Diseñador genético

Gene Designer es un paquete de software para bioinformática . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Lo utilizan biólogos moleculares del ámbito académico, gubernamental y de las industrias farmacéutica, química, agrícola y biotecnológica para diseñar, ^{[ 3 ]} clonar y validar secuencias genéticas. Es un software propietario , distribuido como software gratuito que requiere registro.

Características

Gene Designer permite a los biólogos moleculares gestionar todo el proceso de diseño genético en una sola aplicación, utilizando una variedad de herramientas de diseño.

Algoritmos para clonación in silico , optimización de codones , retrotraducción y diseño de cebadores.
Visualización molecular gráfica para mostrar, anotar y editar construcciones.
Base de datos personalizable para almacenar, gestionar y realizar un seguimiento de elementos genéticos, genes y construcciones.
Interfaz de arrastrar y soltar para mover elementos de secuencia dentro o entre estructuras (función patentada).
Función de búsqueda de motivos de secuencia , sitios de restricción y marcos de lectura abiertos.
Optimización de codones para la producción de proteínas recombinantes en cualquier organismo mediante múltiples algoritmos.
Eliminar o añadir sitios de restricción u otros motivos de secuencia.
Recodificar marcos de lectura abiertos
Compruebe los marcos de traducción y las uniones de fusión.
Diseña oligonucleótidos para secuenciar cebadores ; incluye una calculadora de punto de fusión en tiempo real.
Herramienta de clonación con función de arrastrar y soltar para cortar, combinar y clonar inserciones y vectores.

Gene Designer crea clones con la función de arrastrar y soltar. Los usuarios pueden arrastrar un vector e insertarlo en la herramienta de clonación; cortar, combinar y clonar . Gene Designer crea un clon que luego se puede insertar directamente en un proyecto.

Uso por parte de educadores y estudiantes

Este software gratuito se ha incorporado a los planes de estudio de aula y laboratorio de biología sintética, biología de sistemas, bioingeniería y bioinformática. Los estudiantes crean y completan proyectos que gestionan todo el proceso de diseño genético en una sola aplicación, utilizando diversas herramientas de diseño.

Ejemplos de uso en planes de estudio:

Curso de Fotónica Sintética; Universidad Estatal de Utah, Facultad de Ingeniería ^{[ 4 ]}
Proyecto de laboratorio utilizando Gene Designer 2.0 ^{[ 5 ]}
Resumen de la lección de biología de sistemas ^{[ 6 ]}
Resumen de la lección de biología sintética ^{[ 7 ]}
Proyectos estudiantiles ^{[ 8 ]}

Véase también

Referencias

↑ Villalobos, Alan; Ness, Jon E; Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar (2006). "Gene Designer: una herramienta de biología sintética para la construcción de segmentos de ADN artificiales" . BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223. PMID 16756672 .
↑ Villalobos, Alan; Welch, Mark; Minshull, Jeremy (2012). «Diseño in silico de construcciones de ADN funcionales». En Peccoud, Jean (ed.). Síntesis de genes: métodos y protocolos . Métodos en biología molecular. Vol. 852. pp. 197–213 . doi : 10.1007/978-1-61779-564-0_15 . ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435 .
↑ Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). "Diseño de genes para la expresión exitosa de proteínas". En Voigt, Christopher (ed.). Biología sintética, parte B: diseño asistido por computadora y ensamblaje de ADN . Métodos en enzimología. Vol. 498. pp. 43–66 . doi : 10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6 . ISBN 9780123851208. PMID 21601673 .
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Patente estadounidense 7,805,252. Sistemas y métodos para el diseño y la ordenación de polinucleótidos. Gustafsson, Govindarajan, Ness, Villalobos y Minshull.

Enlaces externos

Sitio web oficial

[1] Villalobos, Alan; Ness, Jon E; Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar (2006). "Gene Designer: una herramienta de biología sintética para la construcción de segmentos de ADN artificiales" . BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223. PMID 16756672 .

[2] Villalobos, Alan; Welch, Mark; Minshull, Jeremy (2012). «Diseño in silico de construcciones de ADN funcionales». En Peccoud, Jean (ed.). Síntesis de genes: métodos y protocolos . Métodos en biología molecular. Vol. 852. pp. 197–213 . doi : 10.1007/978-1-61779-564-0_15 . ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435 .

[3] Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). "Diseño de genes para la expresión exitosa de proteínas". En Voigt, Christopher (ed.). Biología sintética, parte B: diseño asistido por computadora y ensamblaje de ADN . Métodos en enzimología. Vol. 498. pp. 43–66 . doi : 10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6 . ISBN 9780123851208. PMID 21601673 .

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