Articulo de referencia

David Goodsell

David S. Goodsell es profesor asociado en el Scripps Research Institute [1] y profesor de investigación en la Universidad Rutgers, Nueva Jersey [2] (nombramiento conjunto). Es e...

David S. Goodsell es profesor asociado en el Scripps Research Institute [1] y profesor de investigación en la Universidad Rutgers, Nueva Jersey [2] (nombramiento conjunto). Es especialmente conocido por sus acuarelas de interiores celulares. [3] [4]

David S. Goodsell en el stand del banco de datos de proteínas del RCSB en 2013

Educación

David Goodsell estudió una licenciatura en biología y química en la Universidad de California en Irvine . [1] Después de esto, realizó un doctorado en cristalografía de rayos X del ADN en la Universidad de California en Los Ángeles , que completó en 1987. [1] [5]

Investigación

Desde que completó su doctorado ha trabajado como biólogo estructural en el Scripps Research Institute (con un período de 2 años en la Universidad de California en 1992-94). [1] Sus temas de investigación han incluido el uso de la biología estructural y las simulaciones de dinámica molecular para investigar la simetría en oligómeros de proteínas , interacciones proteína-proteína y para el diseño de fármacos asistido por computadora . En particular, es un desarrollador de AutoDock , el programa más utilizado para el acoplamiento molecular . [6] Sus principales áreas de investigación son la resistencia a los fármacos contra el VIH y la estructura y función de las células bacterianas . [7]

Ilustración

Goodsell ha desarrollado un estilo propio de dibujo científico. Comenzó a pintar en su infancia, pero no estudió arte en la universidad. [8] En la escuela de posgrado, Goodsell se interesó en la ilustración científica mientras escribía programas de gráficos moleculares para visualizar las estructuras de proteínas y ADN . [8]

El estilo característico de Goodsell utiliza sombreados generalmente muy planos, con esquemas de colores fuertes y simples . [9] Como es típico en la ilustración médica, las imágenes son representaciones simplificadas del sujeto que aún conservan la precisión de las características importantes. [10] [11] Sus ilustraciones se dividen en dos categorías generales: proteínas individuales y panoramas celulares.

Sus imágenes de proteínas individuales son típicamente representaciones de proteínas generadas por computadora, con sombreado de celdas que llenan el espacio, a menudo con cortes para mostrar los sitios de unión internos y los cofactores . Por el contrario, sus ilustraciones de interiores celulares (a veces llamados paisajes moleculares) están pintadas a mano con acuarelas. [12] Por lo general, son cortes a través de una célula con estructuras proteínicas altamente simplificadas en un estilo plano para capturar la organización general sin detalles abrumadores. [13] Estos interiores celulares a menudo se muestran con un aumento efectivo de 1,000,000x para lograr coherencia. [14] [15] Por lo tanto, las pinturas comparten un estilo consistente, con el objetivo de hacer que la interpretación sea fácil y lo más intuitiva posible. [16]

Sus ilustraciones se publican en la serie "Molécula del mes" del Protein Data Bank (PDB), un archivo de estructuras de proteínas . [8] Sus ilustraciones se utilizan como herramientas de enseñanza, [17] en libros de texto, en publicaciones científicas, [10] y como portada de revistas. [18]

Proceso

Para las proteínas individuales, las ilustraciones de Goodsell se generan directamente a partir de estructuras proteicas resueltas depositadas en el PDB utilizando representaciones informáticas personalizadas que escribió en Fortran (ahora publicadas como una herramienta de ilustración en línea). [19]

Las representaciones de grandes complejos macromoleculares o entornos celulares abarrotados requieren la interpretación y síntesis de múltiples tipos diferentes de imágenes científicas. [20] Estas incluyen la cristalografía de rayos X y la RMN para los componentes proteicos, la criotomografía electrónica para complejos más grandes y la microscopía óptica de superresolución y la microscopía electrónica para el entorno celular. [5] [21] En estos casos, el enfoque está en representar las escalas relativas, las orientaciones y las interacciones entre los componentes. [10]

Premios y reconocimientos

En 2022, Goodsell recibió el premio Carl Brändén. [22] El premio honra a un científico de proteínas destacado que también ha realizado contribuciones excepcionales en las áreas de educación y/o servicio.

Bibliografía

Además de artículos científicos, Goodsell es autor de varios libros científicos centrados en la ilustración: [10] [23]

  • Evidencia atómica: viendo la base molecular de la vida (Springer International, 2016)
  • Bionanotecnología: lecciones de la naturaleza (J. Wiley and Sons, 2004)
  • Nuestra naturaleza molecular: los motores, las máquinas y los mensajes del cuerpo (Springer-Verlag, 1996)
  • La maquinaria de la vida (Springer-Verlag, 1993).

Referencias

  1. ^ abcd "CV de Goodsell, David". vivo.scripps.edu . Consultado el 11 de julio de 2019 .
  2. ^ "Perfil: David Goodsell". researchwithrutgers.com . Universidad Rutgers . Consultado el 13 de julio de 2019 .
  3. ^ Cohen, Jon (11 de abril de 2019). «Conoce al pintor científico que convierte virus mortales en hermosas obras de arte». Science . doi : 10.1126/science.aax6641 .
  4. ^ ab Taylor, Michelle (17 de junio de 2019). «La intersección del arte y la ciencia». Equipo de laboratorio . Archivado desde el original el 18 de junio de 2019. Consultado el 11 de julio de 2019 .
  5. ^ Sousa, Sergio Filipe; Fernández, Pedro Alexandrino; Ramos, María João (2006). "Acoplamiento proteína-ligando: estado actual y desafíos futuros". Proteínas: estructura, función y bioinformática . 65 (1): 15-26. doi :10.1002/prot.21082. ISSN  1097-0134. PMID  16862531. S2CID  21569704.
  6. ^ Goodsell, David. "Goodsell Home Page: Science". scripps.edu . Consultado el 20 de julio de 2019 .
  7. ^ abc Miller, Mary K. "Entrevista con David Goodsell". exploratorium.edu . Exploratorium Magazine . Consultado el 3 de abril de 2015 .
  8. ^ Zackowitz, Maggie (28 de mayo de 2016). "Es el virus del Zika en acción, dibujado por un artista científico". NPR.org .
  9. ^ abcd Cohen, Jon (11 de abril de 2019). "Conoce al pintor científico que convierte virus mortales en hermosas obras de arte". Ciencia .
  10. ^ Goodsell, David S.; Franzen, Margaret A.; Herman, Tim (19 de octubre de 2018). "De los átomos a las células: uso de paisajes de mesoescala para construir narrativas visuales". Revista de biología molecular . 430 (21): 3954–3968. doi :10.1016/j.jmb.2018.06.009. ISSN  0022-2836. PMC 6186495 . PMID  29885327. 
  11. ^ Fessenden, Marissa (21 de junio de 2016). "Esta pintura muestra cómo podría verse una célula cuando el virus del Zika infecta". Smithsonian . Consultado el 11 de julio de 2019 .
  12. ^ Augenbraun, Eliene (22 de marzo de 2016). "Cómo convertir un virus asesino en arte premiado [vídeo]". Blog de Scientific American .
  13. ^ Shikov, Sergei (2011). "David Goodsell: El maestro del arte molecular". www.asbmb.org . Sociedad Estadounidense de Bioquímica y Biología Molecular en la actualidad.
  14. ^ Goodsell, David (26 de febrero de 2016). "Paisajes celulares en acuarela". Revista de biocomunicación . 40 (1): e6. doi : 10.5210/jbc.v40i1.6627 . ISSN  0094-2499. PMC 9138463 . PMID  36407827. 
  15. ^ Goodsell, David S. (2011). "Panorama de las células eucariotas". Educación en bioquímica y biología molecular . 39 (2): 91–101. doi : 10.1002/bmb.20494 . ISSN:  1539-3429. PMID:  21445900. S2CID  : 37998506.
  16. ^ Goodsell, David S.; Franzen, Margaret A.; Herman, Tim (19 de octubre de 2018). "De los átomos a las células: uso de paisajes de mesoescala para construir narrativas visuales". Revista de biología molecular . 430 (21): 3954–3968. doi :10.1016/j.jmb.2018.06.009. ISSN  0022-2836. PMC 6186495 . PMID  29885327. 
  17. ^ Söderqvist, Thomas (2010). "Punto de venta: David Goodsell". Nature Medicine . 16 (9): 943. doi : 10.1038/nm0910-943 . ISSN  1078-8956. PMID  20823862. S2CID  2731570.
  18. ^ "Ilustración biomolecular no fotorrealista". ccsb.scripps.edu . Consultado el 20 de julio de 2019 .
  19. ^ Calderwood, Kathleen (8 de julio de 2016). "Encontrar belleza en los virus mortales". ABC Radio National . Consultado el 11 de julio de 2019 .
  20. ^ Lally, Robin (24 de febrero de 2011). "El arte de la ciencia". Rutgers Today .
  21. ^ "Divulgación y educación". cdn.rcsb.org . Consultado el 8 de enero de 2024 .
  22. ^ "Autor: David Goodsell". americanscientist.org . 2011-06-12. Archivado desde el original el 2011-06-12 . Consultado el 2019-07-11 .
  • Molécula del mes
  • Herramienta web para Illustrator de MotM
  • David Goodsell en Twitter
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