ORF7a

ORF7a (también conocido por otros nombres, como coronavirus del SARS X4 , SARS-X4 , ORF7a o U122 ) ^{[ 1 ]} es un gen presente en los coronavirus del género Betacoronavirus . Expresa la proteína NS7A del Betacoronavirus , una proteína transmembrana de tipo I con un dominio proteico similar a la inmunoglobulina . Fue descubierto por primera vez en el SARS-CoV , el virus que causa el síndrome respiratorio agudo grave (SARS). ^{[ 2 ]} El homólogo en el SARS-CoV-2 , el virus que causa la COVID-19 , tiene aproximadamente un 85 % de identidad de secuencia con la proteína del SARS-CoV. ^{[ 3 ]}

Se han descrito varias funciones posibles para la proteína ORF7a. Se cree que su función principal es la inmunomodulación y el antagonismo del interferón . La proteína no es esencial para la replicación viral . ^{[ 1 ]}

La proteína ORF7a es una proteína transmembrana con 121 residuos de aminoácidos en el SARS-CoV-2 ^{[ 5 ]} y 122 en el SARS-CoV ^{[ 2 ]} . Es una proteína transmembrana de tipo I con un péptido señal N-terminal , un ectodominio que tiene un pliegue de inmunoglobulina y una secuencia señal de retención en el retículo endoplasmático C-terminal ^{[ 5 ] [ 6 ] [ 1 ]} . La estructura contiene siete hebras beta que forman dos láminas beta , dispuestas en un sándwich beta ^{[ 2 ]} . La mayoría de las diferencias de secuencia entre el SARS-CoV y el SARS-CoV-2 ocurren en el ectodominio similar a Ig y pueden producir diferencias en las interacciones proteína-proteína ^{[ 5 ]} .

Junto con los genes de otras proteínas accesorias virales , el gen ORF7a se encuentra cerca de los que codifican las proteínas estructurales virales , en el extremo 5' del genoma de ARN del coronavirus. ^{[ 3 ]} ORF7a es un gen superpuesto que se superpone con ORF7b . ^{[ 10 ]} En el SARS-CoV, se ha informado de una localización subcelular en el retículo endoplasmático , el aparato de Golgi y el ERGIC , ^{[ 1 ]} con una localización en el Golgi similar descrita para el SARS-CoV-2. ^{[ 11 ]}

Se cree que ORF8 en SARS-CoV-2, que codifica una proteína con un plegamiento similar al de Ig, puede ser un parálogo de ORF7a que se originó a través de duplicación genética , ^{[ 13 ] [ 14 ]} aunque algunos análisis bioinformáticos sugieren que la similitud puede ser demasiado baja para respaldar la duplicación, que es relativamente poco común en virus. ^{[ 15 ]} Los dominios de inmunoglobulina son poco comunes en coronavirus; aparte del subconjunto de betacoronavirus con ORF8 y ORF7a, solo se ha identificado un pequeño número de alfacoronavirus de murciélago que contienen dominios Ig probables, mientras que están ausentes en gammacoronavirus y deltacoronavirus . ^{[ 16 ] [ 14 ]} Los dominios Ig beta y alfa pueden ser adquisiciones independientes, donde ORF8 y ORF7a pueden haber sido adquiridos de proteínas del huésped. ^{[ 16 ]}

Se han secuenciado muchos genomas de SARS-CoV-2 a lo largo de la pandemia de COVID-19 y se han reportado varias variaciones, incluyendo mutaciones por deleción , ^{[ 17 ]} mutaciones sin sentido (que introducen un codón de parada prematuro y truncan la proteína), ^{[ 18 ]} y al menos una fusión génica . ^{[ 19 ]} Análisis recientes indican que la eliminación repetida de ORF8 en SARS-CoV-2 a través de mutaciones por deleción está impulsada por selección positiva, lo que sugiere una ventaja adaptativa para el virus durante la infección humana. El estudio mostró que las deleciones de ORF8 se asociaron con una enfermedad clínica menos grave. ^{[ 20 ]}