Línea principal de Hakodate

• Estación de Goryōkaku: aquí se unía la línea Toi , que quedó inconclusa y que se propuso para dar servicio a una base naval destinada a proteger el estrecho de Tsugaru . La construcción comenzó en 1937, y la  línea de 29 km estaba bastante avanzada cuando las obras se suspendieron en 1943 debido a la escasez de materiales. El túnel de Seikan se propuso originalmente utilizar la calzada de la línea Toi (así como la de la línea Oma, también inconclusa , en Honshu), hasta que en 1968 se modificó su trazado, adoptando la ruta construida posteriormente.
• Dos líneas ferroviarias privadas cercanas a Hakodate se vieron afectadas por la inauguración del ramal de Sawara entre Ōnuma y Mori en 1945;

La  línea ferroviaria de 17 km que conectaba Ōnuma-Kōen con Shikabe se inauguró en 1929, pero tuvo la mala suerte de verse afectada por una erupción volcánica tan solo seis meses después, lo que la obligó a cerrar durante dos meses. Cerró definitivamente en 1945 con la apertura de la estación de Shikabe en la línea Sawara, pero como la nueva estación se encontraba a cierta distancia del pueblo, los residentes locales presionaron para que se restablecieran los servicios a la estación original. Esto ocurrió en 1948, cuando  el gobierno local reabrió los últimos 11 km de la línea desde Choshiguchi, pero la competencia de los servicios de autobús provocó el cierre definitivo de la línea en 1952.

- En 1928 se construyó una línea desde Mori, a 9,4  km al sur, hasta Sunahara. Los primeros 3,1  km de esa línea se reconstruyeron como parte de la línea Sawara, y los 6,3  km restantes se cerraron cuando se inauguró la línea JR paralela.

• Estación de Nakanosawa: La  línea de 48 km a Setana se inauguró en 1929/32 y se cerró en 1987.
• Estación de Kuromatsunai: El gobierno local construyó la línea hasta el puerto de Suttsu (17  km) en 1920. Introdujo la primera locomotora diésel utilizada en Hokkaido en 1952 y fue clausurada como consecuencia de los daños causados ​​por las inundaciones en 1968.
• Estación de Kutchan: En 1919  se inauguró una línea de 13 km hasta Kyogoku, donde conectaba con la  línea privada de 7 km de Japan Steel Works que llegaba hasta una mina en Wakikata. La línea JR se extendió 11  km hasta Kimobetsu en 1928, y otros 60  km hasta Date Monbetsu en la línea principal de Muroran en 1940/41. El ramal de Wakikata cerró en 1970 con el cierre de la mina, y la línea JR cerró definitivamente en 1986.
• Estación de Ozawa:  En 1905, se inauguró un tranvía de tracción animal de 762 mm (2'6") de ancho de vía que conectaba con el puerto de Iwanai. En 1912, fue reemplazado por una  línea de 1067 mm (3'6") de ancho de vía, la cual cerró en 1985. Cerca de Iwanai, en 1869, se inauguró el primer tranvía de Hokkaido, y posiblemente de Japón, una  línea de gravedad de 2,8 km que unía una mina de carbón con el puerto de Kayanuma. Utilizaba rieles de madera y un  ancho de vía de aproximadamente 1050 mm; los guardafrenos viajaban en los vagones cargados, mientras que caballos y ganado arrastraban los vagones vacíos de regreso a la mina. En 1881, la línea fue reconstruida con  un ancho de vía de 762 mm y raíles de hierro, y en 1927 se introdujeron las locomotoras de vapor. En 1931, el tranvía fue reemplazado por un  teleférico de 10 km que conectaba la mina con el puerto de Iwanai, el cual, en 1946, fue reemplazado por una línea de 6,3  km  con un ancho de vía de 1067 mm. Un puente de la nueva línea se derrumbó durante un tifón en 1962, y la línea fue clausurada; la mina de carbón cerró sus puertas dos años después.
• Estación de Yoichi: El gobierno local operó una  línea de 2,8 km hasta el paseo marítimo entre 1933 y 1943.

• Estación Teine: una línea de ancho de 8  km y 762  mm hasta Ban'naguro funcionó entre 1922 y 1940.  No se construyó la extensión propuesta de 10 km hasta el río Ishikari.
• Estación de Sapporo: Una línea de ferrocarril de vía estrecha de 762  mm y 11  km de longitud, tirada por caballos, operaba en dirección noroeste hasta Kawabata. Inaugurada entre 1911 y 1917, cruzaba la línea Sassho cerca de Shinkotoni. En 1922 se introdujeron locomotoras de gasolina. En 1943, la línea fue reemplazada por autobuses.
• Estación de Shiraishi: En 1918 se inauguró una línea privada electrificada (1,5 kV CC) de 27  km que conectaba con Jozankei para el servicio de pasajeros. En 1939 se abrieron dos ramales, con una longitud total de 8,3  km, para unir una mina de plata, zinc y plomo con una refinería. El transporte de mineral se sustituyó por el transporte por carretera en 1963, y el servicio de pasajeros fue reemplazado por autobuses en 1969.
• Estación de Nopporo: La línea privada de Yubari,  de 57 km, era operada por la Hokkaido Colliery & Steamship Co. El tramo inicial de 34 km desde Kuriyama en la línea principal de Muroran (incluido un puente sobre dicha línea) hasta Yubari se inauguró en 1926, incluyendo un tramo en zigzag en Nishikisawa. Una extensión de 23 km se inauguró desde Kuriyama hasta Nopporo en 1930. En su apogeo en 1965, la línea transportaba anualmente 1,5 millones de toneladas de carbón y otras 0,5 millones de toneladas de carga general, así como 2 millones de pasajeros. La línea completa se cerró en 1975 tras el cierre de la mina en 1972. Un ramal de 4,7 km hacia la mina de Tsunoda operó entre 1927 y 1970.   
• Estación de Ebetsu: Una línea de 11  km  de ancho de vía de 762 mm operaba hasta Tobetsu, en la línea Sassho , aunque en cada terminal las  estaciones de ancho de vía de 762 mm estaban en las orillas opuestas de los ríos Ishikarigawa y Tobetsugawa (respectivamente) a las estaciones de JR.

• Estación de Iwamizawa: en 1882, el gobierno de Hokkaido inauguró una  línea de 11 km hasta Mikasa, conocida como la línea Horonai. En 1888, se inauguró una  extensión de 7 km hasta Ikushunbetsu y  un ramal de aproximadamente 3 km desde Mikasa hasta la mina de carbón Horonai. La línea fue vendida a la Hokkaido Coal Co. en 1889. La línea fue nacionalizada en 1906 y clausurada en 1987. En Ikushunbetsu, se inauguró en 1938 un ferrocarril forestal compuesto por una  línea principal de 15 km y un  ramal de 3 km, que se cerró en 1955 para permitir la construcción de la presa de Katsurasawa.
• Estación de Bibai;

- El  ramal de 3 km a Minami-Bibai se inauguró en 1931 para dar servicio a una mina de carbón y cerró en 1973. Los servicios de pasajeros funcionaron entre 1944 y 1971.

La compañía minera Mitsubishi Mining Co. ( MMC ) inauguró una  línea de 8 km hasta la mina Sumiyama en 1914, extendiéndola 3  km hasta Tokiwadai en 1924. La línea se cerró cuando la mina cerró en 1972. MMC también operó una  línea de 2 km desde la estación de Chashinai hasta una mina de carbón entre 1952 y 1967.

• Estación de Naie: La compañía minera Mitsui operó una  línea de 5 km hasta Higashi Naie desde 1949/51 hasta 1968.
• Estación de Sunagawa;

La compañía minera Mitsui también inauguró  en 1918 el ramal de 7,3 km hasta Kamisunagawa. La línea fue nacionalizada en 1926, año en que se inauguraron los servicios de pasajeros. La línea cerró en 1994.

- Un  ramal de 15 km hacia Utashinai, inaugurado por la Hokkaido Coal Co. en 1891, nacionalizado en 1906 y cerrado en 1988.

• Estación de Fukagawa: El primer tramo de la línea Shinmei hasta Nayoro , en la línea Soya , se inauguró en 1924, extendiéndose hasta Nayoro en 1941 y cerrándose en 1995.  Se propuso una línea de 51,2 km desde Shumarinai , en dicha línea, hasta Chikubetsu, en la línea Haboro, al norte de Rumoi , cuya construcción comenzó en 1959. Se construyó un imponente puente de celosía de acero antes de que se abandonaran las obras en 1962.