Nombres de hongos

Fungal Names ( FN ) es uno de los tres repositorios reconocidos internacionalmente para el registro de nombres de hongos, junto con Index Fungorum y MycoBank . Es operado por el Laboratorio Estatal Clave de Micología del Instituto de Microbiología de la Academia China de Ciencias . La plataforma se lanzó en 2011 y fue reconocida en 2012 por el Comité de Nomenclatura de Hongos (NCF) y ratificada por la Asociación Micológica Internacional como repositorio oficial de registro. Según el Código Internacional de Nomenclatura , los nuevos nombres de hongos publicados a partir del 1 de enero de 2013 —y las lectotipificaciones , neotipificaciones o epitipificaciones a partir del 1 de enero de 2019— deben citar un identificador emitido por uno de los repositorios reconocidos; FN emite dichos identificadores y sincroniza los registros con los demás repositorios. A principios de 2022, FN indexaba más de 567.000 nombres de taxones y 147.000 registros de tipos , e integraba enlaces a especímenes, colecciones de cultivos y herbarios /fungarios, publicaciones y taxónomos. ^{[ 1 ]}

La creación de FN surgió a raíz de problemas reconocidos desde hace tiempo en la nomenclatura de hongos, donde la literatura histórica y las bases de datos contienen sinonimia , homonimia , isonimia , variantes ortográficas y nombres mal aplicados que dificultan un uso inequívoco. Según el Capítulo F del Código , el Art. F.5 exige que las novedades nomenclaturales publicadas a partir del 1 de enero de 2013 citen un identificador emitido por un repositorio reconocido, y desde el 1 de enero de 2019 aplica el mismo requisito de registro a las lectotipificaciones, neotipificaciones y epitipificaciones. ^{[ 2 ]} La guía de buenas prácticas contemporánea para autores resume estas obligaciones e identifica los tres repositorios reconocidos como Fungal Names, Index Fungorum y MycoBank . ^{[ 3 ]} FN se estableció en septiembre de 2011 y, en diciembre de 2012, fue reconocido como uno de los tres repositorios de registro globales junto con Index Fungorum y MycoBank. Los identificadores son únicos y mutuamente aceptados entre los tres sistemas; en el momento de la publicación (2023), FN estaba asignando números en el rango 570000–579999, y los repositorios comparten actualizaciones a través de interfaces de programación de aplicaciones de forma regular. ^{[ 1 ]} Los relatos contemporáneos también describieron el papel de MycoBank como un centro de coordinación que facilitaba el intercambio de datos entre los tres repositorios durante la implementación del registro obligatorio. ^{[ 4 ]}

FN funciona simultáneamente como plataforma de registro para novedades nomenclaturales (nuevos taxones, nuevas combinaciones , nombres de reemplazo y nombres en nuevos rangos ) y como base de conocimiento que integra la nomenclatura con información sobre tipos, agencias de conservación, colecciones de cultivos , herbarios/fungarios, publicaciones e investigadores que publican nombres de hongos. Al estandarizar los nombres y vincularlos con recursos externos (incluidos Index Fungorum, MycoBank y NCBI Taxonomy ), FN busca reducir la inconsistencia, prevenir la homonimia en el momento del registro y facilitar el intercambio y la recuperación confiables de datos entre los recursos de biodiversidad fúngica. ^{[ 1 ]}

El flujo de trabajo de registro emite un identificador inmediatamente después del envío, seguido de una revisión por parte del administrador (normalmente en 24 horas). Si se solicita una revisión y no se recibe respuesta dentro del plazo establecido, se puede retirar un identificador preemitido. Durante el envío, el sistema normaliza la entrada ofreciendo opciones controladas para los nombres de los autores, las agencias de conservación y los países de las colecciones, y verifica el nombre propuesto con una referencia estandarizada de nombres de hongos existentes para evitar la creación de homónimos. Además de los 27 rangos principales y secundarios utilizados en la taxonomía de hongos, FN admite "otro rango" para capturar usos excepcionales o transitorios propuestos en la literatura. ^{[ 1 ]}

Las funciones de búsqueda y visualización permiten realizar consultas por rango (desde taxones infraespecíficos hasta categorías superiores), epíteto , año de publicación e identificador de registro; los registros de autor, revista y agencia de preservación tienen páginas de detalles interconectadas. Estas muestran taxonomía, tipificación, bibliografía y referencias cruzadas a otros repositorios cuando estén disponibles. FN también proporciona una herramienta de alineación de secuencias del espaciador transcrito interno (ITS) (utilizando datos UNITE ) para la identificación preliminar de especímenes, devolviendo alineaciones , una vista de árbol simple y enlaces a las entradas correspondientes en FN y NCBI. Una herramienta de estandarización de nombres implementa el principio de " un hongo, un nombre " al resolver errores ortográficos y usos variantes a un nombre actual; una opción de búsqueda difusa enumera nombres con ortografía similar con porcentajes de identidad para ayudar a los usuarios a encontrar el registro correcto cuando la entrada es incierta. ^{[ 1 ]}

FN incluye más de 567.000 nombres de taxones que abarcan hongos sensu lato (incluidos hongos fósiles y taxones históricos similares a hongos), con más de 149.000 nombres actuales a nivel de especie. Almacena más de 120.000 registros de colecciones de especímenes tipo y varios miles de registros de ilustraciones tipo, e integra más de 10.000 revistas y libros relacionados con la micología que han publicado nombres de hongos. El sistema también mantiene un conjunto de datos de autores que cubre a más de 25.000 taxónomos y unos 750.000 pares autor-nombre derivados de registros publicados. Los nombres recién publicados y las actualizaciones se intercambian entre los tres repositorios reconocidos en un ciclo mensual, incluidos los cambios nomenclaturales, los tipos, la clasificación y los nuevos registros. ^{[ 1 ]}

Para facilitar la recuperación consistente, las denotaciones de rango históricas (más de cien términos) se reclasifican en catorce rangos principales y secundarios estándar; los registros se limpian, validan y vinculan con Index Fungorum, MycoBank y NCBI Taxonomy. Los datos de tipificación (holotipos, lectotipos, epitipos y neotipos) se asignan a biorrepositorios , y las abreviaturas de colecciones de cultivos y herbarios/fungarios se normalizan según estándares públicos. FN vincula las cepas tipo con el Catálogo Global de Microorganismos cuando hay números disponibles e integra conjuntos de datos que abarcan cientos de colecciones de cultivos y varios miles de herbarios y fungarios en todo el mundo. ^{[ 1 ]}

La base de datos proporciona un panel de control en tiempo real con recuentos de nombres, tipificaciones, taxónomos, publicaciones y agencias de conservación, junto con resúmenes geográficos. Las tendencias históricas indican un crecimiento lento en los nombres publicados hasta finales del siglo XIX, un aumento pronunciado desde la década de 1870 hasta finales de siglo, una pausa a mediados del siglo XX y una aceleración renovada desde finales del siglo XX en adelante, vinculada a los métodos moleculares y la identificación genética mediante códigos de barras de ADN . A principios de 2022, la información de tipificación estaba disponible para aproximadamente 147 000 nombres, incluyendo más de 120 000 registros de colecciones de especímenes y miles de ilustraciones de tipos; la mayoría de los géneros utilizados actualmente tenían una especie tipo designada , y una proporción sustancial de los nombres actuales a nivel de especie tenían tipos indexados con detalles de la agencia de conservación. Las mayores colecciones individuales de material tipo de hongos se concentran en un pequeño número de colecciones de cultivos y herbarios/fungarios en Europa, Asia, Oceanía, África y América del Norte, lo que refleja la difusión global de los recursos micológicos curados. ^{[ 1 ]}

FN es de acceso gratuito para uso académico a través de un sitio web público y expone una API para el intercambio programático de datos. Los repositorios se coordinan para compartir nuevos registros y actualizaciones a intervalos regulares, lo que garantiza que los identificadores y los eventos de tipificación sean detectables en todas las plataformas y que las bases de datos posteriores puedan resolver los nombres de forma consistente. ^{[ 1 ]}