InterMine

InterMine es un sistema de almacenamiento de datos de código abierto , con licencia LGPL 2.1 . Se utiliza para crear bases de datos de datos biológicos a las que se accede mediante sofisticadas herramientas de consulta web. InterMine permite crear bases de datos a partir de un único conjunto de datos o integrar múltiples fuentes. Ofrece compatibilidad con varios formatos biológicos comunes y cuenta con un marco para añadir otros datos. Incluye una interfaz web intuitiva y fácil de usar, lista para usar y personalizable. ^{[ 1 ] [ 2 ]}

InterMine facilita la integración de múltiples fuentes de datos en un único almacén de datos. Cuenta con un modelo de datos central basado en la ontología de secuencias y admite varios formatos de datos biológicos, lo que permite a los administradores de sistemas configurar qué organismos o archivos de datos se requieren. Es fácil extender el modelo de datos e integrar otros datos, gracias a una API de servicio web, clientes en siete idiomas diferentes y un formato XML para facilitar la importación de datos personalizados.

Como proyecto de código abierto activo, InterMine mantiene una lista de correo para desarrolladores y una documentación completa para desarrolladores y usuarios .

• Chado
• GFF3
• FASTA
• Archivos GO y de asociación genética
• XML de UniProt
• PSI XML (interacciones proteicas, Iniciativa de Estructura de Proteínas )
• Ortólogos de InParanoid
• Ensembl

Los clientes web permiten a los usuarios acceder a los datos mediante programación con un mínimo esfuerzo y están disponibles para Perl , Python , Ruby , JavaScript , Java y R. Los datos también se pueden consultar a través de una aplicación nativa de Android .

La aplicación web InterMine permite crear consultas bioinformáticas personalizadas e incluye plantillas de consulta (formularios web para ejecutar consultas predefinidas). Los usuarios pueden cargar y trabajar con listas de datos. Es posible configurar y crear widgets para analizar listas mediante gráficos y estadísticas de enriquecimiento.

Un usuario administrador puede publicar nuevas plantillas de consulta, modificar las páginas de informes y crear listas públicas en cualquier momento sin necesidad de programación. Muchos aspectos de la aplicación web se pueden configurar y personalizar.

Puede consultar una lista actualizada de proyectos en el Registro de InterMine.

• Base de datos genérica de organismos modelo
• modENCODE Archivado el 27/12/2010 en Wayback Machine
• FlyMine
• HumanMine
• Mina de ratas
• Mina de levadura
• TargetMine
• MitoMiner
• MouseMine
• Mina de pez cebra
• Mina de gusanos
• ÍNDIGO
• ThaleMine
• TargetMine
• FitoMina
• MedicMine
• Mina bovina
• HimenópterosMina
• Mina de soja
• BeanMine
• Mina de garbanzos
• Leguminosa
• Mina de cacahuete
• Compartir
• Trigo3Bmine
• PlanMine
• Mina de uva
• Base de datos de repetición
• XenMine
• CHOMine

• InterMine
• Departamento de Genética, Universidad de Cambridge
• Wellcome Trust
• Documentación de la API de InterMine