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Articulo de referencia

Base de datos de expresión para el perfilado multiómico

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La base de datos de expresión de perfiles multiómicos ( MOPED ) era un recurso multiómico en expansión que permitía la exploración rápida de información transcriptómica y proteómica de estudios disponibles públicamente sobre organismos modelo y humanos. [ 2 ] A fecha de 2021, ha cesado sus actividades y no está disponible en línea. [ 3 ]

Entorno de investigación sistemática de proteínas

MOPED está diseñado para simplificar la comparación y el intercambio de datos para la comunidad científica en general. MOPED emplea la plataforma de análisis estandarizada SPIRE [ 4 ] para proporcionar datos de expresión absoluta y relativa a nivel de proteína, capacidades de metaanálisis y datos cuantitativos. Los datos transcriptómicos de expresión relativa procesados ​​se obtuvieron del Gene Expression Omnibus (GEO). Los datos se pueden consultar para proteínas y genes específicos, explorar según el organismo, el tejido, la localización y la condición, y ordenar por tasa de falsos descubrimientos y expresión. MOPED permite a los usuarios visualizar sus propios datos de expresión y compararlos con estudios existentes. Además, MOPED se conecta a varias bases de datos de proteínas y vías metabólicas, incluidas GeneCards, Panther, Entrez, UniProt , KEGG, SEED y Reactome. Los identificadores de proteínas y genes se integran desde GeneCards (con referencias cruzadas con MOPED), GenBank , RefSeq, UniProt, WormBase y la base de datos del genoma de Saccharomyces (SGD). La versión actual de MOPED (MOPED 2.5, 2014) contiene aproximadamente 5 millones de registros en total, incluyendo unos 260 experimentos y unas 390 condiciones. MOPED es desarrollado y mantenido por el equipo Kolker del Instituto de Investigación Infantil de Seattle .

Base de datos de expresión de proteínas de organismos modelo

MOPED se conocía anteriormente como la Base de Datos de Expresión de Proteínas de Organismos Modelo, antes de cambiar su nombre a Base de Datos de Expresión de Perfiles Multiómicos. [ 5 ] [ 6 ]

Referencias

  1. ↑ Higdon R; Stewart E; Stanberry L; Haynes W; Choiniere J; Montague E; Anderson N; Yandl Y; Janko I; Broomall W; Fishilevich S; Lancet D; Kolker N; Eugene Kolker. (Ene 2014). "MOPED permite descubrimientos a través de datos proteómicos procesados ​​de manera consistente" . J Proteome Res . 13 (1): 107– 113. doi : 10.1021/pr400884c . PMC 4039175. PMID 24350770 .  
  2. ↑ Kolker E, Higdon R, Haynes W, Welch D, Broomall W, Lancet D, Stanberry L, Kolker N (enero de 2012). "MOPED: Base de datos de expresión de proteínas de organismos modelo" . Nucleic Acids Res . 40 (número especial de bases de datos): D1093–9. doi : 10.1093/nar/ gkr1177 . PMC 3245040. PMID 22139914 .  
  3. ↑ "Aplicación web para iniciar ciclomotores" . www.proteinspire.org . Archivado del original el 22 de abril de 2014.
  4. ↑ Kolker E, Higdon R, Morgan P, Sedensky M, Welch D, Bauman A, Stewart E, Haynes W, Broomall W, Kolker N (diciembre de 2011). "SPIRE: Entorno de investigación sistemática de proteínas". J Proteomics . 75 (1): 122– 6. doi : 10.1016/j.jprot.2011.05.009 . PMID 21609792 . 
  5. ↑ Kolker, Eugene; Higdon, Roger; Haynes, Winston; Welch, Dean; Broomall, William; Lancet, Doron; Stanberry, Larissa; Kolker, Natali (2011-12-01). "MOPED: Base de datos de expresión de proteínas de organismos modelo" . Nucleic Acids Research . 40 (D1): D1093– D1099. doi : 10.1093 / nar/gkr1177 . ISSN 1362-4962 . PMC 3245040. PMID 22139914 .   
  6. ↑ Montague, Elizabeth; Janko, Imre; Stanberry, Larissa; Lee, Elaine; Choiniere, John; Anderson, Nathaniel; Stewart, Elizabeth; Broomall, William; Higdon, Roger; Kolker, Natali; Kolker, Eugene (2015-01-28). "Más allá de la expresión de proteínas, MOPED se vuelve multiómico" . Nucleic Acids Research . 43 (D1): D1145– D1151. doi : 10.1093 / nar/gku1175 . ISSN 1362-4962 . PMC 4383969. PMID 25404128 .   

Lecturas adicionales

  • Stelzer G, Dalah I, Stein TI, Satanower Y, Rosen N, Nativ N, Oz-Levi D, Olender T, Belinky F, Bahir I, Krug H, Perco P, Mayer B, Kolker E, Safran M, Lancet D (octubre de 2011). " Genómica humana in silico con GeneCards" . Hum. Genomics . 5 (6): 709–17 . doi : 10.1186/1479-7364-5-6-709 . PMC 3525253. PMID 22155609 .