Base de datos de espectros de resonancia magnética nuclear

Una base de datos de espectros de resonancia magnética nuclear es un repositorio electrónico de información sobre espectros de resonancia magnética nuclear (RMN) . Dichos repositorios se pueden descargar como conjuntos de datos independientes o se pueden utilizar en línea. La forma en que se almacenan los datos varía, desde listas de líneas que se pueden mostrar gráficamente hasta datos sin procesar de desintegración por inducción libre (FID). Los datos suelen estar anotados de manera que correlacionen los datos espectrales con la estructura molecular relacionada.

La forma en que se describe la mayoría de los métodos de RMN en los artículos de la literatura. Es común que las bases de datos muestren listas de líneas gráficamente de una manera similar a cómo podrían aparecer los espectros procesados. Sin embargo, estas listas de líneas carecen de división de primer orden y de orden superior, satélites de isótopos de baja abundancia como el carbono o el platino, así como de la información sobre el ancho de línea y otros aspectos informativos de la forma de la línea. La ventaja de una lista de líneas es que requiere una cantidad mínima de memoria.

Una vez que un FID se procesa en un espectro, se puede convertir en una imagen que, por lo general, ocupa menos memoria que el FID. Este método requiere más memoria que una lista de líneas, pero proporciona al usuario considerablemente más información. La imagen procesada tiene menos información que un FID sin procesar, pero también ocupa menos memoria y se muestra fácilmente en navegadores y no requiere software de manejo de datos especializado.

Los datos de desintegración por inducción libre obtenidos al realizar el experimento se almacenan de acuerdo con las preferencias de formato del fabricante del instrumento. Este formato de datos contiene la mayor cantidad de información y requiere el mayor espacio de almacenamiento. Una variedad de programas de software comerciales y gratuitos permiten a los usuarios procesar los datos de desintegración por inducción libre en espectros útiles una vez que se descargan los datos de desintegración por inducción libre.

Algunos métodos de búsqueda en bases de datos están comúnmente disponibles:

• Nombre compuesto: puede incluir nombres oficiales IUPAC y nombres comunes.
• Fórmula molecular: una fórmula exacta o un rango.
• Estructura molecular: este método requiere una interfaz de editor molecular .
• Número de registro: comúnmente el número de registro CAS , pero la mayoría de las bases de datos también tienen su propio esquema de numeración.
• Rango de picos u otras características espectrales: el usuario ingresa numéricamente datos relacionados con un espectro de un compuesto desconocido. Estos datos se utilizan para compuestos que comparten los cambios dentro de restricciones específicas. Esto permite a los usuarios localizar el compuesto exacto o moléculas con grupos funcionales similares.
• Búsqueda de espectros: se utiliza un software para buscar en una base de datos espectros que se asemejen al espectro enviado.

La siguiente es una lista parcial de bases de datos de espectros de resonancia magnética nuclear:

Advanced Chemistry Development (ACD/labs) ^[1] es una empresa de quimioinformática que produce software para su uso en el manejo de datos de RMN y la predicción de espectros de RMN. ACD/Labs ofrece la biblioteca Aldrich como complemento a su software de procesamiento de espectros general y productos de software de RMN especializados. Los predictores de RMN permiten mejorar la predicción de espectros de RMN añadiendo datos a bases de datos de entrenamiento de usuarios. Las bases de datos de contenido utilizadas para entrenar los algoritmos de predicción (HNMR DB, CNMR DB, FNMR DB, NNMR DB y PNMR DB) también incluyen referencias a instrumentos y literatura. Estas bases de datos se pueden comprar o alquilar como bibliotecas a través de contratos individuales o grupales.

Una parte de esta base de datos todavía está disponible en una versión impresa de tres volúmenes de Aldrich . La versión electrónica completa incluye un suplemento de espectros no incluidos en la versión en papel. En total, esta base de datos incluye más de 15.000 compuestos con los espectros asociados de ^1H a 300 MHz y ^13C a 75 MHz . El producto incluye el software necesario para ver y manejar los datos de RMN. Esta base de datos se puede comprar como biblioteca a través de contratos individuales o grupales. Los datos de los espectros parecen estar almacenados como imágenes de datos FID procesados.

El Banco de Datos de Resonancia Magnética Biológica (BioMagResBank o BMRB) está patrocinado por el Departamento de Bioquímica de la Universidad de Wisconsin-Madison ; está dedicado a las proteínas , péptidos , ácidos nucleicos y otras biomoléculas. Almacena una gran variedad de datos de RMN sin procesar.

Wiley ofrece una colección completa de datos espectrales, incluidos sus espectros estándar de Sadtler. Su colección de datos espectrales de RMN se puede buscar o utilizar para crear predicciones; incluye espectros de RMN de CN, RMN de H y RMN de X (RMN de F-19, RMN de P-31, RMN de N-15, etc.). ^[2]

Base de datos desarrollada y mantenida por el editor John Wiley & Sons . Esta base de datos incluía más de 700.000 espectros de RMN, IR y MS; no se incluyen estadísticas específicas de los espectros de RMN. Los datos de RMN incluyen ¹ H, ¹³ C, ¹¹ B, ¹⁵ N, ¹⁷ O, ¹⁹ F, ²⁹ Si y ³¹ P. Los datos se presentaban en forma de listas de líneas mostradas gráficamente. El acceso a la base de datos se podía comprar por partes o alquilar como biblioteca completa a través de contratos individuales o grupales. Estos datos ahora están disponibles a través de Wiley Online Library.

La base de datos química ChemSpider acepta datos de RMN sin procesar enviados por el usuario. Los datos se aceptan en formato JCAMP-DX, que se puede visualizar en línea con la aplicación JSpecView o se pueden descargar para procesar con otros paquetes de software.

La base de datos NMRDShiftDB presenta una lista de líneas de datos mostrada gráficamente. Los datos están alojados por la Universidad de Colonia . El acceso en línea es gratuito y se fomenta la participación de los usuarios. Los datos están disponibles bajo la licencia GNU FDL . Contiene 53972 espectros medidos de, entre otros núcleos, ¹³ C, ¹ H, ¹⁵ N, ¹¹ B, ¹⁹ F, ²⁹ Si y ³¹ P RMN al 4 de marzo de 2021.

Disponible a través de Wiley Online Library ^[3] ( John Wiley & Sons ), SpecInfo en Internet NMR es una colección de aproximadamente 440.000 espectros de RMN (organizados como bases de datos de RMN ^{de 13} C, ¹ H, ¹⁹ F, ³¹ P y ²⁹ Si). Se accede a los datos a través de Internet utilizando una interfaz Java y se almacenan en un servidor desarrollado conjuntamente con BASF . El software incluye generación de informes en PDF, predicción de espectros (entrenada en base de datos y/o basada en algoritmos), dibujo de estructuras, búsqueda de estructuras, búsqueda de espectros, búsqueda de campos de texto y más. El acceso a las bases de datos está disponible para suscriptores ya sea solo como RMN o combinado con datos de espectrometría de masas y FT-IR. Muchos de estos datos también se pusieron a disposición a través de ChemGate, que se describe a continuación. La cobertura se puede verificar libremente en Compound Search. Una colección más pequeña de estos datos aún está disponible a través de STN International .

La base de datos espectral de compuestos orgánicos (SDBS) es desarrollada y mantenida por el Instituto Nacional de Ciencia y Tecnología Industrial Avanzada de Japón . La SDBS incluye 14700 espectros de RMN ^{de 1 H y 13000 espectros de RMN de 13} C, así como datos de FT-IR , Raman , ESR y MS . Los datos se almacenan y se muestran como una imagen de los datos procesados. La anotación se logra mediante una lista de los desplazamientos químicos correlacionados con letras que también se utilizan para etiquetar un dibujo de línea molecular. El acceso a la base de datos está disponible de forma gratuita para uso no comercial. Se solicita a los usuarios que no descarguen más de 50 espectros y/o información de compuestos en un día. Entre 1997 y febrero de 2008, se ha accedido a la base de datos más de 200 millones de veces. Se atribuye la reproducibilidad de los datos de RMN a T. Saito, K. Hayamizu, M. Yanagisawa y O. Yamamoto.

• Base de datos química
• Espectroscopia de RMN

Resonancia magnética nuclear en Curlie