Ciencia con cuadernos abiertos

La ciencia de cuaderno abierto es la práctica de hacer público en línea todo el registro primario de un proyecto de investigación a medida que se registra. Esto implica colocar en línea el cuaderno personal, o de laboratorio, del investigador junto con todos los datos brutos y procesados, y cualquier material asociado, a medida que este material se genera. El enfoque puede resumirse con el lema "sin información privilegiada". Es el extremo lógico de los enfoques transparentes de la investigación e incluye explícitamente la disponibilidad de experimentos fallidos, menos significativos y de otro modo no publicados; los llamados "datos oscuros". ^{[ 1 ]} La práctica de la ciencia de cuaderno abierto, aunque no es la norma en la comunidad académica , ha ganado una atención significativa recientemente en los medios de investigación ^{[ 2 ] [ 3 ]} y generales ^{[ 1 ] [ 4 ]} como parte de una tendencia general hacia enfoques más abiertos en la práctica de la investigación y la publicación. Por lo tanto, la ciencia de cuaderno abierto puede describirse como parte de un movimiento de ciencia abierta más amplio que incluye la defensa y la adopción de la publicación de acceso abierto , los datos abiertos , los datos de crowdsourcing y la ciencia ciudadana . Está inspirado en parte por el éxito del software de código abierto ^{[ 5 ]} y se basa en muchas de sus ideas.

El término "ciencia de cuaderno abierto" ^{[ 6 ]} fue utilizado por primera vez en 2006 en una publicación de blog de Jean-Claude Bradley , profesor asociado de química en la Universidad de Drexel en ese momento. Bradley describió la ciencia de cuaderno abierto de la siguiente manera: ^{[ 7 ]}

... existe una URL a un cuaderno de laboratorio que está disponible gratuitamente e indexado en los motores de búsqueda comunes. No tiene por qué parecer un cuaderno de papel, pero es esencial que toda la información disponible para que los investigadores lleguen a sus conclusiones esté igualmente disponible para el resto del mundo.

Un cuaderno de laboratorio público facilita la citación de los casos exactos de experimentos utilizados para respaldar los argumentos en los artículos. Por ejemplo, en un artículo sobre la optimización de una reacción de Ugi , ^{[ 52 ] [ 53 ]} se utilizan tres lotes diferentes de producto en la caracterización y cada espectro hace referencia al experimento específico en el que se utilizó cada lote: EXP099, ^{[ 54 ]} EXP203 ^{[ 55 ]} y EXP206. ^{[ 56 ]} Este trabajo se publicó posteriormente en el Journal of Visualized Experiments , ^{[ 57 ]} lo que demuestra que la integridad de la procedencia de los datos puede mantenerse desde el cuaderno de laboratorio hasta la publicación final en una revista revisada por pares.

Sin más aclaraciones, la Ciencia de Cuaderno Abierto implica que la investigación se publica de forma continua, sin demoras ni filtros injustificados. Esto permite que otros comprendan con exactitud cómo se lleva a cabo la investigación en un campo o grupo de investigación específico. Dicha información podría ser valiosa para colaboradores, estudiantes potenciales o futuros empleadores. Proporcionar acceso a páginas selectivas del cuaderno o establecer un período de embargo sería incompatible con el significado del término "Abierto" en este contexto. A menos que se publiquen correcciones de errores, experimentos fallidos y resultados ambiguos, un observador externo no podrá comprender con exactitud cómo se realiza la ciencia. Términos como Pseudo ^{[ 58 ]} o Parcial ^{[ 40 ]} se han utilizado para calificar el intercambio de información de cuadernos de laboratorio de forma selectiva o con una demora significativa.

Los argumentos en contra de la adopción de la ciencia de cuaderno abierto se dividen principalmente en tres categorías, cuya importancia varía según el campo científico. La principal preocupación, expresada sobre todo por científicos biológicos y médicos, es el robo de datos o la apropiación indebida de ideas. Si bien el grado en que los grupos de investigación roban o adaptan los resultados de otros sigue siendo objeto de debate, es innegable que el temor a no ser los primeros en publicar influye considerablemente en la conducta, especialmente en algunos campos. Esto se relaciona con la importancia que se le da en estos campos a la publicación de artículos revisados ​​por pares como principal indicador del éxito profesional.

El segundo argumento en contra de la ciencia de cuadernos abiertos es que constituye una publicación previa, lo que imposibilita la patentación y dificulta la publicación de los resultados en la literatura tradicional revisada por pares . Con respecto a las patentes, la publicación en la web se clasifica claramente como divulgación . Por lo tanto, si bien puede haber argumentos sobre el valor de las patentes y enfoques que sorteen este problema, es evidente que la ciencia de cuadernos abiertos no es apropiada para la investigación en la que la protección por patente es un resultado esperado y deseado. Con respecto a la publicación en la literatura revisada por pares, el caso es menos claro. La mayoría de las editoriales de revistas científicas aceptan material que se haya presentado previamente en una conferencia o en forma de preimpresión. Aquellas editoriales que aceptan material que se ha publicado previamente en estos formatos generalmente han indicado informalmente que la publicación web de datos, incluida la ciencia de cuadernos abiertos, entra en esta categoría. Los proyectos de cuadernos abiertos se han publicado con éxito en revistas revisadas por pares de alto factor de impacto ^{[ 59 ] [ 60 ]} , pero esto no se ha probado con una amplia gama de editoriales. Es de esperar que aquellas editoriales que excluyen explícitamente estas formas de prepublicación no acepten material previamente divulgado en un cuaderno abierto.

Un tercer argumento en contra de la ciencia de cuadernos abiertos es que menoscaba la independencia de las investigaciones competidoras y, por lo tanto, puede resultar en la falta de una verificación independiente crucial de los resultados. Esto no es lo mismo que el robo de datos, sino la posibilidad, mucho más sutil, de que los datos que coevolucionan se influyan mutuamente. En la ciencia tradicional, las grandes colaboraciones experimentales suelen establecer normas estrictas que impiden la comunicación entre los miembros de colaboraciones competidoras para evitar no solo la fuga de datos, sino también la influencia en la metodología de análisis de los mismos.

El último argumento se relaciona con el problema de la "sobreabundancia de datos". Si el volumen actual de literatura revisada por pares es demasiado grande para que una sola persona lo gestione, ¿cómo se espera que alguien pueda lidiar con la enorme cantidad de material no revisado por pares que podría estar disponible, especialmente cuando parte de él, o quizás la mayor parte, sería de baja calidad? Un argumento relacionado es que "mi cuaderno es demasiado específico" para que le interese a alguien más. La cuestión de cómo descubrir material relevante y de alta calidad es un tema conexo. La curación y validación de la calidad de los datos y la metodología es un asunto serio que, sin duda, tiene relevancia más allá de la ciencia de los cuadernos abiertos, pero que representa un desafío particular en este contexto.

El Open Notebook Science Challenge , ^{[ 61 ]} ahora dirigido a informar mediciones de solubilidad en disolventes no acuosos, ha recibido patrocinio de Submeta , ^{[ 62 ]} Nature ^{[ 63 ]} y Sigma-Aldrich . ^{[ 64 ]} La primera de las diez ganadoras del concurso de diciembre de 2008 fue Jenny Hale. ^{[ 65 ]}

Se pueden usar logotipos en los cuadernos para indicar las condiciones de uso compartido. Los cuadernos completamente abiertos se marcan como "todo el contenido" y con acceso "inmediato". Los cuadernos parcialmente abiertos se pueden marcar como "contenido seleccionado" y/o "con retraso". ^{[ 66 ]}

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