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Minería molecular

La minería molecular es el proceso de minería de datos , o extracción y descubrimiento de patrones, aplicado a las moléculas . Dado que las moléculas pueden representarse median...

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La minería molecular es el proceso de minería de datos , o extracción y descubrimiento de patrones, aplicado a las moléculas . Dado que las moléculas pueden representarse mediante grafos moleculares , está estrechamente relacionada con la minería de grafos y la minería de datos estructurados . El principal problema radica en cómo representar las moléculas discriminando las instancias de datos. Una forma de lograrlo es mediante métricas de similitud química , que cuentan con una larga tradición en el campo de la quimioinformática .

Los métodos habituales para calcular similitudes químicas utilizan huellas dactilares químicas, pero esto conlleva la pérdida de información sobre la topología molecular . El análisis directo de los grafos moleculares evita este problema. Lo mismo ocurre con el problema QSAR inverso , que resulta preferible para mapeos vectoriales.

Codificación(Molécula i ,Molécula j≠i )

Métodos de núcleo

  • Núcleo de grafo marginalizado [ 1 ]
  • Núcleo de asignación óptimo [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]
  • Núcleo farmacóforo [ 5 ]
  • Implementación en C++ (y R) que combina
    • el núcleo de grafo marginalizado entre grafos etiquetados [ 1 ]
    • extensiones del núcleo marginalizado [ 6 ]
    • Núcleos de Tanimoto [ 7 ]
    • núcleos de grafos basados ​​en patrones de árbol [ 8 ]
    • núcleos basados ​​en farmacóforos para la estructura 3D de moléculas [ 5 ]

Métodos gráficos comunes máximos

  • MCS -HSCS [ 9 ] (Estrategia de clasificación de subestructura común de mayor puntuación (HSCS) para MCS individual)
  • El detector de subgrafos de moléculas pequeñas (SMSD) [ 10 ] es una biblioteca de software basada en Java para calcular el subgrafo común máximo (MCS) entre moléculas pequeñas. Esto nos ayudará a encontrar similitud/distancia entre dos moléculas. El MCS también se utiliza para la detección de compuestos con potencial farmacológico mediante la identificación de moléculas que comparten un subgrafo común ( subestructura ). [ 11 ]

Codificación(Molécula i )

Métodos de consulta molecular

Métodos basados ​​en arquitecturas especiales de redes neuronales

Véase también

Referencias

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  18. ↑ Deshpande M., Kuramochi M., Wale N., Karypis G. (2005). "Enfoques frecuentes basados ​​en subestructuras para clasificar compuestos químicos". IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering . 17 (8): 1036– 1050. doi : 10.1109/tkde.2005.127 . hdl : 11299/215559 .{{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
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Lecturas adicionales

  • Schölkopf, B., K. Tsuda y JP Vert: Métodos de núcleo en biología computacional , MIT Press, Cambridge, MA, 2004 .
  • RO Duda, PE Hart, DG Stork, Clasificación de patrones , John Wiley & Sons, 2001. ISBN 0-471-05669-3
  • Gusfield, D., Algoritmos sobre cadenas , árboles y secuencias: Informática y biología computacional , Cambridge University Press, 1997. ISBN 0-521-58519-8
  • R. Todeschini , V. Consonni, Manual de descriptores moleculares , Wiley-VCH, 2000. ISBN 3-527-29913-0
  • El detector de subgrafos de moléculas pequeñas (SMSD) es una biblioteca de software basada en Java para calcular el subgrafo común máximo (MCS) entre moléculas pequeñas.
  • 5º Taller Internacional sobre Minería y Aprendizaje con Grafos, 2007
  • Resumen para 2006
  • Minería molecular (sistemas expertos químicos básicos)
  • ParMol y documentación de tesis de maestría - Java - Código abierto - Minería distribuida - Biblioteca de algoritmos de evaluación comparativa
  • TU München - Grupo Kramer
  • Minería molecular (sistemas expertos químicos avanzados)
  • DMax Chemistry Assistant - software comercial
  • AFGen - Software para generar descriptores basados ​​en fragmentos
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