Hispanopedia WikiBioNumerics es una aplicación de software de escritorio para bioinformática que gestiona datos microbiológicos . Está desarrollada por Applied Maths NV , una empresa de bioMérieux .
Historia
BioNumerics se lanzó por primera vez en 1998. PulseNet , una red administrada por los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), utiliza BioNumerics para comparar patrones de electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) y secuencias del genoma completo de diferentes cepas bacterianas. [ 1 ] [ 2 ] CaliciNet, una red de vigilancia de brotes de norovirus, es otro ejemplo de una red que utiliza BioNumerics para enviar secuencias de norovirus e información epidemiológica básica a una base de datos central. [ 3 ]
Características
La base de BioNumerics es una base de datos compuesta por entradas. Estas entradas corresponden a los organismos o muestras individuales en estudio y se caracterizan por una clave única y varios campos de información definidos por el usuario. Cada entrada en la base de datos puede estar asociada a uno o más experimentos que se pueden vincular fácilmente a ella. [ 4 ] En BioNumerics, los experimentos se dividen en siete clases: huellas digitales, espectros, caracteres, secuencias, conjuntos de lecturas de secuencias, datos de tendencias y matrices.
Ejemplos de aplicaciones de BioNumerics son la tipificación de secuencias multilocus del genoma completo (wgMLST), los polimorfismos de un solo nucleótido del genoma completo (wgSNP), la comparación de genomas , la identificación basada en espectrometría de masas MALDI-TOF , la tipificación PFGE, la tipificación de polimorfismos de longitud de fragmentos amplificados (AFLP), la tipificación de virus basada en secuencias, la elaboración de perfiles de resistencia a antibióticos y la genotipificación funcional. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]
Referencias
- ↑ Protocolos BioNumerics utilizados por Pulsenet. Archivado el 6 de diciembre de 2011 en Wayback Machine .
- ↑ Hunter SB, Vauterin P, Lambert-Fair MA, Van Duyne MS, Kubota K, Graves L, et al. (marzo de 2005). "Establecimiento de una cepa estándar de tamaño universal para su uso con los protocolos estandarizados de electroforesis en gel de campo pulsado PulseNet: conversión de las bases de datos nacionales al nuevo estándar de tamaño" . Journal of Clinical Microbiology . 43 (3): 1045– 50. doi : 10.1128/JCM.43.3.1045-1050.2005 . PMC 1081233. PMID 15750058 .
- ↑ Vega E, Barclay L, Gregoricus N, Williams K, Lee D, Vinjé J (agosto de 2011). "Nueva red de vigilancia para brotes de gastroenteritis por norovirus, Estados Unidos" . Enfermedades infecciosas emergentes . 17 (8): 1389– 95. doi : 10.3201/eid1708.101837 . PMC 3381557. PMID 21801614 .
- ↑ Vauterin L, Vauterin P. Bases de datos y análisis integrados. En: Identificación molecular, sistemática y estructura poblacional de procariotas (ed. Erko Stackebrandt). Springer, 2006. ISBN 978-3-540-23155-4
- ^ Schouls LM, Spalburg EC, van Luit M, Huijsdens XW, Pluister GN, van Santen-Verheuvel MG, et al. (3 de abril de 2009). "Análisis de repetición en tándem de número variable de locus múltiple de Staphylococcus aureus: comparación con electroforesis en gel de campo pulsado y tipificación spa" . MÁS UNO . 4 (4) e5082. Código Bib : 2009PLoSO...4.5082S . doi : 10.1371/journal.pone.0005082 . PMC 2661140 . PMID 19343175 .
- ↑ "Estudio polifásico de cepas de Lactobacillus del vino: implicaciones taxonómicas" . archive.ph . 14 de julio de 2012. Consultado el 15 de abril de 2021 .
{{cite web}}: CS1 maint: servicio de archivado obsoleto ( enlace ) - ↑ Gröschel MI, Meehan CJ, Barilar I, Diricks M, Gonzaga A, Steglich M, et al. (2020). "El panorama filogenético y la propagación nosocomial de la bacteria oportunista multirresistente Stenotrophomonas maltophilia" . Nature Communications . 11 2044. Bibcode : 2020NatCo..11.2044G . bioRxiv 10.1101/748954 . doi : 10.1038/s41467-020-15123-0 . PMC 7184733. PMID 32341346 .
Enlaces externos
- Sitio web oficial de Matemáticas Aplicadas
- Artículos científicos que utilizan BioNumerics
- Software de bioinformática