrödinger LLC
• Creación de películas moleculares con PyMOL
• PyMOL en Flathub