Articulo de referencia

POTEB

La proteína POTEB, miembro B de la familia de dominios de anquirina, es una proteína humana codificada por el gen POTEB . [ 3 ] ( Prostate , Ovary , Testes Expressed ankyrin dom...

La proteína POTEB, miembro B de la familia de dominios de anquirina, es una proteína humana codificada por el gen POTEB . [ 3 ] ( Prostate , Ovary , Testes Expressed ankyrin domain family member B). Probablemente participa en la mediación de la interacción proteína-proteína a través de sus 5 dominios de anquirina. [ 4 ] Es muy probable que POTEB ayude en la señalización intracelular , pero no es probable que sea una proteína secretada o nuclear. [ 4 ] Es probable que la función de POTEB esté regulada a través de 17 posibles sitios de fosforilación . [ 5 ] Actualmente no hay evidencia que sugiera que POTEB tenga señales de localización nuclear . [ 6 ]

Gene

El gen POTEB se localiza en 15q11.2 del cromosoma 15 en humanos y se transcribe a partir de la cadena inversa del ADN. También se le conoce como POTEB3 y POTE15. [ 7 ] El gen POTEB tiene una longitud de 47.547 pares de bases y está compuesto por 11 exones . [ 7 ]

Ubicación de POTEB
Diagrama esquemático del cromosoma 15 en humanos, que muestra la ubicación del gen POTEB (línea roja).

ARNm

El gen POTEB puede transcribirse para crear cuatro ARNm potenciales . Sin embargo, solo uno de estos ARNm, que posee los 11 exones , es capaz de traducirse a la proteína POTEB. [ 8 ] Los otros tres transcritos no codifican proteínas.

exones de POTEB
Los 4 posibles ARNm obtenidos del gen POTEB. Solo POTEB-001, que contiene 11 exones, codifica la proteína POTEB completa.

Proteína

La proteína POTEB está compuesta por 544 aminoácidos y, según análisis bioinformáticos , tiene un peso molecular de 61,7 kDa. Su punto isoeléctrico es de 5,68. [ 9 ] Sus aminoácidos más comunes son la leucina y el ácido glutámico , que representan el 11 % y el 10,3 % de la proteína, respectivamente. [ 9 ] Sin embargo, esto es normal en las proteínas humanas. Es muy probable que POTEB sea una proteína citoplasmática [ 10 ] fosforilada en 17 serinas , treoninas y tirosinas distribuidas a lo largo de la proteína, [ 5 ] pero concentrada en el extremo C-terminal. Su estructura secundaria consiste principalmente en cinco dominios de repetición de anquirina helicoidales, que contienen el motivo TALHL. También hay un sitio de miristoilación en la proteína, cerca del extremo N-terminal. [ 11 ]

Esquema de POTEB
Diagrama esquemático que muestra los dominios importantes y las modificaciones postraduccionales de POTEB.

Expresión

POTEB se expresa en niveles elevados en la próstata, el ovario y los testículos humanos. Sin embargo, también hay evidencia que muestra que se expresa en niveles bajos en células madre embrionarias , la región nasofaríngea y el tejido mamario. [ 12 ] [ 13 ] En las células madre embrionarias, es probable que la diferenciación desactive la expresión de POTEB, mientras que en el cáncer de mama, se ha observado que las células triple negativas no presentan expresión de POTEB, lo que sugiere un papel en las vías activadas por el cáncer. [ 13 ]

Expresión de POTEB en el cáncer de mama
Este gráfico compara la expresión de POTEB en diferentes tipos de tejido de cáncer de mama.

Algunos estudios han utilizado sondas POTEB para estudiar la expresión de POTEB en el cerebro humano. Sin embargo, la única región con una expresión notable de POTEB es la corteza cerebelosa , responsable de la función motora y algunas funciones cognitivas. [ 14 ]

Esta imagen muestra la expresión de POTEB en el cerebro humano, alrededor de la región de la corteza cerebelosa.

Regulación de la expresión

Es probable que la expresión de POTEB esté regulada por factores de unión a la caja E y factores de transcripción tipo Krueppel , junto con factores de transcripción del factor nuclear kappa B ( NF-κB ). [ 15 ]

La expresión de POTEB podría estar regulada por la unión de factores de transcripción al intrón 1 del pre-ARNm, lo que daría lugar a la producción de un ARNm truncado que no se traduce. Alternativamente, la expresión de POTEB podría estar regulada negativamente por la formación de bucles de tallo cerca del codón de inicio. [ 16 ] No se conocen sitios de ubiquitinación en POTEB que puedan contribuir a regular su función y estabilidad.

Esta imagen muestra una de las estructuras de bucle de tallo predichas en el ARNm de POTEB. Estructuras como esta podrían influir en si los ribosomas tienen acceso o no a la secuencia de ARNm de POTEB, lo que a su vez afectaría la expresión de la proteína POTEB.

Función

Es muy probable que POTEB participe en la mediación de la interacción proteína-proteína a través de sus 5 dominios de anquirina. [ 4 ] Es muy probable que POTEB ayude en la señalización intracelular , pero es improbable que sea una proteína secretada o nuclear [ 4 ] ya que es improbable que contenga señales de localización nuclear. [ 6 ] Es probable que la función de POTEB esté regulada a través de 17 posibles sitios de fosforilación [ 5 ] que determinan cómo los dominios de anquirina interactúan con otras proteínas. [ 17 ]

Interacciones proteína-proteína

No se han publicado estudios que confirmen la interacción de POTEB con otras proteínas humanas. Sin embargo, existen datos no publicados que sugieren una interacción entre POTEB y las glicoproteínas alfa-1-B , los factores de complementación APOBEC1 y la alfa-2-macroglobulina . [ 18 ] Estos datos se basan en espectrometría de masas con captura de afinidad .

Importancia clínica

La expresión de POTEB es baja o está completamente reducida en las células de cáncer de mama triple negativo en comparación con otros tipos de células de cáncer de mama. [ 13 ] Esto sugiere la participación de POTEB en vías de señalización intracelular que suprimen el cáncer, o en vías que regulan el crecimiento y la división normales de las células.

Homología

Parálogos

POTEB tiene 8 parálogos predichos (según la secuencia de proteínas) en humanos, y la mayoría de ellos se encuentran en diferentes cromosomas humanos. [ 19 ] [ 20 ] Se especula que este gran número de parálogos surgió de múltiples eventos de duplicación . [ 10 ]

Ortólogos

Se han encontrado ortólogos de POTEB en mamíferos , aves , reptiles , anfibios , peces e incluso en invertebrados como anémonas de mar y gusanos poliquetos marinos . [ 19 ] Estos ortólogos comparten una similitud con POTEB debido principalmente a la presencia de repeticiones de anquirina, lo que sugiere que las proteínas que contienen dominios de anquirina se han conservado durante millones de años. No se han encontrado ortólogos de POTEB en plantas, eucariotas unicelulares, bacterias ni arqueas. [ 19 ]

Tabla de ortólogos de POTEB
Ortólogos de POTEB en diferentes organismos, encontrados mediante búsquedas BLAST en NCBI. No se encontraron ortólogos de POTEB en plantas, eucariotas unicelulares, arqueas ni bacterias. El tiempo transcurrido desde la divergencia se obtuvo mediante Timetree. [ 21 ]

Referencias

  1. 1 2 3 ENSG00000288347 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000233917, ENSG00000288347 Ensembl , mayo de 2017
  2. "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  3. "Entrez Gene: POTE familia de dominios de anquirina, miembro B" . Consultado el 26 de noviembre de 2012 .
  4. 1 2 3 4 Mosavi LK, Cammett TJ, Desrosiers DC, Peng ZY (junio de 2004). "La repetición de anquirina como arquitectura molecular para el reconocimiento de proteínas" . Protein Science . 13 (6): 1435– 48. doi : 10.1110/ps.03554604 . PMC 2279977. PMID 15152081 .  
  5. 1 2 3 "Servidor NetPhos 3.1" . www.cbs.dtu.dk. Consultado el 6 de mayo de 2017 .
  6. 1 2 "Servidor SignalP 4.1" . www.cbs.dtu.dk. Consultado el 6 de mayo de 2017 .
  7. 1 2 Base de datos, GeneCards Human Gene. "Gen POTEB - GeneCards | Proteína POTEB | Anticuerpo POTEB" . www.genecards.org . Consultado el 6 de mayo de 2017 .
  8. "Cromosoma 15: 21.846.329-21.877.703 - Región en detalle - Homo sapiens - Navegador del genoma Ensembl 88" . useast.ensembl.org . Consultado el 6 de mayo de 2017 .
  9. 1 2 Banco de trabajo, Biología NCSA. "Banco de trabajo de biología SDSC" . workbench.sdsc.edu . Consultado el 6 de mayo de 2017 .
  10. 1 2 Hahn Y, Bera TK, Pastan IH, Lee B (febrero de 2006). "La duplicación y la remodelación extensa dieron forma a los genes de la familia POTE que codifican proteínas que contienen repeticiones de anquirina y dominios de hélice enrollada". Gene . 366 (2): 238– 45. doi : 10.1016/j.gene.2005.07.045 . PMID 16364570 . 
  11. "ExPASy - Herramienta de miristoilación" . web.expasy.org . Consultado el 7 de mayo de 2017 .
  12. Bera TK, Saint Fleur A, Ha D, Yamada M, Lee Y, Lee B, Hahn Y, Kaufman DS, Pera M, Pastan I (abril de 2008). "Los parálogos selectivos de POTE en el cromosoma 2 se expresan en células madre embrionarias humanas" . Stem Cells and Development . 17 (2): 325–32 . doi : 10.1089/scd.2007.0079 . PMC 7233169. PMID 18447647 .  
  13. 1 2 3 "Visor de acceso GEO" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 6 de mayo de 2017 .
  14. Wolf U, Rapoport MJ, Schweizer TA (1 de julio de 2009). "Evaluación del componente afectivo del síndrome cognitivo-afectivo cerebeloso". The Journal of Neuropsychiatry and Clinical Neurosciences . 21 (3): 245– 53. doi : 10.1176/jnp.2009.21.3.245 . PMID 19776302 . 
  15. "Genomatix - Análisis de datos NGS y medicina personalizada" . www.genomatix.de . Archivado del original el 24 de febrero de 2001. Consultado el 6 de mayo de 2017 .
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  17. Nelson WJ, Veshnock PJ (1987-08-06). "Unión de anquirina a la (Na+ + K+)ATPasa e implicaciones para la organización de dominios de membrana en células polarizadas". Nature . 328 (6130): 533– 6. Bibcode : 1987Natur.328..533N . doi : 10.1038/328533a0 . PMID 3039371 . 
  18. Laboratorio de Mike Tyers. "La red BioPlex de interacciones de proteínas humanas: resultados adicionales no publicados de AP-MS | BioGRID" . thebiogrid.org . Consultado el 7 de mayo de 2017 .
  19. 1 2 3 "Protein BLAST: búsqueda en bases de datos de proteínas mediante una consulta de proteínas" . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 7 de mayo de 2017 .
  20. Bera TK, Huynh N, Maeda H, Sathyanarayana BK, Lee B, Pastan I (agosto de 2004). "Cinco parálogos de POTE y sus variantes de empalme se expresan en la próstata humana y codifican proteínas de diferentes longitudes" . Gene . 337 : 45–53 . doi : 10.1016/j.gene.2004.05.009 . PMID 15276201 . 
  21. "TimeTree :: La escala temporal de la vida" . www.timetree.org . Consultado el 7 de mayo de 2017 . 

Lecturas adicionales