Electroforesis en gel de campo pulsado

La electroforesis en gel de campo pulsado ( PFGE ) es una técnica utilizada para la separación de moléculas de ADN grandes mediante la aplicación de un campo eléctrico que cambia periódicamente de dirección a una matriz de gel . ^{[ 1 ] [ 2 ]} El mecanismo que impulsa estas separaciones aprovecha el hecho de que las moléculas de ADN muy grandes se desenrollan y "serpentean" a través de una matriz de gel, y dichas trayectorias electroforéticas se ven perturbadas de manera dependiente del tamaño por pulsos eléctricos cuidadosamente orientados. ^{[ 3 ]} A diferencia de la electroforesis en gel de agarosa estándar , que puede separar fragmentos de ADN de hasta 50 kb, la PFGE resuelve fragmentos de hasta 10 Mb. ^{[ 1 ]} Esto permite el análisis directo del ADN genómico. ^{[ 2 ]}

En 1984, David C. Schwartz y Charles Cantor publicaron la primera aplicación exitosa de campos eléctricos alternos para la separación de moléculas grandes de ADN. ^{[ 4 ] [ 5 ]} Esta técnica, que denominaron PFGE, dio lugar al desarrollo de varias variantes, entre ellas la electroforesis en gel de campo alterno ortogonal (OFAGE), la electroforesis en gel de campo alterno transversal (TAFE), la electroforesis en gel de inversión de campo (FIGE) y los campos eléctricos homogéneos fijos (CHEF), entre otras. ^{[ 4 ]}

El procedimiento para PFGE es similar al de la electroforesis estándar en gel de agarosa , con la principal excepción de la aplicación de la corriente eléctrica. Generalmente, en las cámaras de electroforesis PFGE, el voltaje cambia periódicamente entre tres direcciones: una a lo largo del eje central y dos a un ángulo de 60 grados a lo largo de cada lado. ^{[ 6 ]} La aplicación del voltaje puede variar según la variante de PFGE utilizada. ^{[ 7 ] [ 8 ]}

La PFGE puede utilizarse para la genotipificación o la huella genética . Durante varias décadas, se ha considerado un método de referencia en estudios epidemiológicos de organismos patógenos. Por ejemplo, la subtipificación de aislados bacterianos con este método ha facilitado la discriminación entre cepas de Lactococcus garvieae ^{[ 9 ]} y algunos aislados clínicos del grupo Bacillus cereus ^{[ 10 ]} procedentes de organismos acuáticos. También puede utilizarse para vincular aislados ambientales o alimentarios, como Listeria monocytogenes , con infecciones clínicas. ^{[ 11 ] [ 12 ]} Actualmente, está siendo reemplazada por métodos de secuenciación de nueva generación. ^{[ 13 ]}

• electroforesis en gel
• frictiforesis no lineal

• Método de campo pulsado
• Matemáticas Aplicadas, BioNumérica, Tipificación PFGE