Bucle Omega

El bucle omega ^{[ 1 ] [ 2 ]} es un motivo estructural proteico no regular , que consiste en un bucle de seis o más residuos de aminoácidos y cualquier secuencia de aminoácidos . Su característica definitoria es que los residuos que forman el principio y el final del bucle están muy próximos en el espacio, sin tramos intermedios de motivos estructurales secundarios regulares. Recibe su nombre por su forma, que se asemeja a la letra griega mayúscula Omega (Ω) .

Los bucles omega, al ser unidades estructurales secundarias no regulares y no repetitivas, presentan una variedad de formas tridimensionales. Se analizan las formas de los bucles omega para identificar patrones recurrentes en los ángulos diedros y la forma general del bucle, lo que ayuda a identificar posibles funciones en el plegamiento y la función de las proteínas. ^{[ 3 ] [ 4 ]}

Dado que los bucles casi siempre se encuentran en la superficie de la proteína, a menudo se asume que estas estructuras son flexibles; sin embargo, los distintos bucles omega exhiben rangos de flexibilidad en diferentes escalas de tiempo del movimiento de la proteína y se ha identificado que desempeñan un papel en el plegamiento de algunas proteínas, incluyendo la transcriptasa inversa del VIH-1 ; ^{[ 5 ] [ 6 ]} el citocromo c ; ^{[ 7 ] [ 8 ]} y las nucleasas . ^{[ 9 ] [ 10 ]}

Los bucles omega pueden contribuir a la función de las proteínas . Por ejemplo, los bucles omega pueden ayudar a estabilizar las interacciones entre proteínas y ligandos , como en la enzima triosa fosfato isomerasa , ^{[ 11 ]} y pueden afectar directamente la función de las proteínas en otras enzimas. ^{[ 12 ] [ 13 ]} Un trastorno hereditario de la coagulación es causado por una mutación puntual en un bucle omega de la proteína C. ^{[ 14 ]}

Asimismo, los bucles omega desempeñan un papel interesante en la función de las betalactamasas : las mutaciones en la "región del bucle omega" de una betalactamasa pueden cambiar su función específica y su perfil de sustrato, ^{[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]} quizás debido a un importante papel funcional de la dinámica correlacionada de la región. ^{[ 18 ]}

Los bucles omega han sido reconocidos desde hace tiempo por su importancia en la función y el plegamiento de la proteína citocromo c , contribuyendo tanto con residuos funcionales clave como con importantes propiedades dinámicas. ^{[ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]} Muchos investigadores han estudiado la función y la dinámica de los bucles omega en sistemas proteicos específicos utilizando un enfoque denominado "intercambio de bucles", en el que los bucles se intercambian entre proteínas (generalmente) homólogas . ^{[ 22 ] [ 23 ] [ 24 ]}