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Articulo de referencia

Proyecto del Proteoma Humano

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El Proyecto del Proteoma Humano [ 1 ] ( HPP ) es un esfuerzo de colaboración coordinado por la Organización del Proteoma Humano . [ 2 ] Su objetivo declarado es observar experimentalmente todas las proteínas producidas por las secuencias traducidas del genoma humano .

Historia

La Organización del Proteoma Humano ha servido como organismo coordinador para muchos proyectos de investigación de proteómica de larga duración asociados con tejidos humanos específicos de interés clínico, como plasma sanguíneo , [ 3 ] hígado , [ 4 ] cerebro [ 5 ] y orina . [ 6 ] También ha sido responsable de proyectos asociados con tecnología específica [ 7 ] y estándares [ 8 ] necesarios para el estudio a gran escala de proteínas.

La estructura y los objetivos de un proyecto más amplio que sería paralelo al Proyecto Genoma Humano se han debatido en la literatura científica. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] Los resultados de este debate y una serie de reuniones en los Congresos Mundiales de la Organización del Proteoma Humano en 2009, 2010 y 2011 han sido la decisión de definir el Proyecto del Proteoma Humano como compuesto por dos subproyectos, C-HPP y B/D-HPP. [ 14 ] El C-HPP se organizará en 25 grupos, uno por cromosoma humano. El B/D-HPP se organizará en grupos según la relevancia biológica y de enfermedades de las proteínas. [ 15 ]

Proyectos y grupos

A continuación se enumeran los grupos de trabajo actuales, ordenados según el cromosoma que se vaya a estudiar.

Recursos computacionales

La reducción, el análisis y la validación de los resultados de proteómica basados ​​en MS/MS están a cargo de Eric Deutsch en el Instituto de Biología de Sistemas, Seattle, EE. UU. ( PeptideAtlas ). El manejo de datos asociado con los métodos de anticuerpos está coordinado por Kalle von Feilitzen, Estocolmo, Suecia ( Human Protein Atlas ). La integración general y la elaboración de informes informáticos son responsabilidad de Lydie Lane en SIB, Ginebra, Suiza ( NeXtProt ). Todos los datos generados como parte de las contribuciones de HPP se depositan en uno de los repositorios de ProteomeXchange .

Estado actual

Las actualizaciones del Proyecto Proteoma Humano se publican regularmente, por ejemplo, en el Journal of Proteome Research (2014). [ 16 ] Se han publicado métricas para el nivel de confianza asociado con las observaciones de proteínas [ 17 ] así como una "MissingProteinPedia". [ 18 ] [ 19 ]

Una revisión de nueve portales de anotación importantes mostró un rango de recuentos de proteínas humanas de 18.891 a 21.819 (a partir de 2017). [ 20 ] Las métricas de 2021 del HPP muestran que la expresión de proteínas se ha detectado de manera fiable en el 92,8 % de las proteínas predichas codificadas en el genoma humano. [ 21 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ Legrain, P.; Aebersold, Rued; Kumar, Bala; Beretta, Laura; Costello, Catherine E.; Borchers, Christoph H.; Corthals, Garry L. (29 de abril de 2011). "El Proyecto del Proteoma Humano: Estado Actual y Dirección Futura" . Molecular & Cellular Proteomics . 10 (7) M111.009993. doi : 10.1074/mcp.M111.009993 . PMC 3134076. PMID 21742803 .  
  2. ↑ "HUPO (Organización del Proteoma Humano) 1er Congreso Mundial". Mol Cell Proteomics . 9 (9). Sociedad Americana de Bioquímica y Biología Molecular : 651– 752. Septiembre de 2002. PMID 12474872 . 
  3. ↑ Omenn, Gilbert S.; States, David J.; Adamski, Marcin; Blackwell, Thomas W.; Menon, Rajasree; Hermjakob, Henning; Apweiler, Rolf; Haab, Brian B.; Simpson, Richard J.; Eddes, James S.; Kapp, Eugene A.; Moritz, Robert L.; Chan, Daniel W.; Rai, Alex J.; Admon, Arie (agosto de 2005). "Descripción general del Proyecto del Proteoma del Plasma HUPO: resultados de la fase piloto con 35 laboratorios colaboradores y múltiples grupos analíticos, generando un conjunto de datos central de 3020 proteínas y una base de datos disponible públicamente". Proteomics . 5 (13): 3226– 3245. doi : 10.1002/pmic.200500358 . hdl : 2027.42/86605 . ISSN 1615-9853 . PMID 16104056 . S2CID 2718659 .   
  4. ↑ He, Fuchu (diciembre de 2005). "Proyecto del proteoma del hígado humano: plan, progreso y perspectivas" . Molecular & Cellular Proteomics . 4 ( 12): 1841– 1848. doi : 10.1074/mcp.R500013-MCP200 . ISSN 1535-9476 . PMID 16118399. S2CID 34735692 .   
  5. ↑ Hamacher, Michael; Stephan, Christian; Hardt, Tanja; Eisenacher, Martin; Henkel, Andreas; Wiltfang, Jens; Jimenez, Connie R.; Park, Young Mok; Marcus, Katrin; Meyer, Helmut E. (mayo de 2008). "Aplicaciones en proteómica cerebral: 8.º Taller del Proyecto de Proteoma Cerebral HUPO, 7 de octubre de 2007, Seúl, Corea". Proteomics . 8 ( 9): 1750– 1753. doi : 10.1002/pmic.200701120 . ISSN 1615-9861 . PMID 18384107. S2CID 20622786 .   
  6. ↑ Yamamoto, Tadashi; Langham, Robyn G.; Ronco, Pierre; Knepper, Mark A.; Thongboonkerd, Visith (junio de 2008). "Hacia protocolos y directrices estándar para la proteómica de la orina: un informe del simposio y taller del Proyecto de Proteoma de Riñón y Orina Humana (HKUPP), 6 de octubre de 2007, Seúl, Corea y 1 de noviembre de 2007, San Francisco, CA, EE. UU." Proteomics . 8 (11): 2156– 2159. doi : 10.1002/pmic.200800138 . ISSN 1615-9861 . PMID 18528840 . S2CID 13764796 .   
  7. ↑ Uhlen, Mathias; Ponten, Fredrik (abril de 2005). "Proteómica basada en anticuerpos para la caracterización de tejidos humanos" . Molecular & Cellular Proteomics . 4 (4): 384– 393. doi : 10.1074/mcp.R500009-MCP200 . ISSN 1535-9476 . PMID 15695805. S2CID 16391377 .   
  8. ↑ Orchard, Sandra; Taylor, Chris; Hermjakob, Henning; Zhu, Weimin; Julian, Randall; Apweiler, Rolf (agosto de 2004). "Estado actual del desarrollo de estándares proteómicos". Expert Review of Proteomics . 1 (2): 179– 183. doi : 10.1586/14789450.1.2.179 . ISSN 1744-8387 . PMID 15966812. S2CID 21359913 .   
  9. ↑ Archakov, Alexander; Bergeron, John JM; Khlunov, Alexander; Lisitsa, Andrey; Paik, Young-Ki (septiembre de 2009). "Taller del Proyecto del Proteoma Humano HUPO de Moscú" . Molecular & Cellular Proteomics . 8 (9): 2199– 2200. doi : 10.1074/mcp.H900009-MCP200 . ISSN 1535-9484 . PMC 2742447. PMID 19734150 .   
  10. ↑ Baker, Mark S. (diciembre de 2009). "Construyendo el proyecto del proteoma humano 'práctico': el próximo gran avance en proteómica básica y clínica". Current Opinion in Molecular Therapeutics . 11 (6): 600– 602. ISSN 2040-3445 . PMID 20077630 .  
  11. ↑ "El llamado del proteoma humano" . Nature Methods . 7 (9): 661. Septiembre de 2010. doi : 10.1038 /nmeth0910-661 . ISSN 1548-7105 . PMID 20827799. S2CID 41368976 .   
  12. ↑ Rabilloud, Thierry; Hochstrasser, Denis; Simpson, Richard J. (septiembre de 2010). "¿Es un proyecto de proteoma humano centrado en genes la mejor manera para que la proteómica sirva a la biología?". Proteomics . 10 ( 17): 3067– 3072. arXiv : 1007.5378 . doi : 10.1002/pmic.201000220 . ISSN 1615-9861 . PMID 20648483. S2CID 14253657 .   
  13. ↑ "Un proyecto de proteoma humano centrado en genes: HUPO: la organización del proteoma humano" . Molecular & Cellular Proteomics . 9 (2): 427–429 . Febrero de 2010. doi : 10.1074/mcp.H900001-MCP200 . ISSN 1535-9484 . PMC 2830851. PMID 20124355 .   
  14. ↑ Paik, Young-Ki; Jeong, Seul-Ki; Omenn, Gilbert S.; Uhlen, Mathias; Hanash, Samir; Cho, Sang Yun; Lee, Hyoung-Joo; Na, Keun; Choi, Eun-Young; Yan, Fangfei; Zhang, Fan; Zhang, Yue; Snyder, Michael; Cheng, Yong; Chen, Rui (2012-03-07). "El Proyecto del Proteoma Humano Centrado en los Cromosomas para catalogar las proteínas codificadas en el genoma". Nature Biotechnology . 30 (3): 221– 223. doi : 10.1038/nbt.2152 . ISSN 1546-1696 . PMID 22398612 . S2CID 205276763 .   
  15. ↑ Aebersold, Ruedi; Bader, Gary D.; Edwards, Aled M.; van Eyk, Jennifer E.; Kussmann, Martin; Qin, Jun; Omenn, Gilbert S. (2013-01-04). "El proyecto del proteoma humano impulsado por la biología/enfermedad (B/D-HPP): facilitando la investigación de proteínas para la comunidad de ciencias de la vida". Journal of Proteome Research . 12 (1): 23– 27. doi : 10.1021/pr301151m . ISSN 1535-3907 . PMID 23259511 .  
  16. ↑ Paik, Young-Ki; Omenn, Gilbert S.; Thongboonkerd, Visith; Marko-Varga, Gyorgy; Hancock, William S. (2014-01-03). "Proteómica a nivel genómico, Proyecto del proteoma humano centrado en cromosomas (C-HPP), parte II". Journal of Proteome Research . 13 (1): 1– 4. doi : 10.1021/pr4011958 . ISSN 1535-3907 . PMID 24328071 .  
  17. ↑ Omenn, Gilbert S.; Lane, Lydie; Lundberg, Emma K.; Beavis, Ronald C.; Nesvizhskii, Alexey I.; Deutsch, Eric W. (2015-09-04). "Métricas para el Proyecto del Proteoma Humano 2015: Progreso en el Proteoma Humano y Directrices para la Identificación de Proteínas de Alta Confianza" . Journal of Proteome Research . 14 (9): 3452– 3460. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00499 . ISSN 1535-3907 . PMC 4755311. PMID 26155816 .   
  18. ↑ Horvatovich, Péter; Lundberg, Emma K.; Chen, Yu-Ju; Sung, Ting-Yi; He, Fuchu; Nice, Edouard C.; Goode, Robert J.; Yu, Simon; Ranganathan, Shoba; Baker, Mark S.; Domont, Gilberto B.; Velasquez, Erika; Li, Dong; Liu, Siqi; Wang, Quanhui (2015-09-04). "Búsqueda de proteínas faltantes: actualización 2015 del proyecto del proteoma humano centrado en cromosomas" (PDF) . Journal of Proteome Research . 14 (9): 3415– 3431. doi : 10.1021/pr5013009 . ISSN 1535-3907 . PMID 26076068 .  
  19. ↑ Baker, Mark S.; Ahn, Seong Beom; Mohamedali, Abidali; Islam, Mohammad T.; Cantor, David; Verhaert, Peter D.; Fanayan, Susan; Sharma, Samridhi; Nice, Edouard C.; Connor, Mark; Ranganathan, Shoba (2017-01-24). " Acelerando la búsqueda de las proteínas faltantes en el proteoma humano" . Nature Communications . 8 14271. Bibcode : 2017NatCo...814271B . doi : 10.1038/ncomms14271 . ISSN 2041-1723 . PMC 5286205. PMID 28117396 .   
  20. ↑ Southan, Christopher (2017). "Últimos giros del yoyo: Evaluación del recuento de proteínas canónicas humanas" . F1000Research . 6 : 448. doi : 10.12688/f1000research.11119.1 . ISSN 2046-1402 . PMC 5428527. PMID 28529709 .   
  21. ↑ Omenn, Gilbert S.; Lane, Lydie; Overall, Christopher M.; Paik, Young-Ki; Cristea, Ileana M.; Corrales, Fernando J.; Lindskog, Cecilia; Weintraub, Susan; Roehrl, Michael HA; Liu, Siqi; Bandeira, Nuno; Srivastava, Sudhir; Chen, Yu-Ju; Aebersold, Ruedi; Moritz, Robert L.; Deutsch, Eric W. (3 de diciembre de 2021). "Progreso en la identificación y el análisis del proteoma humano: métricas de 2021 del Proyecto del Proteoma Humano HUPO" . Journal of Proteome Research . 20 (12): 5227– 5240. doi : 10.1021/acs.jproteome.1c00590 . PMC 9340669. PMID 34670092 . S2CID 239050778 .   
  1. Página del proyecto HPP (www.hupo.org)
  2. Sitio web de HPP (www.thehpp.org)
  3. Sitio web de HPP centrado en los cromosomas (www.c-hpp.org)
  4. Sitio web de BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)