Articulo de referencia

Historia de la evolución molecular

La historia de la evolución molecular comienza a principios del siglo XX con la "bioquímica comparativa", pero el campo de la evolución molecular cobró importancia en las década...

La historia de la evolución molecular comienza a principios del siglo XX con la "bioquímica comparativa", pero el campo de la evolución molecular cobró importancia en las décadas de 1960 y 1970, tras el auge de la biología molecular . La llegada de la secuenciación de proteínas permitió a los biólogos moleculares [ cita requerida ] crear filogenias basadas en la comparación de secuencias y utilizar las diferencias entre secuencias homólogas como un reloj molecular para estimar el tiempo transcurrido desde el último ancestro común. A finales de la década de 1960, la teoría neutral de la evolución molecular proporcionó una base teórica para el reloj molecular, aunque tanto el reloj como la teoría neutral fueron controvertidos, ya que la mayoría de los biólogos evolucionistas sostenían firmemente el panseleccionismo , con la selección natural como la única causa importante del cambio evolutivo. Después de la década de 1970, la secuenciación de ácidos nucleicos permitió que la evolución molecular llegara más allá de las proteínas a secuencias de ARN ribosómico altamente conservadas , la base de una reconceptualización de la historia temprana de la vida .

Historia temprana

Antes del surgimiento de la biología molecular en las décadas de 1950 y 1960, un pequeño número de biólogos había explorado las posibilidades de utilizar las diferencias bioquímicas entre especies para estudiar la evolución . Alfred Sturtevant predijo la existencia de inversiones cromosómicas en 1921 y con Dobzhansky construyó una de las primeras filogenias moleculares en 17 cepas de Drosophila Pseudo-obscura a partir de la acumulación de inversiones cromosómicas observadas a partir de la hibridación de cromosomas politetranoicos . [ 1 ] Ernest Baldwin trabajó extensamente en bioquímica comparativa a partir de la década de 1930, y Marcel Florkin fue pionero en técnicas para construir filogenias basadas en caracteres moleculares y bioquímicos en la década de 1940. Sin embargo, no fue hasta la década de 1950 que los biólogos desarrollaron técnicas para producir datos bioquímicos para el estudio cuantitativo de la evolución molecular . [2]

Las primeras investigaciones en sistemática molecular se basaron en ensayos inmunológicos y métodos de "huellas dactilares" de proteínas. Alan Boyden, basándose en los métodos inmunológicos de George Nuttall, desarrolló nuevas técnicas a partir de 1954, y a principios de los años 1960 Curtis Williams y Morris Goodman utilizaron comparaciones inmunológicas para estudiar la filogenia de los primates . Otros, como Linus Pauling y sus estudiantes, aplicaron combinaciones recientemente desarrolladas de electroforesis y cromatografía en papel a proteínas sujetas a digestión parcial por enzimas digestivas para crear patrones bidimensionales únicos, lo que permitió comparaciones de granularidad fina de proteínas homólogas. [3]

A partir de la década de 1950, algunos naturalistas también experimentaron con métodos moleculares, en particular Ernst Mayr y Charles Sibley . Mientras que Mayr pronto desestimó la cromatografía en papel, Sibley aplicó con éxito la electroforesis a las proteínas de la clara de huevo para resolver problemas en la taxonomía de las aves, y pronto complementó eso con técnicas de hibridación de ADN , el comienzo de una larga carrera basada en la sistemática molecular . [4]

Aunque estas primeras técnicas bioquímicas encontraron una aceptación reticente en la comunidad biológica, en su mayor parte no tuvieron impacto en los principales problemas teóricos de la evolución y la genética de poblaciones. Esto cambiaría a medida que la biología molecular arrojara más luz sobre la naturaleza física y química de los genes.

Carga genética, controversia clásica/de equilibrio y medición de la heterocigosidad

En la década de 1950, cuando la biología molecular estaba cobrando importancia, se debatía desde hacía tiempo sobre las causas de la heterosis , el aumento de la aptitud observada cuando se cruzan líneas endogámicas. En 1950, James F. Crow ofreció dos explicaciones diferentes (que más tarde se denominaron posiciones clásica y de equilibrio ) basándose en la paradoja articulada por primera vez por JBS Haldane en 1937: el efecto de las mutaciones perjudiciales sobre la aptitud media de una población depende únicamente de la tasa de mutaciones (no del grado de daño causado por cada mutación) porque las mutaciones más perjudiciales se eliminan más rápidamente por selección natural, mientras que las mutaciones menos perjudiciales permanecen en la población durante más tiempo. HJ Muller denominó esto " carga genética ". [5]

Muller, motivado por su preocupación por los efectos de la radiación en las poblaciones humanas, argumentó que la heterosis es principalmente el resultado de alelos recesivos homocigotos deletéreos, cuyos efectos se enmascaran cuando se cruzan líneas separadas: esta fue la hipótesis de dominancia , parte de lo que Dobzhansky etiquetó como la posición clásica . Por lo tanto, la radiación ionizante y las mutaciones resultantes producen una carga genética considerable incluso si la muerte o la enfermedad no ocurre en la generación expuesta, y en ausencia de mutación, la selección natural aumentará gradualmente el nivel de homocigosidad. Bruce Wallace , trabajando con JC King , utilizó la hipótesis de sobredominancia para desarrollar la posición de equilibrio , que dejó un lugar más grande para la sobredominancia (donde el estado heterocigoto de un gen es más apto que los estados homocigotos). En ese caso, la heterosis es simplemente el resultado de la mayor expresión de la ventaja heterocigota . Si los loci sobredominantes son comunes, entonces un alto nivel de heterocigosidad resultaría de la selección natural, y la radiación que induce mutaciones puede de hecho facilitar un aumento en la aptitud debido a la sobredominancia. (Esta también fue la opinión de Dobzhansky.) [6]

El debate continuó durante la década de 1950 y gradualmente se convirtió en un foco central de la genética de poblaciones. Un estudio de Drosophila de 1958 realizado por Wallace sugirió que las mutaciones inducidas por radiación aumentaron la viabilidad de moscas previamente homocigóticas, proporcionando evidencia de la ventaja heterocigota y la posición de equilibrio; Wallace estimó que el 50% de los loci en las poblaciones naturales de Drosophila eran heterocigotos. Los análisis matemáticos posteriores de Motoo Kimura reforzaron lo que Crow había sugerido en 1950: que incluso si los loci sobredominantes son raros, podrían ser responsables de una cantidad desproporcionada de variabilidad genética. En consecuencia, Kimura y su mentor Crow se posicionaron del lado de la posición clásica. La colaboración posterior entre Crow y Kimura condujo al modelo de alelos infinitos , que podría usarse para calcular el número de alelos diferentes esperados en una población, según el tamaño de la población, la tasa de mutación y si los alelos mutantes eran neutrales, sobredominantes o deletéreos. Por lo tanto, el modelo de alelos infinitos ofrecía una forma potencial de decidir entre las posiciones clásica y de equilibrio, si se pudieran encontrar valores precisos para el nivel de heterocigosidad. [7]

A mediados de la década de 1960, las técnicas de bioquímica y biología molecular, en particular la electroforesis de proteínas , proporcionaron una forma de medir el nivel de heterocigosidad en poblaciones naturales: un posible medio para resolver la controversia clásica/de equilibrio. En 1963, Jack L. Hubby publicó un estudio de electroforesis de la variación de proteínas en Drosophila ; [8] poco después, Hubby comenzó a colaborar con Richard Lewontin para aplicar el método de Hubby a la controversia clásica/de equilibrio midiendo la proporción de loci heterocigotos en poblaciones naturales. Sus dos artículos emblemáticos, publicados en 1966, establecieron un nivel significativo de heterocigosidad para Drosophila (12%, en promedio). [9] Sin embargo, estos hallazgos resultaron difíciles de interpretar. La mayoría de los genetistas de poblaciones (incluidos Hubby y Lewontin) rechazaron la posibilidad de mutaciones neutrales generalizadas; las explicaciones que no involucraban la selección eran anatema para la biología evolutiva dominante. Hubby y Lewontin también descartaron la ventaja heterocigótica como causa principal debido a la carga de segregación que implicaría, aunque los críticos argumentaron que los hallazgos en realidad encajan bien con la hipótesis de sobredominancia. [10]

Secuencias de proteínas y el reloj molecular

Mientras que los biólogos evolucionistas se estaban expandiendo tentativamente hacia la biología molecular, los biólogos moleculares estaban dirigiendo rápidamente su atención hacia la evolución.

Después de desarrollar los fundamentos de la secuenciación de proteínas con insulina entre 1951 y 1955, Frederick Sanger y sus colegas habían publicado una comparación interespecie limitada de la secuencia de insulina en 1956. Francis Crick , Charles Sibley y otros reconocieron el potencial de usar secuencias biológicas para construir filogenias, aunque pocas de esas secuencias estaban disponibles todavía. A principios de la década de 1960, las técnicas de secuenciación de proteínas habían avanzado hasta el punto de que la comparación directa de secuencias de aminoácidos homólogas era factible. [11] En 1961, Emanuel Margoliash y sus colaboradores completaron la secuencia del citocromo c del caballo (una proteína más larga y más ampliamente distribuida que la insulina), seguida en poco tiempo por una serie de otras especies.

En 1962, Linus Pauling y Emile Zuckerkandl propusieron utilizar el número de diferencias entre secuencias de proteínas homólogas para estimar el tiempo transcurrido desde la divergencia , una idea que Zuckerkandl había concebido alrededor de 1960 o 1961. Esto comenzó con el enfoque de investigación de larga data de Pauling, la hemoglobina , que estaba siendo secuenciada por Walter Schroeder ; las secuencias no solo respaldaban la filogenia de vertebrados aceptada, sino también la hipótesis (propuesta por primera vez en 1957) de que las diferentes cadenas de globina dentro de un solo organismo también podrían rastrearse hasta una proteína ancestral común. [12] Entre 1962 y 1965, Pauling y Zuckerkandl refinaron y elaboraron esta idea, a la que denominaron reloj molecular , y Emil L. Smith y Emanuel Margoliash ampliaron el análisis al citocromo c. Los primeros cálculos del reloj molecular coincidieron bastante bien con los tiempos de divergencia establecidos basados ​​en evidencia paleontológica. Sin embargo, la idea esencial del reloj molecular —que las proteínas individuales evolucionan a un ritmo regular independientemente de la evolución morfológica de una especie— era extremadamente provocativa (como Pauling y Zuckerkandl pretendían que fuera). [13]

Las "guerras moleculares"

Desde principios de los años 1960, la biología molecular fue vista cada vez más como una amenaza al núcleo tradicional de la biología evolutiva. Los biólogos evolutivos establecidos —en particular Ernst Mayr , Theodosius Dobzhansky y GG Simpson , tres de los fundadores de la síntesis evolutiva moderna de los años 1930 y 1940— eran extremadamente escépticos respecto de los enfoques moleculares, especialmente cuando se trataba de la conexión (o falta de ella) con la selección natural . La evolución molecular en general —y el reloj molecular en particular— ofrecían pocas bases para explorar la causalidad evolutiva. Según la hipótesis del reloj molecular, las proteínas evolucionaron esencialmente de manera independiente de las fuerzas de selección determinadas por el medio ambiente; esto estaba en total desacuerdo con el panseleccionismo prevaleciente en ese momento. Además, Pauling, Zuckerkandl y otros biólogos moleculares fueron cada vez más audaces al afirmar la importancia de las "macromoléculas informativas" (ADN, ARN y proteínas) para todos los procesos biológicos, incluida la evolución. [14] La lucha entre biólogos evolutivos y biólogos moleculares (cada grupo sostenía su disciplina como el centro de la biología en su conjunto) fue posteriormente denominada "guerras moleculares" por Edward O. Wilson , quien experimentó de primera mano la dominación de su departamento de biología por jóvenes biólogos moleculares a fines de los años 1950 y en los años 1960. [15]

En 1961, Mayr comenzó a abogar por una distinción clara entre la biología funcional (que consideraba las causas próximas y planteaba preguntas de "cómo") y la biología evolutiva (que consideraba las causas últimas y planteaba preguntas de "por qué") [16]. Argumentó que tanto las disciplinas como los científicos individuales podían clasificarse en el lado funcional o evolutivo , y que los dos enfoques de la biología eran complementarios. Mayr, Dobzhansky, Simpson y otros utilizaron esta distinción para defender la continua relevancia de la biología organismal, que estaba perdiendo terreno rápidamente frente a la biología molecular y disciplinas relacionadas en la competencia por la financiación y el apoyo universitario. [17] Fue en ese contexto que Dobzhansky publicó por primera vez su famosa declaración, " nada en biología tiene sentido excepto a la luz de la evolución ", en un artículo de 1964 que afirmaba la importancia de la biología organismal frente a la amenaza molecular; Dobzhansky caracterizó las disciplinas moleculares como " cartesianas " (reduccionistas) y las disciplinas organismales como " darwinianas ". [18]

Mayr y Simpson asistieron a muchas de las primeras conferencias en las que se discutió la evolución molecular, criticando lo que consideraban enfoques demasiado simplistas del reloj molecular. El reloj molecular, basado en tasas uniformes de cambio genético impulsadas por mutaciones aleatorias y deriva, parecía incompatible con las tasas variables de evolución y los procesos adaptativos impulsados ​​por el medio ambiente (como la radiación adaptativa ) que se encontraban entre los desarrollos clave de la síntesis evolutiva. En la conferencia Wenner-Gren de 1962, el Coloquio sobre la evolución de las proteínas de la sangre de 1964 en Brujas , Bélgica , y la Conferencia sobre la evolución de los genes y las proteínas en la Universidad Rutgers de 1964 , interactuaron directamente con los biólogos moleculares y bioquímicos, con la esperanza de mantener el lugar central de las explicaciones darwinianas en la evolución a medida que su estudio se extendía a nuevos campos. [19]

Visión de la evolución centrada en los genes

Aunque no está directamente relacionada con la evolución molecular, a mediados de los años 1960 también surgió la perspectiva de la evolución centrada en los genes , impulsada por Adaptación y selección natural (1966) de George C. Williams . El debate sobre las unidades de selección , en particular la controversia sobre la selección de grupo , condujo a un mayor enfoque en los genes individuales (en lugar de organismos o poblaciones completos) como base teórica de la evolución. Sin embargo, el mayor enfoque en los genes no significó un enfoque en la evolución molecular; de hecho, el adaptacionismo promovido por Williams y otras teorías evolutivas marginó aún más los cambios aparentemente no adaptativos estudiados por los evolucionistas moleculares.

La teoría neutral de la evolución molecular

La amenaza intelectual de la evolución molecular se hizo más explícita en 1968, cuando Motoo Kimura introdujo la teoría neutral de la evolución molecular . [20] Basándose en los estudios de reloj molecular disponibles (de hemoglobina de una amplia variedad de mamíferos, citocromo c de mamíferos y aves, y triosafosfato deshidrogenasa de conejos y vacas), Kimura (ayudado por Tomoko Ohta ) calculó una tasa media de sustitución de ADN de un cambio de par de bases por cada 300 pares de bases (que codifican 100 aminoácidos) por 28 millones de años. Para los genomas de mamíferos, esto indicó una tasa de sustitución de una cada 1,8 años, lo que produciría una carga de sustitución insosteniblemente alta a menos que la preponderancia de sustituciones fuera selectivamente neutral. Kimura argumentó que las mutaciones neutrales ocurren con mucha frecuencia, una conclusión compatible con los resultados de los estudios electroforéticos de heterocigosidad de proteínas. Kimura también aplicó su trabajo matemático anterior sobre la deriva genética para explicar cómo las mutaciones neutrales podrían llegar a la fijación , incluso en ausencia de selección natural; Pronto convenció a James F. Crow del poder potencial de los alelos neutrales y de la deriva genética también. [21]

La teoría de Kimura, descrita sólo brevemente en una carta a Nature , fue seguida poco después por un análisis más sustancial de Jack L. King y Thomas H. Jukes , quienes titularon su primer artículo sobre el tema " Evolución no darwiniana ". [22] Aunque King y Jukes produjeron estimaciones mucho más bajas de las tasas de sustitución y la carga genética resultante en el caso de cambios no neutrales, coincidieron en que las mutaciones neutrales impulsadas por la deriva genética eran reales y significativas. Las tasas bastante constantes de evolución observadas para proteínas individuales no se explicaban fácilmente sin invocar sustituciones neutrales (aunque GG Simpson y Emil Smith lo habían intentado). Jukes y King también encontraron una fuerte correlación entre la frecuencia de aminoácidos y el número de codones diferentes que codifican cada aminoácido. Esto indicó que las sustituciones en las secuencias de proteínas eran en gran medida el producto de la deriva genética aleatoria. [23]

El artículo de King y Jukes, especialmente con su provocativo título, fue visto como un desafío directo al neodarwinismo dominante y llevó la evolución molecular y la teoría neutral al centro de la biología evolutiva. Proporcionó un mecanismo para el reloj molecular y una base teórica para explorar cuestiones más profundas de la evolución molecular, como la relación entre la tasa de evolución y la importancia funcional. El surgimiento de la teoría neutral marcó una síntesis de la biología evolutiva y la biología molecular, aunque incompleta. [24]

Con su trabajo sobre una base teórica más sólida, en 1971 Emile Zuckerkandl y otros evolucionistas moleculares fundaron el Journal of Molecular Evolution .

El debate neutralista-seleccionista y la cuasi neutralidad

Las respuestas críticas a la teoría neutral que pronto aparecieron marcaron el comienzo del debate entre neutralistas y seleccionistas . En resumen, los seleccionistas veían a la selección natural como la causa principal o única de la evolución, incluso a nivel molecular, mientras que los neutralistas sostenían que las mutaciones neutrales estaban muy extendidas y que la deriva genética era un factor crucial en la evolución de las proteínas. Kimura se convirtió en el defensor más destacado de la teoría neutral, que sería su principal foco de atención durante el resto de su carrera. Con Ohta, reorientó sus argumentos hacia la velocidad a la que la deriva podía fijar nuevas mutaciones en poblaciones finitas, la importancia de las tasas constantes de evolución de las proteínas y las limitaciones funcionales a la evolución de las proteínas que habían descrito los bioquímicos y los biólogos moleculares. Aunque Kimura había desarrollado inicialmente la teoría neutral en parte como una consecuencia de la posición clásica dentro de la controversia clásica/de equilibrio (prediciendo una alta carga genética como consecuencia de mutaciones no neutrales), gradualmente fue restando importancia a su argumento original de que la carga segregacional sería imposiblemente alta sin mutaciones neutrales (que muchos seleccionistas, e incluso sus compañeros neutralistas King y Jukes, rechazaron). [25]

Desde la década de 1970 hasta principios de la de 1980, tanto los seleccionistas como los neutralistas podían explicar los altos niveles observados de heterocigosidad en las poblaciones naturales, suponiendo diferentes valores para parámetros desconocidos. Al principio del debate, la estudiante de Kimura, Tomoko Ohta, se centró en la interacción entre la selección natural y la deriva genética, que era significativa para las mutaciones que no eran estrictamente neutrales, pero casi lo eran. En tales casos, la selección competiría con la deriva: la mayoría de las mutaciones ligeramente deletéreas serían eliminadas por selección natural o por casualidad; algunas pasarían a la fijación mediante la deriva. El comportamiento de este tipo de mutación, descrito por una ecuación que combinaba las matemáticas de la teoría neutral con los modelos clásicos, se convirtió en la base de la teoría casi neutral de la evolución molecular de Ohta . [26]

En 1973, Ohta publicó una breve carta en Nature [27] sugiriendo que una amplia variedad de evidencia molecular apoyaba la teoría de que la mayoría de los eventos de mutación a nivel molecular son ligeramente perjudiciales en lugar de estrictamente neutrales. Los evolucionistas moleculares estaban descubriendo que mientras que las tasas de evolución de las proteínas (consistentes con el reloj molecular ) eran bastante independientes del tiempo de generación , las tasas de divergencia del ADN no codificante eran inversamente proporcionales al tiempo de generación. Observando que el tamaño de la población es generalmente inversamente proporcional al tiempo de generación, Tomoko Ohta propuso que la mayoría de las sustituciones de aminoácidos son ligeramente perjudiciales mientras que las sustituciones de ADN no codificante son más neutrales. En este caso, la tasa más rápida de evolución neutral en las proteínas esperada en poblaciones pequeñas (debido a la deriva genética) se compensa con tiempos de generación más largos (y viceversa), pero en poblaciones grandes con tiempos de generación cortos, el ADN no codificante evoluciona más rápido mientras que la evolución de las proteínas se retrasa por la selección (que es más significativa que la deriva para poblaciones grandes). [28]

Entre entonces y principios de los años 1990, muchos estudios de evolución molecular utilizaron un "modelo de cambio" en el que el efecto negativo sobre la aptitud de una población debido a mutaciones deletéreas vuelve a un valor original cuando una mutación alcanza la fijación. A principios de los años 1990, Ohta desarrolló un "modelo fijo" que incluía mutaciones tanto beneficiosas como deletéreas, de modo que no era necesario un "cambio" artificial de la aptitud general de la población. [29] Sin embargo, según Ohta, la teoría casi neutral cayó en gran medida en desgracia a finales de los años 1980, debido a la teoría neutral matemáticamente más simple para la investigación sistemática molecular generalizada que floreció después del advenimiento de la secuenciación rápida de ADN . A medida que estudios sistemáticos más detallados comenzaron a comparar la evolución de las regiones del genoma sujetas a una selección fuerte frente a una selección más débil en los años 1990, la teoría casi neutral y la interacción entre la selección y la deriva se han convertido una vez más en un foco importante de investigación. [30]

Filogenia microbiana

Aunque los primeros trabajos sobre evolución molecular se centraron en proteínas fácilmente secuenciables y en una historia evolutiva relativamente reciente, a finales de los años 1960 algunos biólogos moleculares estaban avanzando hacia la base del árbol de la vida estudiando secuencias de ácidos nucleicos altamente conservadas. Carl Woese , un biólogo molecular cuyo trabajo anterior fue sobre el código genético y su origen, comenzó a utilizar el ARN ribosómico de subunidades pequeñas para reclasificar las bacterias por similitud genética (en lugar de morfológica). El trabajo avanzó lentamente al principio, pero se aceleró a medida que se desarrollaron nuevos métodos de secuenciación en los años 1970 y 1980. En 1977, Woese y George Fox anunciaron que algunas bacterias, como las metanógenas , carecían de las unidades de ARNr en las que se basaban los estudios filogenéticos de Woese; argumentaron que estos organismos eran en realidad lo suficientemente distintos de las bacterias convencionales y de los llamados organismos superiores como para formar su propio reino, al que llamaron archaebacteria . Aunque al principio fue controvertido (y cuestionado nuevamente a fines de la década de 1990), el trabajo de Woese se convirtió en la base del sistema moderno de tres dominios de Archaea , Bacteria y Eukarya (reemplazando el sistema de cinco dominios que había surgido en la década de 1960). [31]

El trabajo sobre la filogenia microbiana también acercó la evolución molecular a la biología celular y la investigación sobre el origen de la vida . Las diferencias entre las arqueas apuntaban a la importancia del ARN en la historia temprana de la vida. En su trabajo con el código genético, Woese había sugerido que la vida basada en ARN había precedido a las formas actuales de vida basadas en ADN, como lo habían hecho varios otros antes que él, una idea que Walter Gilbert llamaría más tarde el " mundo del ARN ". En muchos casos, la investigación genómica en la década de 1990 produjo filogenias que contradecían los resultados basados ​​en el ARNr, lo que llevó al reconocimiento de una transferencia lateral generalizada de genes entre taxones distintos. Combinado con el probable origen endosimbiótico de los eucariotas llenos de orgánulos , esto apuntaba a una imagen mucho más compleja del origen y la historia temprana de la vida, una que podría no ser describible en los términos tradicionales de ascendencia común. [32]

Referencias

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Notas

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  • Perspectivas sobre la evolución molecular, mantenida por el historiador de la ciencia Michael R. Dietrich
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