PhyloCode

El Código Internacional de Nomenclatura Filogenética , conocido como PhyloCode , es un conjunto formal de reglas que rigen la nomenclatura filogenética . Está diseñado específicamente para regular la denominación de los clados , dejando la regulación de los nombres de las especies a los códigos de nomenclatura basados ​​en rangos ( ICN , ICNCP , ICNP , ICZN , ICVCN ).

El PhyloCode está asociado con la Sociedad Internacional de Nomenclatura Filogenética (ISPN). ^{[ 1 ]} El volumen complementario, Phylonyms , se publicó en 2020, estableciendo los primeros 300 nombres de clados bajo el PhyloCode . ^{[ 2 ]} RegNum es una base de datos en línea asociada para nombres de clados registrados. ^{[ 3 ]}

El PhyloCode regula la nomenclatura filogenética al proporcionar reglas para decidir qué asociaciones de nombres y definiciones se consideran establecidas, ^{[ 4 ]} cuáles de ellas se considerarán homónimos ^{[ 5 ]} o sinónimos, ^{[ 6 ]} y cuál de un conjunto de sinónimos u homónimos se considerará aceptado (generalmente el que se registra primero; véase más adelante). El PhyloCode solo rige la denominación de clados , ^{[ 7 ]} no de grupos parafiléticos o polifiléticos , y solo permite el uso de especímenes , especies y apomorfías como especificadores (anclas). ^{[ 8 ]}

A diferencia de los códigos nomenclaturales basados ​​en rangos ( ICN , ICZN , ICNB ), el PhyloCode no requiere el uso de rangos , aunque permite su uso de forma opcional. ^{[ 9 ] [ 10 ]} Los códigos basados ​​en rangos definen los taxones utilizando un rango (como género , familia , etc.) y, en muchos casos, un espécimen tipo o subtaxón tipo . El contenido exacto de un taxón, aparte del tipo, no está especificado por los códigos basados ​​en rangos.

En cambio, en la nomenclatura filogenética, el contenido de los taxones se delimita mediante una definición basada en la filogenia (es decir, ascendencia y descendencia) y utiliza especificadores (p. ej., especies, especímenes, apomorfías) para indicar organismos reales . La fórmula de la definición indica un ancestro. El taxón definido, entonces, es ese ancestro y todos sus descendientes. Por lo tanto, el contenido de un taxón definido filogenéticamente se basa en una hipótesis filogenética.

Los siguientes son ejemplos de tipos de definición filogenética (las letras mayúsculas indican especificadores): ^{[ 11 ]}

• Definición de clado mínimo (anteriormente basada en nodos ): "el clado que se origina con el ancestro común más reciente de A y B" o "el clado más pequeño que contiene a A y B".
• Definición de clado máximo (anteriormente basada en ramas o en el tronco ): "el clado que consiste en A y todos los organismos o especies que comparten un ancestro común más reciente con A que con Z" o "el clado que se origina en el ancestro más antiguo de A que no es un ancestro de Z" o "el clado más grande que contiene A pero no Z".
• Definición basada en apomorfías : "el clado originado en el ancestro en el que se originó la apomorfía M, heredada por A", o "el clado para el cual M, heredada por A, es una apomorfía", o "el clado caracterizado por la apomorfía M heredada por A".

También son posibles otros tipos de definición, teniendo en cuenta no solo las relaciones filogenéticas y las apomorfías de los organismos, sino también si existen o no organismos relacionados .

La siguiente tabla ofrece ejemplos de definiciones filogenéticas de clados que también tienen rangos en la nomenclatura tradicional. Cuando todos los especificadores en una definición basada en nodos son especímenes o especies existentes, como en la siguiente definición de Mammalia, se define un grupo corona . (La definición tradicional de Mammalia es menos restrictiva, ya que incluye algunos grupos fósiles fuera del grupo corona). ^{[ 12 ]}

PhyloCode ha pasado por varias revisiones. A partir de noviembre de 2023 La versión actual es la 6, publicada en el sitio web el 8 de junio de 2020.

Al igual que otros códigos de nomenclatura, las reglas del PhyloCode están organizadas en artículos, que a su vez se organizan en capítulos. Cada artículo puede incluir notas, ejemplos y recomendaciones.

El PhyloCode está asociado con una base de datos de registro , llamada RegNum , que almacena todos los nombres y definiciones de clados que se consideran aceptables. ^{[ 13 ]}

(Resumen del prefacio del PhyloCode . ^{[ 14 ]} )

El PhyloCode surgió de un taller celebrado en la Universidad de Harvard en agosto de 1998, donde se definieron su alcance y contenido. Muchos de los participantes del taller, junto con otras personas que posteriormente se unieron al proyecto, conformaron un grupo asesor. En abril de 2000, se publicó un borrador en internet y se solicitaron comentarios de la comunidad científica.

En julio de 2002 se celebró un segundo taller en la Universidad de Yale , en el que se introdujeron algunas modificaciones en las normas y recomendaciones del PhyloCode . Asimismo, se han realizado otras revisiones periódicamente.

La Primera Reunión Internacional de Nomenclatura Filogenética, que tuvo lugar del 6 al 9 de julio de 2004 en París , Francia , contó con la asistencia de aproximadamente 70 biólogos sistemáticos y evolutivos de 11 países. ^{[ 15 ]} Esta fue la primera conferencia abierta de varios días centrada exclusivamente en la nomenclatura filogenética , y sirvió de plataforma para la inauguración de una nueva asociación, la Sociedad Internacional de Nomenclatura Filogenética (ISPN). Los miembros de la ISPN eligen al Comité de Nomenclatura Filogenética (CPN), que ha asumido el papel del grupo asesor que supervisó las primeras etapas del desarrollo del PhyloCode.

La Segunda Reunión Internacional de Nomenclatura Filogenética tuvo lugar del 28 de junio de 2006 al 2 de julio de 2006 en la Universidad de Yale ( New Haven , Connecticut , EE. UU.). ^{[ 16 ]}

La Tercera Reunión Internacional de Nomenclatura Filogenética tuvo lugar del 21 al 22 de julio de 2008 en la Universidad de Dalhousie ( Halifax , Nueva Escocia , Canadá). ^{[ 17 ]}

El PhyloCode entró en vigor con la publicación del volumen complementario, Phylonyms , en 2020. ^{[ 18 ]}

El PhyloCode es controvertido y ha inspirado críticas considerables por parte de algunos taxónomos. ^{[ 30 ]} Aunque se inauguró hace décadas, el número de partidarios de la adopción generalizada del PhyloCode sigue siendo pequeño, y la publicación de literatura sobre el PhyloCode se estancó a mediados de la década de 2010, ^{[ 31 ]} antes de acelerarse tras la publicación de Phylonyms en 2020 y el lanzamiento del Bulletin of Phylogenetic Nomenclature , que es una revista dedicada a la publicación de actos nomenclaturales (especialmente la definición de nombres de taxones) válidos bajo el PhyloCode . ^{[ 32 ] [ 33 ]} Para ser válidos bajo el PhyloCode , los nombres de taxones y las definiciones asociadas deben estar registrados en la base de datos RegNum .

En el sitio web de la ISPN se puede encontrar una lista de las críticas publicadas sobre el PhyloCode , así como una lista de las refutaciones.

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• El PhyloCode (borrador actual)
• Sociedad Internacional de Nomenclatura Filogenética
• Foro de debate de la Sociedad Internacional de Nomenclatura Filogenética
• Literatura sobre nomenclatura filogenética
• RegNum , el repositorio oficial de nombres de clados filogenéticos generados según las reglas del PhyloCode.
• Christine Soares, ¿Qué hay en un nombre?, Scientific American , ( noviembre de 2004).
• Debate sobre PhyloCode
• ¿Y si decidiéramos cambiar el nombre de todos los seres vivos de la Tierra? , Discovery Magazine , (28/04/2005)